+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f6s | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of metal-citrate-binding mutant (T199A) protein (MctA) of ABC transporter in apo state | |||||||||
要素 | Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Substrate-binding protein / metal ion (金属) / secondary transporter (能動輸送) / symporter (シンポート) | |||||||||
機能・相同性 | Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / 二酸化炭素 / グリコール酸 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Kanaujia, S.P. / Mandal, S.K. | |||||||||
資金援助 | インド, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Structural and thermodynamic insights into a novel Mg 2+ -citrate-binding protein from the ABC transporter superfamily. 著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2021 タイトル: Structural and thermodynamic insights into a novel Mg2+-citrate-binding protein from the ABC transporter superfamily 著者: Mandal, S.K. / Kanaujia, S.P. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f6s.cif.gz | 155.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7f6s.ent.gz | 119.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f6s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/7f6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/7f6s | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 38153.387 Da / 分子数: 1 / 変異: T199A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (サーマス・サーモフィルス) 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: TTHB177 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53VZ2 |
---|
-非ポリマー , 8種, 245分子
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||||
#4: 化合物 | ChemComp-CO2 / | ||||||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / | #8: 化合物 | ChemComp-GOA / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 % / 解説: Orthorhombic |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M ammonium tartrate dibasic pH 7.0, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月24日 / 詳細: VariMax HF | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→48.8 Å / Num. obs: 37221 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7F6E 解像度: 1.8→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 4.242 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.0986 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.23 Å2 / Biso mean: 28.577 Å2 / Biso min: 12.43 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→48.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 4.8368 Å / Origin y: 37.1827 Å / Origin z: 28.832 Å
|