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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dqk | ||||||
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タイトル | A nicotine MATE transporter, Nicotiana tabacum MATE2 (NtMATE2) | ||||||
要素 | Protein DETOXIFICATION | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / multidrug efflux transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Nicotiana tabacum (タバコ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. / Sasaki, A. / Iwaki, S. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2021 タイトル: Crystal structures of a nicotine MATE transporter provide insight into its mechanism of substrate transport. 著者: Tanaka, Y. / Iwaki, S. / Sasaki, A. / Tsukazaki, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dqk.cif.gz | 449.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dqk.ent.gz | 311.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dqk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dq/7dqk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5yckS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 55579.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: NtMATE2, LOC107807968 / プラスミド: pPic9K / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: A3KDM5 |
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-非ポリマー , 5種, 20分子
#2: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-OLC / ( | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5 詳細: monoolein (NU-CHEK-PREP), PEG 300 (Sigma-Aldrich), NH4H2PO4, HEPES-Na, 2.5 mM nicotine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 16478 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 34.4 % / Biso Wilson estimate: 96.72 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.66 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.625 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 1625 / CC1/2: 0.621 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
Serial crystallography data reduction | Crystal hits: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5YCK 解像度: 3.5→48.2 Å / SU ML: 0.5671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.2171 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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