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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jpe | |||||||||
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タイトル | Room Temperature Structure of SARS-CoV-2 Nsp10/Nsp16 Methyltransferase in a Complex with m7GpppA Cap-0 and SAM Determined by Fixed-Target Serial Crystallography | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SARS CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Serial Crystallography / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / m7GpppA / Cap-0 / S-adenosylhomomethionine / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / : / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å | |||||||||
データ登録者 | Wilamowski, M. / Sherrell, D.A. / Minasov, G. / Kim, Y. / Shuvalova, L. / Lavens, A. / Chard, R. / Rosas-Lemus, M. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. ...Wilamowski, M. / Sherrell, D.A. / Minasov, G. / Kim, Y. / Shuvalova, L. / Lavens, A. / Chard, R. / Rosas-Lemus, M. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Michalska, K. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: 2'-O methylation of RNA cap in SARS-CoV-2 captured by serial crystallography. 著者: Wilamowski, M. / Sherrell, D.A. / Minasov, G. / Kim, Y. / Shuvalova, L. / Lavens, A. / Chard, R. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Rosas-Lemus, M. / Saint, N. / Foster, I.T. / Michalska, K. ...著者: Wilamowski, M. / Sherrell, D.A. / Minasov, G. / Kim, Y. / Shuvalova, L. / Lavens, A. / Chard, R. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Rosas-Lemus, M. / Saint, N. / Foster, I.T. / Michalska, K. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jpe.cif.gz | 186.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jpe.ent.gz | 146.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jpe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/7jpe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/7jpe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33627.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Magic 参照: UniProt: P0DTD1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15075.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Magic / 参照: UniProt: P0DTD1 |
-非ポリマー , 5種, 132分子
#3: 化合物 | ChemComp-GTA / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-SAM / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-M7G / | ||
#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.6 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: batch mode / pH: 6.5 詳細: Protein: 4.0 mg/ml (NSP10/NSP16 1:1), 0.15 M CaCl, 0.01 M Tris-HCl, 2 mM SAM, 1 mM TCEP, 5% Glycerol, pH 7.5. Precipitation buffer: 0.1M MES pH 6.5, 0.9 M NaF. Batch crystallization: 100 ul ...詳細: Protein: 4.0 mg/ml (NSP10/NSP16 1:1), 0.15 M CaCl, 0.01 M Tris-HCl, 2 mM SAM, 1 mM TCEP, 5% Glycerol, pH 7.5. Precipitation buffer: 0.1M MES pH 6.5, 0.9 M NaF. Batch crystallization: 100 ul of protein mixed with 100 ul of precipitation buffer in 500 ul polypropylane tube. Two days before data collection 1 mM EDTA was added to batch crystallization. Crystal were soaked with m7GpppA (0.5 mM) for 10 minutes before data collection. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月2日 詳細: Sagittally focusing mono and vertically focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→49.72 Å / Num. obs: 46273 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 50.51 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / CC1/2: 0.95 / Net I/σ(I): 2.55 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 11.42 % / Mean I/σ(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 2290 / CC1/2: 0.398 / % possible all: 99.7 |
Serial crystallography sample delivery | 解説: Nylon Mesh / 手法: fixed target |
Serial crystallography sample delivery fixed target | Crystals per unit: 1 / 解説: SBC Mesh Holder / 詳細: start/stop raster over area / Motion control: SmarAct Motors viaPMAC / Sample dehydration prevention: 6 um Mylar sandwich / Sample holding: mesh Sample solvent: 50 mM MES pH 6.5, 0.45 M NaF, 75 mM NaCl, 5 mM Tris-HCl, 1 mM SAM, 1 mM EDTA, 0.5 mM TCEP, 2.5% Glycerol, 0.5 mM m7GpppA Sample unit size: 90 µm / Support base: xyz stage / Velocity horizontal: 10 / Velocity vertical: 10 |
Serial crystallography data reduction | Crystal hits: 5734 / Frame hits: 74120 / Frames indexed: 5734 / Frames total: 74120 / Lattices indexed: 4704 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6WQ3 解像度: 2.18→49.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 21.975 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 140.52 Å2 / Biso mean: 37.222 Å2 / Biso min: 4.16 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.18→49.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.18→2.237 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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