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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jsk | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the NaCT-Citrate complex | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Solute carrier family 13 member 5 | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Transporter (運搬体タンパク質) | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 citrate transmembrane transporter activity / oxaloacetate transport / succinate transport / citrate transport / organic acid:sodium symporter activity / sodium:dicarboxylate symporter activity / fumarate transport / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / alpha-ketoglutarate transport / succinate transmembrane transporter activity ...citrate transmembrane transporter activity / oxaloacetate transport / succinate transport / citrate transport / organic acid:sodium symporter activity / sodium:dicarboxylate symporter activity / fumarate transport / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / alpha-ketoglutarate transport / succinate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transmembrane transport / cellular response to lithium ion / membrane => GO:0016020 / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Sauer, D.B. / Wang, B. / Song, J. / Rice, W.J. / Wang, D.N. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Structure and inhibition mechanism of the human citrate transporter NaCT. 著者: David B Sauer / Jinmei Song / Bing Wang / Jacob K Hilton / Nathan K Karpowich / Joseph A Mindell / William J Rice / Da-Neng Wang / 要旨: Citrate is best known as an intermediate in the tricarboxylic acid cycle of the cell. In addition to this essential role in energy metabolism, the tricarboxylate anion also acts as both a precursor ...Citrate is best known as an intermediate in the tricarboxylic acid cycle of the cell. In addition to this essential role in energy metabolism, the tricarboxylate anion also acts as both a precursor and a regulator of fatty acid synthesis. Thus, the rate of fatty acid synthesis correlates directly with the cytosolic concentration of citrate. Liver cells import citrate through the sodium-dependent citrate transporter NaCT (encoded by SLC13A5) and, as a consequence, this protein is a potential target for anti-obesity drugs. Here, to understand the structural basis of its inhibition mechanism, we determined cryo-electron microscopy structures of human NaCT in complexes with citrate or a small-molecule inhibitor. These structures reveal how the inhibitor-which binds to the same site as citrate-arrests the transport cycle of NaCT. The NaCT-inhibitor structure also explains why the compound selectively inhibits NaCT over two homologous human dicarboxylate transporters, and suggests ways to further improve the affinity and selectivity. Finally, the NaCT structures provide a framework for understanding how various mutations abolish the transport activity of NaCT in the brain and thereby cause epilepsy associated with mutations in SLC13A5 in newborns (which is known as SLC13A5-epilepsy). | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jsk.cif.gz | 313.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jsk.ent.gz | 266.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jsk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/7jsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/7jsk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 22457MC 7jsjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10728 (タイトル: Micrographs of the NaCT-Citrate complex / Data size: 2.4 TB Data #1: Unaligned 0 degree tilt micrographs of NaCT-Citrate data collection 29jun2020 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned 20 degree tilt micrographs of NaCT-Citrate data collection 29jun2020 [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned 40 degree tilt micrographs of NaCT-Citrate data collection 29jun2020 [micrographs - multiframe] Data #4: Unaligned 50 degree tilt micrographs of NaCT-Citrate data collection 04jul2020 [micrographs - multiframe] Data #5: Unaligned 40 degree tilt micrographs of NaCT-Citrate data collection 04jul2020 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63110.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC13A5, NACT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q86YT5 #2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The NaCT-Citrate complex / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.125 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 57.71 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3855: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 563708 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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