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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7awa | |||||||||||||||
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タイトル | SctV (SsaV) cytoplasmic domain | |||||||||||||||
要素 | Secretion system apparatus protein SsaV分泌 | |||||||||||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Type III secretion / T3SS / Export Apparatus | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Matthews-Palmer, T.R.S. / Gonzalez-Rodriguez, N. / Calcraft, T. / Lagercrantz, S. / Zachs, T. / Yu, X.J. / Grabe, G. / Holden, D. / Nans, A. / Rosenthal, P. ...Matthews-Palmer, T.R.S. / Gonzalez-Rodriguez, N. / Calcraft, T. / Lagercrantz, S. / Zachs, T. / Yu, X.J. / Grabe, G. / Holden, D. / Nans, A. / Rosenthal, P. / Rouse, S. / Beeby, M. | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Structure of the cytoplasmic domain of SctV (SsaV) from the Salmonella SPI-2 injectisome and implications for a pH sensing mechanism. 著者: Teige R S Matthews-Palmer / Nayim Gonzalez-Rodriguez / Thomas Calcraft / Signe Lagercrantz / Tobias Zachs / Xiu-Jun Yu / Grzegorz J Grabe / David W Holden / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / ...著者: Teige R S Matthews-Palmer / Nayim Gonzalez-Rodriguez / Thomas Calcraft / Signe Lagercrantz / Tobias Zachs / Xiu-Jun Yu / Grzegorz J Grabe / David W Holden / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / Sarah L Rouse / Morgan Beeby / 要旨: Bacterial type III secretion systems assemble the axial structures of both injectisomes and flagella. Injectisome type III secretion systems subsequently secrete effector proteins through their ...Bacterial type III secretion systems assemble the axial structures of both injectisomes and flagella. Injectisome type III secretion systems subsequently secrete effector proteins through their hollow needle into a host, requiring co-ordination. In the Salmonella enterica serovar Typhimurium SPI-2 injectisome, this switch is triggered by sensing the neutral pH of the host cytoplasm. Central to specificity switching is a nonameric SctV protein with an N-terminal transmembrane domain and a toroidal C-terminal cytoplasmic domain. A 'gatekeeper' complex interacts with the SctV cytoplasmic domain in a pH dependent manner, facilitating translocon secretion while repressing effector secretion through a poorly understood mechanism. To better understand the role of SctV in SPI-2 translocon-effector specificity switching, we purified full-length SctV and determined its toroidal cytoplasmic region's structure using cryo-EM. Structural comparisons and molecular dynamics simulations revealed that the cytoplasmic torus is stabilized by its core subdomain 3, about which subdomains 2 and 4 hinge, varying the flexible outside cleft implicated in gatekeeper and substrate binding. In light of patterns of surface conservation, deprotonation, and structural motion, the location of previously identified critical residues suggest that gatekeeper binds a cleft buried between neighboring subdomain 4s. Simulations suggest that a local pH change from 5 to 7.2 stabilizes the subdomain 3 hinge and narrows the central aperture of the nonameric torus. Our results are consistent with a model of local pH sensing at SctV, where pH-dependent dynamics of SctV cytoplasmic domain affect binding of gatekeeper complex. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7awa.cif.gz | 123.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7awa.ent.gz | 99.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7awa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76221.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: ssaV, STM1414 / プラスミド: pQlinkN / 詳細 (発現宿主): pQlinkN-t5-ssaV6his-ampR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P74856 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion system export apparatus protein.Type three secretion system タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: Full length protein including transmembrane domain recombinantly expressed in E.coli C41 and extracted from membrane fraction with detergent DDM. Transmembrane domain present but not resolved. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.68 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) / 株: LT2 | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41(DE3) / プラスミド: pQlinkN-ssaV6his | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample was monodisperse on a continuous carbon film. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot 2.5s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6729 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 988000 詳細: interactive training particle picker in Xmipp, used in the Scipion wrapper | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C9 (9回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 361000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER |