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- PDB-7dqk: A nicotine MATE transporter, Nicotiana tabacum MATE2 (NtMATE2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dqk
タイトルA nicotine MATE transporter, Nicotiana tabacum MATE2 (NtMATE2)
要素Protein DETOXIFICATION
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / multidrug efflux transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Multi antimicrobial extrusion protein / MatE
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / リン酸塩 / Protein DETOXIFICATION
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. / Sasaki, A. / Iwaki, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Febs Lett. / : 2021
タイトル: Crystal structures of a nicotine MATE transporter provide insight into its mechanism of substrate transport.
著者: Tanaka, Y. / Iwaki, S. / Sasaki, A. / Tsukazaki, T.
履歴
登録2020年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DETOXIFICATION
B: Protein DETOXIFICATION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8467
ポリマ-111,1582
非ポリマー6885
27015
1
A: Protein DETOXIFICATION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1374
ポリマ-55,5791
非ポリマー5583
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20670 Å2
手法PISA
2
B: Protein DETOXIFICATION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7093
ポリマ-55,5791
非ポリマー1302
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area20900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.000, 89.370, 228.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein DETOXIFICATION / Multidrug and toxic compound extrusion protein


分子量: 55579.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: NtMATE2, LOC107807968 / プラスミド: pPic9K / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1163 / 参照: UniProt: A3KDM5

-
非ポリマー , 5種, 20分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5
詳細: monoolein (NU-CHEK-PREP), PEG 300 (Sigma-Aldrich), NH4H2PO4, HEPES-Na, 2.5 mM nicotine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 16478 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 34.4 % / Biso Wilson estimate: 96.72 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.66
反射 シェル解像度: 3.5→3.625 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 1625 / CC1/2: 0.621
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc6_4061精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YCK
解像度: 3.5→48.2 Å / SU ML: 0.5671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.2171
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3113 1644 9.99 %
Rwork0.2586 14806 -
obs0.2637 16450 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7327 0 43 15 7385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00177541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43810253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00341246
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.40251042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.60.42581360.37451226X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.720.3471330.32151202X-RAY DIFFRACTION100
3.72-3.850.39881340.30481212X-RAY DIFFRACTION99.93
3.85-4.010.33931340.28581209X-RAY DIFFRACTION99.93
4.01-4.190.33961330.27511205X-RAY DIFFRACTION99.93
4.19-4.410.29731360.25921226X-RAY DIFFRACTION100
4.41-4.690.32191360.26351224X-RAY DIFFRACTION99.13
4.69-5.050.29681360.24991217X-RAY DIFFRACTION99.56
5.05-5.550.30821390.26191239X-RAY DIFFRACTION99.64
5.55-6.360.35641380.28441243X-RAY DIFFRACTION99.78
6.36-80.28171400.24561262X-RAY DIFFRACTION100
8-48.20.25571490.20211341X-RAY DIFFRACTION99.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.511003894050.2713422011122.252398008810.286639593850.04512126050643.27719221426-0.0911952782367-0.345818628440.6084784165170.313106719723-0.138310062014-0.5230850105140.7316727884880.537469914340.3527390500271.509643141210.44219991662-0.2670853925281.23583006296-0.2475352188641.13605934071-4.14175731298-52.5683562577-17.2266330417
21.208674830890.110592671524-0.01236029462821.296145755750.1112895931311.24279427089-0.0961491398099-0.043338552405-0.0387452301289-0.111764219672-0.0769658994148-0.2550619611050.4702795717610.1037993455560.08468048043750.7218131981150.06733034545170.05526335701710.639317832462-0.01064684798580.636306864306-23.8412571398-42.7563106211-26.4663334075
32.40518587878-0.128155234624-0.1561470613250.451891702064-0.9284795440182.004196729230.03995974101790.1535314168570.05087653520430.2468568649390.06945230334940.0058976469670.1704549236630.173992402966-0.1284249683430.9046080422250.0427674487542-0.04480141619490.628961524194-0.07579971068160.706778979028-0.942187096725-38.661389304-30.0698936901
42.03679676952-0.4364542004330.4524851740011.59083215555-0.03600399857370.231834059937-0.236568167796-0.3000823349020.2458582582140.1634533009620.273703627289-0.234611430185-0.201202454019-0.521825146858-0.06474373246470.900317643212-0.0877297359917-0.01240027493310.9552749973540.02311225784390.72201539990814.1597586633-18.7444019947-20.0721574291
50.651652642220.0531609340213-0.4397504661171.14080893597-0.07843603396311.945815918290.01718665138120.03350218923830.0970124413906-0.006649560330380.1052812215140.0735183316887-0.393507261049-0.131401314472-0.1277311896490.785421457907-0.00909718321780.01569348449290.8506607708890.01793428079020.65296309897315.7760808573-4.92557300716-33.2841932335
60.9448869308840.525407054975-0.959832180011.21268939884-1.135918405531.36400839280.152421645325-0.1744110699431.031501803180.304448134865-0.551141865994-0.308487408438-0.06852124952860.848137221146-0.04044674093150.5802252286470.1119244771-0.06049338192550.9439348212510.1212472937910.81623031231331.500581433-8.13110126082-26.1872194393
72.938605213080.5762601813151.325332766941.59936237072-0.3334567764153.0783671060.280424660687-0.03688583353840.06433533409970.01843036677510.0665370303674-0.289816642342-0.5095237137440.03579194226420.03040980006010.6593412143830.09480032490550.03757980841470.7007878518590.04654091283720.64890311956233.3887826164-9.58677990614-29.0747547868
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 18 through 78 )AA18 - 781 - 61
22chain 'A' and (resid 79 through 267 )AA79 - 26762 - 250
33chain 'A' and (resid 268 through 493 )AA268 - 493251 - 476
44chain 'B' and (resid 15 through 78 )BB15 - 781 - 64
55chain 'B' and (resid 79 through 404 )BB79 - 40465 - 390
66chain 'B' and (resid 405 through 430 )BB405 - 430391 - 416
77chain 'B' and (resid 431 through 493 )BB431 - 493417 - 479

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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