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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7chs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 antibody P22A-1D1 with RBD | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / spike / receptor binding domain (受容体) / antibody (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Zhang, L. / Ge, J. / Wang, R. / Zhang, Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Potent and protective IGHV3-53/3-66 public antibodies and their shared escape mutant on the spike of SARS-CoV-2. 著者: Zhang, Q. / Ju, B. / Ge, J. / Chan, J.F. / Cheng, L. / Wang, R. / Huang, W. / Fang, M. / Chen, P. / Zhou, B. / Song, S. / Shan, S. / Yan, B. / Zhang, S. / Ge, X. / Yu, J. / Zhao, J. / Wang, H. ...著者: Zhang, Q. / Ju, B. / Ge, J. / Chan, J.F. / Cheng, L. / Wang, R. / Huang, W. / Fang, M. / Chen, P. / Zhou, B. / Song, S. / Shan, S. / Yan, B. / Zhang, S. / Ge, X. / Yu, J. / Zhao, J. / Wang, H. / Liu, L. / Lv, Q. / Fu, L. / Shi, X. / Yuen, K.Y. / Liu, L. / Wang, Y. / Chen, Z. / Zhang, L. / Wang, X. / Zhang, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7chs.cif.gz | 140.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7chs.ent.gz | 105.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7chs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/7chs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/7chs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24600.631 Da / 分子数: 1 / 断片: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: S, 2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P0DTC2 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23007.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 23262.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M potassium chloride, 0.1M NaHEPES, pH 7.0, 15% PEG 5000MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9769 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9769 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 36392 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.983 / Num. unique obs: 3573 / CC1/2: 0.655 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6M0J 解像度: 2.401→47.706 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 124.98 Å2 / Biso mean: 42.0731 Å2 / Biso min: 21.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.401→47.706 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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