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- PDB-7at0: Structure of the Hormone-Sensitive Lipase like EstD11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7at0
タイトルStructure of the Hormone-Sensitive Lipase like EstD11
要素EstD11
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Esterase Hormone-Sensitive Lipase Metagenome library Crystal structure
機能・相同性ギ酸 / フェノール
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Miguel-Ruano, V. / Rivera, I. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-90030-P スペイン
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / : 2021
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of a novel thermophilic esterase EstD11 provide catalytic insights for the HSL family.
著者: Miguel-Ruano, V. / Rivera, I. / Rajkovic, J. / Knapik, K. / Torrado, A. / Otero, J.M. / Beneventi, E. / Becerra, M. / Sanchez-Costa, M. / Hidalgo, A. / Berenguer, J. / Gonzalez-Siso, M.I. / ...著者: Miguel-Ruano, V. / Rivera, I. / Rajkovic, J. / Knapik, K. / Torrado, A. / Otero, J.M. / Beneventi, E. / Becerra, M. / Sanchez-Costa, M. / Hidalgo, A. / Berenguer, J. / Gonzalez-Siso, M.I. / Cruces, J. / Rua, M.L. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2020年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年2月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / diffrn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.ambient_temp
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EstD11
B: EstD11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,61812
ポリマ-64,1102
非ポリマー50810
10,647591
1
A: EstD11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3797
ポリマ-32,0551
非ポリマー3246
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: EstD11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2395
ポリマ-32,0551
非ポリマー1844
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.883, 80.168, 144.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EstD11


分子量: 32054.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル / フェノール


分子量: 94.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H6O
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 3,2M Sodium formate + 0,1M citrate pH 5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→48.33 Å / Num. obs: 174770 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 2259919 / Scaling rejects: 2
反射 シェル解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.994 / Num. unique obs: 8521 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.292 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XVC
解像度: 1.2→45.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.227 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15049 8727 5 %RANDOM
Rwork0.12266 ---
obs0.12404 165932 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.314 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å2-0 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→45.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4486 0 34 591 5111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0185133
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.897061
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2642.93111311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5485696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.59922.701211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.43215838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.051557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5911.3352646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6031.3372647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.992.0123388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other22.0133389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9051.7042487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7941.692476
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3642.4223674
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.718.2855988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.33217.5135828
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.541310025
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 636 -
Rwork0.218 12147 -
obs--99.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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