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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dgj | ||||||||||||
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タイトル | The dimeric structure of K78H/G80A/H82A myoglobin | ||||||||||||
要素 | Myoglobinミオグロビン | ||||||||||||
キーワード | OXYGEN BINDING (酸素) / OXYGEN STORAGE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / 血液 / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Nagao, S. / Idomoto, A. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Hirota, S. | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2021 タイトル: Rational design of metal-binding sites in domain-swapped myoglobin dimers. 著者: Nagao, S. / Idomoto, A. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Hirota, S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dgj.cif.gz | 79.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dgj.ent.gz | 58.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dgj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/7dgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/7dgj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16939.438 Da / 分子数: 2 / 変異: K78H, G80A, H82A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE) / 参照: UniProt: P68082 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.43 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, 25% (w/v) PEG 6,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 40403 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5671 / CC1/2: 0.72 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3VM9 解像度: 1.6→47.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.346 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.028 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→47.33 Å
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拘束条件 |
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