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- PDB-6zzt: Structure of the borneol dehydrogenases of Salvia rosmarinus (hig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zzt
タイトルStructure of the borneol dehydrogenases of Salvia rosmarinus (high salt condition)
要素BORNEOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TERPENOID (テルペノイド) / ALCOHOL / Borneol (ボルネオール) / Rossmann-like fold
機能・相同性NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Salvia rosmarinus (ローズマリー)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Dimos, N. / Helmer, C.P.O. / Loll, B.
引用ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2021
タイトル: A Structural View on the Stereospecificity of Plant Borneol-Type Dehydrogenases.
著者: Chanique, A.M. / Dimos, N. / Drienovska, I. / Calderini, E. / Pantin, M.P. / Helmer, C.P.O. / Hofer, M. / Sieber, V. / Parra, L.P. / Loll, B. / Kourist, R.
履歴
登録2020年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BORNEOL DEHYDROGENASE
B: BORNEOL DEHYDROGENASE
C: BORNEOL DEHYDROGENASE
D: BORNEOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,8727
ポリマ－121,1384
非ポリマー7343
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17110 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area33270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.386, 107.386, 218.571
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGASPASP(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA9 - 5430 - 75
12LEULEULEULEU(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA5677
13ASNASNASPASP(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA59 - 10980 - 130
14LEULEULYSLYS(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA111 - 137132 - 158
15GLYGLYPHEPHE(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA139 - 190160 - 211
16METMETMETMET(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA206227
17GLUGLUSERSER(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA208 - 212229 - 233
18VALVALLYSLYS(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA214 - 218235 - 239
19ILEILESERSER(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA221 - 236242 - 257
110GLUGLUTHRTHR(chain 'A' and (resid 9 through 54 or resid 56...AA238 - 265259 - 286
211ARGARGASPASP(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB9 - 5430 - 75
212LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB5677
213ASNASNASPASP(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB59 - 10980 - 130
214LEULEULYSLYS(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB111 - 137132 - 158
215GLYGLYPHEPHE(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB139 - 190160 - 211
216METMETMETMET(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB206227
217GLUGLUSERSER(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB208 - 212229 - 233
218VALVALLYSLYS(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB214 - 218235 - 239
219ILEILESERSER(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB221 - 236242 - 257
220GLUGLUTHRTHR(chain 'B' and (resid 9 through 54 or resid 56...BB238 - 265259 - 286
321ARGARGASPASP(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC9 - 5430 - 75
322LEULEULEULEU(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC5677
323ASNASNASPASP(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC59 - 10980 - 130
324LEULEULYSLYS(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC111 - 137132 - 158
325GLYGLYPHEPHE(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC139 - 190160 - 211
326METMETMETMET(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC206227
327GLUGLUSERSER(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC208 - 212229 - 233
328VALVALLYSLYS(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC214 - 218235 - 239
329ILEILESERSER(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC221 - 236242 - 257
330GLUGLUTHRTHR(chain 'C' and (resid 9 through 54 or resid 56...CC238 - 265259 - 286
431ARGARGASPASP(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD9 - 5430 - 75
432LEULEULEULEU(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD5677
433ASNASNASPASP(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD59 - 10980 - 130
434LEULEULYSLYS(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD111 - 137132 - 158
435GLYGLYPHEPHE(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD139 - 190160 - 211
436METMETMETMET(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD206227
437GLUGLUSERSER(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD208 - 212229 - 233
438VALVALLYSLYS(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD214 - 218235 - 239
439ILEILESERSER(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD221 - 236242 - 257
440GLUGLUTHRTHR(chain 'D' and (resid 9 through 54 or resid 56...DD238 - 265259 - 286

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要素

#1: タンパク質
BORNEOL DEHYDROGENASE


分子量: 30284.529 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salvia rosmarinus (ローズマリー)
プラスミド: pET15a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris/HCl pH 5.5 to pH 7.2, and 2.7 M to 3.2 M NaCl
PH範囲: 5.5 - 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 40188 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 67.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rrim(I) all: 0.152 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 2.284 / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 6358 / CC1/2: 0.612 / Rrim(I) all: 2.386 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bgm

2bgm


解像度: 2.6→18.14 Å / SU ML: 0.4127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.3852
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 2000 5 %
Rwork0.21 38006 -
obs0.2123 40006 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→18.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7354 0 46 28 7428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00637506
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.870310166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05551231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00531296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.58272638
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.660.47031390.42992646X-RAY DIFFRACTION99.22
2.66-2.730.40321390.40062656X-RAY DIFFRACTION99.79
2.74-2.820.37911400.34822672X-RAY DIFFRACTION99.79
2.82-2.910.37651410.31982683X-RAY DIFFRACTION99.96
2.91-3.010.42491410.2992668X-RAY DIFFRACTION99.96
3.01-3.130.31181410.28542682X-RAY DIFFRACTION99.93
3.13-3.270.38261410.26052680X-RAY DIFFRACTION99.89
3.27-3.440.29781430.25652704X-RAY DIFFRACTION99.93
3.44-3.660.24651420.20662699X-RAY DIFFRACTION99.79
3.66-3.940.23041430.19532718X-RAY DIFFRACTION99.83
3.94-4.330.2551450.17332739X-RAY DIFFRACTION99.9
4.33-4.940.21361440.16232739X-RAY DIFFRACTION99.79
4.94-6.180.2461470.18912789X-RAY DIFFRACTION99.86
6.19-18.140.16961540.16022931X-RAY DIFFRACTION99.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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