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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ayh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Aurora A in complex with 7-(2-Anilinopyrimidin-4-yl)-1-benzazepin-2-one derivative (compound 2c) | ||||||
要素 | Aurora kinase AオーロラAキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / kinase inhibitor / aurora kinase (オーロラキナーゼ) / stk6 (オーロラAキナーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / positive regulation of oocyte maturation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / 紡錘体 / mitotic centrosome separation / 卵母細胞 / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / positive regulation of mitochondrial fission / spindle organization / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / 中心小体 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of mitotic nuclear division / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / regulation of cytokinesis / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / 紡錘体 / spindle / 動原体 / response to wounding / microtubule cytoskeleton / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / basolateral plasma membrane / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 微小管 / postsynaptic density / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / negative regulation of gene expression / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / 中心体 / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chaikuad, A. / Karatas, M. / Kunick, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2021 タイトル: 7-(2-Anilinopyrimidin-4-yl)-1-benzazepin-2-ones Designed by a "Cut and Glue" Strategy Are Dual Aurora A/VEGF-R Kinase Inhibitors. 著者: Karatas, M. / Chaikuad, A. / Berger, B. / Kubbutat, M.H.G. / Totzke, F. / Knapp, S. / Kunick, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ayh.cif.gz | 119.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ayh.ent.gz | 92.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ayh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/7ayh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/7ayh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32948.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-S9H / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99986 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99986 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→44.28 Å / Num. obs: 9066 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 19.3 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ONE 解像度: 2.8→44.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 50.894 / SU ML: 0.446 / SU R Cruickshank DPI: 1.6239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.624 / ESU R Free: 0.434 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 224.55 Å2 / Biso mean: 132.566 Å2 / Biso min: 79.57 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→44.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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