+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7atm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of P. aeruginosa PBP3 in complex with a phenyl boronic acid (Compound 1) | ||||||
要素 | Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / D / D-transpeptidase / boron-binding / trivalency | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / タンパク質分解 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.582 Å | ||||||
データ登録者 | Newman, H. / Bellini, B. / Dowson, C.G. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: High-Throughput Crystallography Reveals Boron-Containing Inhibitors of a Penicillin-Binding Protein with Di- and Tricovalent Binding Modes. 著者: Newman, H. / Krajnc, A. / Bellini, D. / Eyermann, C.J. / Boyle, G.A. / Paterson, N.G. / McAuley, K.E. / Lesniak, R. / Gangar, M. / von Delft, F. / Brem, J. / Chibale, K. / Schofield, C.J. / Dowson, C.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7atm.cif.gz | 114.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7atm.ent.gz | 84.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7atm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7atm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7atm | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58027.047 Da / 分子数: 1 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: ftsI, pbpB, PA4418 / プラスミド: pET47b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: G3XD46, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-RY2 / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol 3 350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8 and 1% (w/v) protamine sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97624 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→59.824 Å / Num. obs: 53811 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.715 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 1.413 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2692 / CC1/2: 0.542 / Rpim(I) all: 0.524 / % possible all: 62.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6R3X 解像度: 1.582→59.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.222 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.111 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.54 Å2 / Biso mean: 33.059 Å2 / Biso min: 15.19 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.582→59.82 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.582→1.623 Å / Rfactor Rfree error: 0
|