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- PDB-7bin: Salmonella export gate and rod refined in focussed C1 map -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bin
タイトルSalmonella export gate and rod refined in focussed C1 map
要素
  • (Flagellar basal-body rod protein ...) x 3
  • (Flagellar biosynthetic protein ...) x 3
  • Flagellar basal body rod protein FlgB
  • Flagellar hook-basal body complex protein FliE
キーワードPROTEIN TRANSPORT / bacterial flagellum rod bacterial flagellum export gate basal body
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein secretion / protein targeting ...bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum assembly / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein secretion / protein targeting / membrane => GO:0016020 / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgB / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar biosynthesis protein FliQ / Flagellar basal-body rod FlgG / Flagellar biosynthesis protein FliR / Flagellar transport protein FliP / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G ...Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgB / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar biosynthesis protein FliQ / Flagellar basal-body rod FlgG / Flagellar biosynthesis protein FliR / Flagellar transport protein FliP / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / Flagella basal body rod proteins signature. / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagella basal body rod protein / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / FliP family / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal / Flagella transport protein fliP family signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar biosynthetic protein FliR / Flagellar biosynthetic protein FliQ / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgG / Flagellar basal-body rod protein FlgF / Flagellar basal body rod protein FlgB / Flagellar hook-basal body complex protein FliE / Flagellar biosynthetic protein FliP
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhi (サルモネラ菌)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Johnson, S. / Furlong, E. / Lea, S.M.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust219477 英国
Wellcome Trust209194 英国
Wellcome Trust201536 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)S021264 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2021
タイトル: Molecular structure of the intact bacterial flagellar basal body.
著者: Steven Johnson / Emily J Furlong / Justin C Deme / Ashley L Nord / Joseph J E Caesar / Fabienne F V Chevance / Richard M Berry / Kelly T Hughes / Susan M Lea /
要旨: The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that enables motility in many species. Bacterial flagella self-assemble a strong, multicomponent drive shaft that couples rotation in the ...The bacterial flagellum is a macromolecular protein complex that enables motility in many species. Bacterial flagella self-assemble a strong, multicomponent drive shaft that couples rotation in the inner membrane to the micrometre-long flagellar filament that powers bacterial swimming in viscous fluids. Here, we present structures of the intact Salmonella flagellar basal body, encompassing the inner membrane rotor, drive shaft and outer-membrane bushing, solved using cryo-electron microscopy to resolutions of 2.2-3.7 Å. The structures reveal molecular details of how 173 protein molecules of 13 different types assemble into a complex spanning two membranes and a cell wall. The helical drive shaft at one end is intricately interwoven with the rotor component with both the export gate complex and the proximal rod forming interactions with the MS-ring. At the other end, the drive shaft distal rod passes through the LP-ring bushing complex, which functions as a molecular bearing anchored in the outer membrane through interactions with the lipopolysaccharide. The in situ structure of a protein complex capping the drive shaft provides molecular insights into the assembly process of this molecular machine.
履歴
登録2021年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12192
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthetic protein FliP
B: Flagellar biosynthetic protein FliP
C: Flagellar biosynthetic protein FliP
D: Flagellar biosynthetic protein FliP
E: Flagellar biosynthetic protein FliP
F: Flagellar biosynthetic protein FliR
G: Flagellar biosynthetic protein FliQ
H: Flagellar biosynthetic protein FliQ
I: Flagellar biosynthetic protein FliQ
J: Flagellar biosynthetic protein FliQ
K: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
L: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
M: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
N: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
O: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
P: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
Q: Flagellar basal body rod protein FlgB
R: Flagellar basal body rod protein FlgB
S: Flagellar basal body rod protein FlgB
T: Flagellar basal body rod protein FlgB
U: Flagellar basal body rod protein FlgB
V: Flagellar basal-body rod protein FlgC
W: Flagellar basal-body rod protein FlgC
X: Flagellar basal-body rod protein FlgC
Y: Flagellar basal-body rod protein FlgC
Z: Flagellar basal-body rod protein FlgC
a: Flagellar basal-body rod protein FlgC
b: Flagellar basal-body rod protein FlgF
c: Flagellar basal-body rod protein FlgF
d: Flagellar basal-body rod protein FlgF
e: Flagellar basal-body rod protein FlgF
f: Flagellar basal-body rod protein FlgF
g: Flagellar basal-body rod protein FlgG
h: Flagellar basal-body rod protein FlgG
i: Flagellar basal-body rod protein FlgG
j: Flagellar basal-body rod protein FlgG
k: Flagellar basal-body rod protein FlgG
l: Flagellar basal-body rod protein FlgG
m: Flagellar basal-body rod protein FlgG
n: Flagellar basal-body rod protein FlgG
o: Flagellar basal-body rod protein FlgG
p: Flagellar basal-body rod protein FlgG
q: Flagellar basal-body rod protein FlgG
r: Flagellar basal-body rod protein FlgG
s: Flagellar basal-body rod protein FlgG
t: Flagellar basal-body rod protein FlgG
u: Flagellar basal-body rod protein FlgG
v: Flagellar basal-body rod protein FlgG
w: Flagellar basal-body rod protein FlgG
x: Flagellar basal-body rod protein FlgG
y: Flagellar basal-body rod protein FlgG
z: Flagellar basal-body rod protein FlgG
1: Flagellar basal-body rod protein FlgG
2: Flagellar basal-body rod protein FlgG
3: Flagellar basal-body rod protein FlgG
4: Flagellar basal-body rod protein FlgG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,225,01556
ポリマ－1,225,01556
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area344170 Å2
ΔGint-2301 kcal/mol
Surface area321740 Å2
手法PISA

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要素

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Flagellar biosynthetic protein ... , 3種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliP


分子量: 26801.086 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Salmonella typhi (サルモネラ菌) / 参照: UniProt: Q8Z5R3
#2: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein FliR


分子量: 28938.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A3U0BCQ2
#3: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliQ


分子量: 9606.758 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
参照: UniProt: A0A3Y0WXN7

-
タンパク質 , 2種, 11分子 KLMNOPQRSTU

#4: タンパク質
Flagellar hook-basal body complex protein FliE


分子量: 11087.662 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 参照: UniProt: P26462
#5: タンパク質
Flagellar basal body rod protein FlgB / Putative proximal rod protein


分子量: 15145.061 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 参照: UniProt: P16437

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Flagellar basal-body rod protein ... , 3種, 35分子 VWXYZabcdefghijklmnopqrstuvwxy...

#6: タンパク質
Flagellar basal-body rod protein FlgC / Putative proximal rod protein


分子量: 13991.889 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 参照: UniProt: P0A1I7
#7: タンパク質
Flagellar basal-body rod protein FlgF / Putative proximal rod protein


分子量: 26121.223 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 参照: UniProt: P16323
#8: タンパク質 ...
Flagellar basal-body rod protein FlgG / Distal rod protein


分子量: 27784.807 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 参照: UniProt: P0A1J3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Flagellar LP ring / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 59 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4SIMPLE3CTF補正
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60497 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 74.76 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010182837
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8967112567
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.050713422
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00614862
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.762830356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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