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万見
- PDB-7ajk: Crystal structure of CRYI-B Rac1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ajk
タイトルCrystal structure of CRYI-B Rac1 complex
要素
  • CYFIP-related Rac1 interactor B
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / Actin (アクチン) / cytoskeleton (細胞骨格) / Rac1 (RAC1) / GTPase (GTPアーゼ) / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class Ib protein binding, via antigen binding groove / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / cellular response to molecule of bacterial origin / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / platelet degranulation / NADPH oxidase complex ...MHC class Ib protein binding, via antigen binding groove / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / cellular response to molecule of bacterial origin / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / platelet degranulation / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / negative regulation of actin filament polymerization / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / respiratory burst / regulation of chemotaxis / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / cell projection assembly / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / PCP/CE pathway / motor neuron axon guidance / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / regulation of establishment of cell polarity / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of cell size / DSCAM interactions / regulation of mitochondrial fission / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / positive regulation of memory T cell activation / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / localization / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / actin filament polymerization / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / positive regulation of endothelial cell migration / secretory granule membrane / platelet alpha granule lumen / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / actin filament organization / 運動性 / RHO GTPases Activate Formins / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / neuron migration / MAPK6/MAPK4 signaling
類似検索 - 分子機能
CYFIP-related Rac1 interactor / CYRIA/CYRIB, Rac1 binding domain / CYRIA/CYRIB Rac1 binding domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases ...CYFIP-related Rac1 interactor / CYRIA/CYRIB, Rac1 binding domain / CYRIA/CYRIB Rac1 binding domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / CYFIP-related Rac1 interactor B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yelland, T. / Anh, L. / Insall, R. / Machesky, L. / Ismail, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Cancer Research UK
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of CYRI-B Direct Competition with Scar/WAVE Complex for Rac1.
著者: Yelland, T. / Le, A.H. / Nikolaou, S. / Insall, R. / Machesky, L. / Ismail, S.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_radiation_wavelength / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.22024年1月31日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
CCC: CYFIP-related Rac1 interactor B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2324
ポリマ－56,6862
非ポリマー5472
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, 30uM Kd
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.870, 81.870, 355.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Cell migration-inducing gene 5 protein / Ras-like protein TC25 / p21-Rac1


分子量: 19836.857 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1, TC25, MIG5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000, 低分子量GTPアーゼ
#2: タンパク質 CYFIP-related Rac1 interactor B / L1


分子量: 36848.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYRIB, CYRI, FAM49B, BM-009 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NUQ9
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.47 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8% v/v PEG4,000 0.1M Tris pH 8.5 0.2M Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→59.382 Å / Num. obs: 13493 / % possible obs: 97.92 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Num. unique obs: 2398 / CC1/2: 0.917

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GZL

4gzl


解像度: 3.1→59.382 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 23.055 / SU ML: 0.397 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.475 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2818 672 4.98 %
Rwork0.2486 12821 -
all0.25 --
obs-13493 97.839 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 79.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.897 Å20.449 Å20 Å2
2--0.897 Å20 Å2
3----2.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→59.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3567 0 33 12 3612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0133663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0173451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0871.654965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1281.5768002
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2735450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.65922.472178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.26515642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7051522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.3950.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2280.23200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.21833
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.21560
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0220.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0670.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.4990.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2750.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2770.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.3988.4261818
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.3998.4211816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.79412.6542264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.79512.6542264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.448.8611844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.4388.8631845
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.18813.0932701
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.18613.0952702
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it14.802101.7354193
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other14.801101.7554194
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.1810.315420.287937X-RAY DIFFRACTION99.5931
3.181-3.2680.374500.314906X-RAY DIFFRACTION99.4797
3.268-3.3620.408560.317862X-RAY DIFFRACTION99.5662
3.362-3.4660.404430.308849X-RAY DIFFRACTION98.1298
3.466-3.5790.302390.285844X-RAY DIFFRACTION99.1021
3.579-3.7050.33420.279813X-RAY DIFFRACTION99.073
3.705-3.8440.327380.272767X-RAY DIFFRACTION98.2906
3.844-4.0010.227400.267751X-RAY DIFFRACTION98.875
4.001-4.1790.311460.248713X-RAY DIFFRACTION97.6834
4.179-4.3830.207410.208686X-RAY DIFFRACTION98.6432
4.383-4.6190.216330.207668X-RAY DIFFRACTION97.2261
4.619-4.8990.296220.216633X-RAY DIFFRACTION97.6155
4.899-5.2370.248320.242596X-RAY DIFFRACTION97.6672
5.237-5.6550.376320.276543X-RAY DIFFRACTION96.9646
5.655-6.1940.314270.274521X-RAY DIFFRACTION96.8198
6.194-6.9220.28230.265476X-RAY DIFFRACTION96.7054
6.922-7.9890.212280.232410X-RAY DIFFRACTION93.9914
7.989-9.7730.173160.179362X-RAY DIFFRACTION95.2141
9.773-13.7750.156120.177304X-RAY DIFFRACTION92.9412
13.775-59.3820.532100.346180X-RAY DIFFRACTION87.963

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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