[日本語] English
万見
- PDB-7agf: HAd7 knob in complex with 3 EC2-EC3 modules of DSG-2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7agf
タイトルHAd7 knob in complex with 3 EC2-EC3 modules of DSG-2
要素
  • Desmoglein-2デスモグレイン2
  • Fiber繊維
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / adenovirus (アデノウイルス) / cell receptor (受容体) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / ケラチン / 接着斑 / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins ...Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / ケラチン / 接着斑 / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of heart rate by cardiac conduction / RHOG GTPase cycle / 介在板 / maternal process involved in female pregnancy / lateral plasma membrane / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / cell adhesion molecule binding / response to progesterone / 細胞接着 / カプシド / cell-cell junction / 細胞結合 / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / host cell nucleus / calcium ion binding / 細胞膜 / extracellular exosome / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Desmosomal cadherin / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Catenin binding domain superfamily / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Cadherin conserved site ...Desmosomal cadherin / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Catenin binding domain superfamily / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
繊維状タンパク質 / デスモグレイン2 / 繊維
類似検索 - 構成要素
生物種Human adenovirus B serotype 7 (ヒトアデノウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Effantin, G. / Vassal-Stermann, E. / Fender, P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0001 フランス
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2020
タイトル: Binding Mechanism Elucidation of the Acute Respiratory Disease Causing Agent Adenovirus of Serotype 7 to Desmoglein-2.
著者: Marc-André Hograindleur / Gregory Effantin / Daphna Fenel / Caroline Mas / André Lieber / Guy Schoehn / Pascal Fender / Emilie Vassal-Stermann /
要旨: The study of viruses causing acute respiratory distress syndromes (ARDS) is more essential than ever at a time when a virus can create a global pandemic in a matter of weeks. Among human ...The study of viruses causing acute respiratory distress syndromes (ARDS) is more essential than ever at a time when a virus can create a global pandemic in a matter of weeks. Among human adenoviruses, adenovirus of serotype 7 (HAdV7) is one of the most virulent serotypes. This virus regularly re-emerges in Asia and has just been the cause of several deaths in the United States. A critical step of the virus life cycle is the attachment of the knob domain of the fiber (HAd7K) to the cellular receptor desmoglein-2 (DSG2). Complexes between the fiber knob and two extracellular domains of DSG2 have been produced. Their characterization by biochemical and biophysical methods show that these two domains are sufficient for the interaction and that the trimeric HAd7K could accommodate up to three DSG2 receptor molecules. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of these complexes at 3.1 Å resolution confirmed the biochemical data, and allowed the identification of the critical amino acid residues for this interaction, which shows similarities with other DSG2 interacting adenoviruses, despite a low homology in the primary sequences.
履歴
登録2020年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11778
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fiber
D: Desmoglein-2
E: Desmoglein-2
F: Desmoglein-2
B: Fiber
C: Fiber


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8466
ポリマ－151,8466
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "C"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "A"
d_1ens_2chain "D"
d_2ens_2chain "E"
d_3ens_2chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASPASPF1 - 198
d_21ens_1ASPASPE1 - 198
d_31ens_1ASPASPA1 - 198
d_11ens_2VALVALB1 - 231
d_21ens_2VALVALC1 - 231
d_31ens_2VALVALD1 - 231

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.500136271588, 0.865946709357, 7.99786116202E-5), (-0.8659465951, -0.500136153125, -0.000568130907481), (-0.000451970894669, -0.000353400080254, 0.999999835415)16.5014492447, 153.839616243, 0.0546696301126
2given(-0.499568205797, -0.866274553151, 7.94987289521E-5), (0.866274277552, -0.499567968969, 0.000848782932857), (-0.000695564037325, 0.000492892670867, 0.999999636624)141.457033235, 62.5692980224, 0.0156991767547
3given(-0.500775551654, -0.865577005667, 0.000542334305817), (0.865577033979, -0.500775729818, -0.000258210903232), (0.000495089278251, 0.000340126412345, 0.9999998196)141.455740462, 62.7469219639, -0.027285756196
4given(-0.498183090378, 0.867070852808, 0.00132086030597), (-0.867071794439, -0.498181887993, -0.00114444937255), (-0.000334290012446, -0.0017154260409, 0.999998472781)16.1832566801, 153.811041387, 0.193899438733

-
要素

#1: タンパク質 Fiber / 繊維 / Fiber protein / L5 fiber protein


分子量: 23489.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human adenovirus B serotype 7 (ヒトアデノウイルス)
遺伝子: L5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EY45, UniProt: P15141*PLUS
#2: タンパク質 Desmoglein-2 / デスモグレイン2 / Cadherin family member 5 / HDGC


分子量: 27126.275 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DSG2, CDHF5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14126

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of DSG-2COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Desmoglein-2デスモグレイン2COMPLEX#21RECOMBINANT
3Fiber繊維COMPLEX#11RECOMBINANT
分子量値: 0.13 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Human adenovirus B serotype 7 (ヒトアデノウイルス)10519
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58219 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 47.67 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00610269
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.84614010
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.5741365
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0541653
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051815
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000702045966641
ens_1d_3FELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000714009299312
ens_2d_2BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708597483044
ens_2d_3BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000718493983979

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る