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万見
- PDB-6zxa: LH2 complex from Marichromatium purpuratum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zxa
タイトルLH2 complex from Marichromatium purpuratum
要素
  • LHC domain-containing protein
  • Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / purple bacteria (紅色細菌) / light harvesting complex / Marichromatium purpuratum / okenone.
機能・相同性
機能・相同性情報


: / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
バクテリオクロロフィル / 9-cis-okenone / all-trans okenone / Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta / LHC domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Gardiner, A.T. / Naydenova, K. / Castro-Hartmann, P. / Nguyen-Phan, T.C. / Russo, C.J. / Sader, K. / Hunter, C.N. / Cogdell, R.J. / Qian, P.
資金援助 米国, 英国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0001035 米国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_120117 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: The 2.4 Å cryo-EM structure of a heptameric light-harvesting 2 complex reveals two carotenoid energy transfer pathways.
著者: Alastair T Gardiner / Katerina Naydenova / Pablo Castro-Hartmann / Tu C Nguyen-Phan / Christopher J Russo / Kasim Sader / C Neil Hunter / Richard J Cogdell / Pu Qian /
要旨: We report the 2.4 Ångström resolution structure of the light-harvesting 2 (LH2) complex from () determined by cryogenic electron microscopy. The structure contains a heptameric ring that is ...We report the 2.4 Ångström resolution structure of the light-harvesting 2 (LH2) complex from () determined by cryogenic electron microscopy. The structure contains a heptameric ring that is unique among all known LH2 structures, explaining the unusual spectroscopic properties of this bacterial antenna complex. We identify two sets of distinct carotenoids in the structure and describe a network of energy transfer pathways from the carotenoids to bacteriochlorophyll molecules. The geometry imposed by the heptameric ring controls the resonant coupling of the long-wavelength energy absorption band. Together, these details reveal key aspects of the assembly and oligomeric form of purple bacterial LH2 complexes that were previously inaccessible by any technique.
履歴
登録2020年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11516
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LHC domain-containing protein
B: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
C: LHC domain-containing protein
D: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
E: LHC domain-containing protein
F: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
G: LHC domain-containing protein
H: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
I: LHC domain-containing protein
J: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
K: LHC domain-containing protein
L: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
M: LHC domain-containing protein
N: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,23349
ポリマ－94,98814
非ポリマー27,24635
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area79730 Å2
ΔGint-582 kcal/mol
Surface area31600 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
LHC domain-containing protein


分子量: 8015.369 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: W0E6A1
#2: タンパク質・ペプチド
Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta


分子量: 5554.275 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Marichromatium purpuratum 984 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: W0E5B0
#3: 化合物...
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル


分子量: 911.504 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-QS2 / 9-cis-okenone


分子量: 578.866 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H54O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-QSE / all-trans okenone / オケノン


分子量: 578.866 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H54O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Light harvesting complex 2 (LH2) / タイプ: COMPLEX
詳細: The LH2 complex from Mar. purpuratum forms a circular heptameter. Each subunit consists of an alpha/beta pair, in which all pigment molecules, three Bchl a and two carotenoids are bound non-covalently.
Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.11 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Marichromatium purpuratum (紅色硫黄細菌) / 株: BN5500
緩衝液pH: 8
詳細: The final buffer contains 0.02 % n-dodecyl-beta-D-maltopyranoside (DDM)
緩衝液成分濃度: 20 mM/L / 名称: Tris.HCl
試料濃度: 5.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample was mono disperse with detergent beta-DDM.
試料支持詳細: Fischione 1070 / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blowing time, 10.0 sec.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 0.29 sec. / 電子線照射量: 43.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9543

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cisTEM1粒子像選択
2EPU2.5画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティングIn CCPEM 1.3.0
8UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
10PHENIX1.17.1モデル精密化
11REFMACモデル精密化In CCPEM 1.3.0
12RELION3.1初期オイラー角割当
13RELION3.1最終オイラー角割当
14RELION3.1分類
15RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1330154
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 414511 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 22.55 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
11LGH

1lgh

A11-56
21LGH

1lgh

B11-45
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 50.29 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00818876
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.29312418
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06661141
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00751799
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.05851736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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