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- PDB-6zm5: Human mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zm5
タイトルHuman mitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 27
  • (39S ribosomal protein ...) x 48
  • 12S mitochondrial rRNA
  • 16S mitochondrial rRNA
  • A-site tRNA with aminoacylation
  • Aurora kinase A-interacting protein
  • Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
  • Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
  • Mitochondrial inner membrane protein OXA1Lミトコンドリア内膜
  • Nascent polypeptide
  • P-site tRNA
  • Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
  • Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
  • Ribosomal protein 63, mitochondrialリボソーム
  • mRNA伝令RNA
  • mitochondrial tRNAVal
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mitochondrion (ミトコンドリア) / translation (翻訳 (生物学)) / membrane insertion / translocon (トランスロコン) / peptidyl-tRNA (細菌の翻訳)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein insertion into mitochondrial inner membrane from matrix / membrane insertase activity / negative regulation of oxidoreductase activity / mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific ...protein insertion into mitochondrial inner membrane from matrix / membrane insertase activity / negative regulation of oxidoreductase activity / mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational termination / mitochondrial transcription / mitochondrial ribosome assembly / mitochondrial translational elongation / translation release factor activity, codon nonspecific / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / negative regulation of ATP-dependent activity / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / anatomical structure morphogenesis / 転写後修飾 / rescue of stalled ribosome / 細胞呼吸 / cellular response to leukemia inhibitory factor / apoptotic signaling pathway / ミトコンドリア / protein tetramerization / small ribosomal subunit rRNA binding / 核小体 / ribosomal small subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / double-stranded RNA binding / regulation of translation / 細胞結合 / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / endonuclease activity / 核膜 / ミトコンドリア内膜 / cell population proliferation / negative regulation of translation / tRNA binding / rRNA binding / nuclear body / リボソーム / ミトコンドリアマトリックス / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / シナプス / apoptotic process / GTP binding / 核小体 / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / extracellular space / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / PPR repeat family / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 ...Membrane insertase YidC/Oxa1, C-terminal / 60Kd inner membrane protein / Membrane insertase YidC/ALB3/OXA1/COX18 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / PPR repeat family / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 40S ribosomal protein rpS2 (S5p), N-terminal / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L37/S30 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / Ribosomal protein L35, mitochondrial / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / Tim44-like domain / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Tim44-like domain / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Tim44 / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / PEBP-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
アラニン / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / グアノシン三リン酸 / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...アラニン / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / グアノシン三リン酸 / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Large ribosomal subunit protein bL12m / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS34 / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL62 / Mitochondrial inner membrane protein OXA1L / Large ribosomal subunit protein uL23m / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein mL54 / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein mL55 / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Small ribosomal subunit protein mS37 / Large ribosomal subunit protein mL38 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Large ribosomal subunit protein mL53 / Small ribosomal subunit protein mS39 / Large ribosomal subunit protein mL48 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Small ribosomal subunit protein mS26 / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein uL18m / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein mL40 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL66 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Large ribosomal subunit protein uL11m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein mS40 / Large ribosomal subunit protein mL42
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
Model detailsRibosome small subunit with initiation factors
データ登録者Itoh, Y. / Andrell, J. / Amunts, A.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC) スウェーデン
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Mechanism of membrane-tethered mitochondrial protein synthesis.
著者: Yuzuru Itoh / Juni Andréll / Austin Choi / Uwe Richter / Priyanka Maiti / Robert B Best / Antoni Barrientos / Brendan J Battersby / Alexey Amunts /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are tethered to the mitochondrial inner membrane to facilitate the cotranslational membrane insertion of the synthesized proteins. We report cryo-electron ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are tethered to the mitochondrial inner membrane to facilitate the cotranslational membrane insertion of the synthesized proteins. We report cryo-electron microscopy structures of human mitoribosomes with nascent polypeptide, bound to the insertase oxidase assembly 1-like (OXA1L) through three distinct contact sites. OXA1L binding is correlated with a series of conformational changes in the mitoribosomal large subunit that catalyze the delivery of newly synthesized polypeptides. The mechanism relies on the folding of mL45 inside the exit tunnel, forming two specific constriction sites that would limit helix formation of the nascent chain. A gap is formed between the exit and the membrane, making the newly synthesized proteins accessible. Our data elucidate the basis by which mitoribosomes interact with the OXA1L insertase to couple protein synthesis and membrane delivery.
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

