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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dpt | ||||||
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タイトル | Structural basis for ligand binding modes of CTP synthase | ||||||
要素 | CTP synthaseCTP synthetase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / substrate-bound / filament / DON | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / larval lymph gland hemopoiesis / cytoophidium / CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / larval lymph gland hemopoiesis / cytoophidium / CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, J.L. / Zhou, X. / Guo, C.J. / Chang, C.C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Structural basis for ligand binding modes of CTP synthase. 著者: Xian Zhou / Chen-Jun Guo / Chia-Chun Chang / Jiale Zhong / Huan-Huan Hu / Guang-Ming Lu / Ji-Long Liu / 要旨: Cytidine triphosphate synthase (CTPS), which comprises an ammonia ligase domain and a glutamine amidotransferase domain, catalyzes the final step of de novo CTP biosynthesis. The activity of CTPS is ...Cytidine triphosphate synthase (CTPS), which comprises an ammonia ligase domain and a glutamine amidotransferase domain, catalyzes the final step of de novo CTP biosynthesis. The activity of CTPS is regulated by the binding of four nucleotides and glutamine. While glutamine serves as an ammonia donor for the ATP-dependent conversion of UTP to CTP, the fourth nucleotide GTP acts as an allosteric activator. Models have been proposed to explain the mechanisms of action at the active site of the ammonia ligase domain and the conformational changes derived by GTP binding. However, actual GTP/ATP/UTP binding modes and relevant conformational changes have not been revealed fully. Here, we report the discovery of binding modes of four nucleotides and a glutamine analog 6-diazo-5-oxo-L-norleucine in CTPS by cryo-electron microscopy with near-atomic resolution. Interactions between GTP and surrounding residues indicate that GTP acts to coordinate reactions at both domains by directly blocking ammonia leakage and stabilizing the ammonia tunnel. Additionally, we observe the ATP-dependent UTP phosphorylation intermediate and determine interacting residues at the ammonia ligase. A noncanonical CTP binding at the ATP binding site suggests another layer of feedback inhibition. Our findings not only delineate the structure of CTPS in the presence of all substrates but also complete our understanding of the underlying mechanisms of the allosteric regulation and CTP synthesis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dpt.cif.gz | 389 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dpt.ent.gz | 332.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dpt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/7dpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/7dpt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 69539.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CTPsyn, CG45070 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9VUL1, CTP synthase (glutamine hydrolysing) |
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-非ポリマー , 6種, 124分子
#2: 化合物 | ChemComp-GTP / #3: 化合物 | ChemComp-DON / #4: 化合物 | ChemComp-ADP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-5ZL / [[( #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Drosophila substrate-bound CTP synthase / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107556 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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