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- PDB-7au1: Structure of P. aeruginosa PBP3 in complex with a benzoxaborole (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7au1
タイトルStructure of P. aeruginosa PBP3 in complex with a benzoxaborole (Compound 12)
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / D / D-transpeptidase / boron-binding / divalency
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / タンパク質分解 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-S08 / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Newman, H. / Bellini, B. / Dowson, C.G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: High-Throughput Crystallography Reveals Boron-Containing Inhibitors of a Penicillin-Binding Protein with Di- and Tricovalent Binding Modes.
著者: Newman, H. / Krajnc, A. / Bellini, D. / Eyermann, C.J. / Boyle, G.A. / Paterson, N.G. / McAuley, K.E. / Lesniak, R. / Gangar, M. / von Delft, F. / Brem, J. / Chibale, K. / Schofield, C.J. / Dowson, C.G.
履歴
登録2020年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年9月22日Group: Data collection / Database references / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc
Item: _chem_comp.formula / _citation.journal_volume ..._chem_comp.formula / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,33012
ポリマ－58,0271
非ポリマー1,30311
水7,206400
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area22210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.038, 81.925, 88.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3


分子量: 58027.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: ftsI, pbpB, PA4418 / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: G3XD46, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase

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非ポリマー , 5種, 411分子

#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-S08 / 2-(6-(((R)-2-amino-2-oxo-1-phenylethyl)carbamoyl)-1-hydroxy-1,3-dihydrobenzo[c][1,2]oxaborol-3-yl)acetic acid / 2-[(3S)-6-[[(1R)-2-azanyl-2-oxidanylidene-1-phenyl-ethyl]carbamoyl]-1-oxidanyl-3H-2,1-benzoxaborol-3-yl]ethanoic acid


分子量: 368.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17BN2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol 3,350, 0.1M Bis-Tris propane pH 6 and 1% (w/v) protamine sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→60.039 Å / Num. obs: 69775 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.36→1.491 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Num. unique obs: 3488 / Rpim(I) all: 0.381 / Rrim(I) all: 0.935 / % possible all: 62.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HZR

6hzr


解像度: 1.36→60.039 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.143 / SU B: 3.811 / SU ML: 0.061 / Average fsc free: 0.9407 / Average fsc work: 0.9566 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 3465 4.966 %
Rwork0.1445 66310 -
all0.147 --
obs-69775 65.603 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.581 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.72 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.212 Å20 Å2
3---2.933 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→60.039 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3795 0 85 400 4280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0134200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9241.6485719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4621.5839491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7485556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.54920.393229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6515706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4041544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2813
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1920.23864
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.21950
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0850.22006
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0660.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.330.258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2880.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2330.236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1610.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0931.792071
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0941.7882069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6022.6872600
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6022.6882601
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2582.2952129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2612.2972130
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9433.2713092
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9423.2723093
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.18322.6934639
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.1222.3574565
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.26738326
LS精密化 シェル解像度: 1.36→1.395 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 10 -
Rwork0.312 162 -
obs--2.2131 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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