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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zsd | |||||||||||||||
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タイトル | Human mitochondrial ribosome in complex with mRNA, P-site tRNA and E-site tRNA | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Mitochondria (ミトコンドリア) / Ribosome (リボソーム) / tRNA (転移RNA) / mRNA (伝令RNA) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / positive regulation of mitochondrial translation ...mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / anatomical structure morphogenesis / 転写後修飾 / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / apoptotic signaling pathway / small ribosomal subunit rRNA binding / 核小体 / ribosomal small subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / double-stranded RNA binding / regulation of translation / 細胞結合 / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / endonuclease activity / 核膜 / ミトコンドリア内膜 / cell population proliferation / negative regulation of translation / tRNA binding / rRNA binding / nuclear body / リボソーム / ミトコンドリアマトリックス / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / シナプス / apoptotic process / GTP binding / 核小体 / positive regulation of DNA-templated transcription / ミトコンドリア / extracellular space / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Aibara, S. / Singh, V. / Modelska, A. / Amunts, A. | |||||||||||||||
資金援助 | 4件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural basis of mitochondrial translation. 著者: Shintaro Aibara / Vivek Singh / Angelika Modelska / Alexey Amunts / 要旨: Translation of mitochondrial messenger RNA (mt-mRNA) is performed by distinct mitoribosomes comprising at least 36 mitochondria-specific proteins. How these mitoribosomal proteins assist in the ...Translation of mitochondrial messenger RNA (mt-mRNA) is performed by distinct mitoribosomes comprising at least 36 mitochondria-specific proteins. How these mitoribosomal proteins assist in the binding of mt-mRNA and to what extent they are involved in the translocation of transfer RNA (mt-tRNA) is unclear. To visualize the process of translation in human mitochondria, we report ~3.0 Å resolution structure of the human mitoribosome, including the L7/L12 stalk, and eight structures of its functional complexes with mt-mRNA, mt-tRNAs, recycling factor and additional trans factors. The study reveals a transacting protein module LRPPRC-SLIRP that delivers mt-mRNA to the mitoribosomal small subunit through a dedicated platform formed by the mitochondria-specific protein mS39. Mitoribosomal proteins of the large subunit mL40, mL48, and mL64 coordinate translocation of mt-tRNA. The comparison between those structures shows dynamic interactions between the mitoribosome and its ligands, suggesting a sequential mechanism of conformational changes. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zsd.cif.gz | 6.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zsd.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6zsd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/6zsd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/6zsd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+39S ribosomal protein ... , 48種, 53分子 0123456789XDXEXFXHXIXJXKXLXMXNXOXPXQXRXSXTXUXVXWXX...
-RNA鎖 , 6種, 6分子 XAAAXBr1r3r4
#11: RNA鎖 | 分子量: 500042.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1025814679 |
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#17: RNA鎖 | 分子量: 306112.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#43: RNA鎖 | 分子量: 22961.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#83: RNA鎖 | 分子量: 3269.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#84: RNA鎖 | 分子量: 22037.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#85: RNA鎖 | 分子量: 22427.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
+28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 A0A1ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZ
-タンパク質 , 6種, 6分子 A2A3A4opq
#14: タンパク質 | 分子量: 13498.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BP2 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWT8 |
#16: タンパク質 | 分子量: 78648.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY7 |
#79: タンパク質 | 分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6 |
#80: タンパク質 | 分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase |
#81: タンパク質 | 分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A
#88: タンパク質・ペプチド | |
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-非ポリマー , 4種, 204分子
#89: 化合物 | ChemComp-ZN / #90: 化合物 | ChemComp-MG / #91: 化合物 | ChemComp-DOL / | #92: 化合物 | ChemComp-GTP / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | QUINUPRIST研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human mitochondrial ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#87 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24491 / 対称性のタイプ: POINT |