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  • マップデータ: EMDB-11278
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S mitochondrial rRNA
B: mitochondrial tRNAVal
D: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
E: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
F: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
H: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
I: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
J: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial
K: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
L: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
M: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
N: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
O: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
P: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
Q: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
R: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
S: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
T: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
U: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
V: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
W: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
X: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
Y: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
Z: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
0: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
1: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
2: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
3: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
4: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial
5: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
6: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
7: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
8: 39S ribosomal protein L40, mitochondrial
9: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
a: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
b: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
c: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
d: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
e: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial
f: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
g: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
h: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
i: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
j: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
k: 39S ribosomal protein L53, mitochondrial
l: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial
m: 39S ribosomal protein L55, mitochondrial
o: Ribosomal protein 63, mitochondrial
p: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
q: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
r: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
s: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
t1: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial
t2: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial
t3: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial
t4: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial
t5: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial
t6: 39S ribosomal protein L12, mitochondrial
AA: 12S mitochondrial rRNA
AB: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
AC: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
AD: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
AE: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
AF: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
AG: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
AH: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
AI: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
AJ: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
AK: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
AL: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
AM: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
AN: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
AO: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
AP: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
AQ: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
AR: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
AS: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
AT: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
AU: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
AV: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
AW: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
AX: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
AY: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
AZ: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
A0: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
A1: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
A2: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
A3: Aurora kinase A-interacting protein
A4: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
u: Mitochondrial inner membrane protein OXA1L
v: Nascent polypeptide
w: A-site tRNA with aminoacylation
x: P-site tRNA
y: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,120,284336
ポリマ－3,112,12794
非ポリマー8,157242
水8,467470
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 ABAAwxy

#1: RNA鎖 16S mitochondrial rRNA


分子量: 500671.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1563835895
#2: RNA鎖 mitochondrial tRNAVal


分子量: 22961.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#54: RNA鎖 12S mitochondrial rRNA


分子量: 306120.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1858624182
#87: RNA鎖 A-site tRNA with aminoacylation


分子量: 21682.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Mixture of any mitochondrial tRNAs. Each residue was assigned as either A, U, G, or C, based on the density and conservation.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#88: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 22369.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Mixture of any mitochondrial tRNAs. Each residue was assigned as either A, U, G, or C, based on the density and conservation.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#89: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 6003.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Mixture of any mitochondrial mRNAs. Each residue was assigned as either A, U, G, or C, based on the density and conservation.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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39S ribosomal protein ... , 48種, 53分子 DEFHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ01234567...

#3: タンパク質 39S ribosomal protein L2, mitochondrial / リボソーム / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL2m


分子量: 33355.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T653
#4: タンパク質 39S ribosomal protein L3, mitochondrial / リボソーム / MRP-L3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL3m


分子量: 38689.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09001
#5: タンパク質 39S ribosomal protein L4, mitochondrial / リボソーム / MRP-L4 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL4m


分子量: 34970.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD3
#6: タンパク質 39S ribosomal protein L9, mitochondrial / リボソーム / MRP-L9 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL9m


分子量: 30296.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD2
#7: タンパク質 39S ribosomal protein L10, mitochondrial / リボソーム / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL10m


分子量: 29322.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7H8
#8: タンパク質 39S ribosomal protein L11, mitochondrial / リボソーム / MRP-L11 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL11m


分子量: 20716.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3B7
#9: タンパク質 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / リボソーム / MRP-L13 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL13m


分子量: 20633.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD1
#10: タンパク質 39S ribosomal protein L14, mitochondrial / リボソーム / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL14m


分子量: 15973.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1L8
#11: タンパク質 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / リボソーム / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL15m


分子量: 33473.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P015
#12: タンパク質 39S ribosomal protein L16, mitochondrial / リボソーム / MRP-L16 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL16m


分子量: 28496.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX20
#13: タンパク質 39S ribosomal protein L17, mitochondrial / リボソーム / MRP-L17 / LYST-interacting protein 2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL17m


分子量: 20083.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRX2
#14: タンパク質 39S ribosomal protein L18, mitochondrial / リボソーム / MRP-L18 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL18m


分子量: 20607.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H0U6
#15: タンパク質 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / リボソーム / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL19m


分子量: 33584.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49406
#16: タンパク質 39S ribosomal protein L20, mitochondrial / リボソーム / MRP-L20 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL20m


分子量: 17479.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC9
#17: タンパク質 39S ribosomal protein L21, mitochondrial / リボソーム / MRP-L21 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL21m


分子量: 22847.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z2W9
#18: タンパク質 39S ribosomal protein L22, mitochondrial / リボソーム / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL22m


分子量: 23683.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWU5
#19: タンパク質 39S ribosomal protein L23, mitochondrial / リボソーム / MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / ...MRP-L23 / L23 mitochondrial-related protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL23m / Ribosomal protein L23-like


分子量: 17718.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16540
#20: タンパク質 39S ribosomal protein L24, mitochondrial / リボソーム / MRP-L24 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL24m


分子量: 24953.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96A35
#21: タンパク質 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / リボソーム / MRP-L27 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL27m


分子量: 16102.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0M9
#22: タンパク質 39S ribosomal protein L28, mitochondrial / リボソーム / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / ...MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL28m


分子量: 30202.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13084
#23: タンパク質 39S ribosomal protein L47, mitochondrial / リボソーム / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis- ...MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis-related protein 1


分子量: 29508.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HD33
#24: タンパク質 39S ribosomal protein L30, mitochondrial / リボソーム / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL30m


分子量: 18582.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCC3
#25: タンパク質 39S ribosomal protein L32, mitochondrial / リボソーム / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL32m


分子量: 21437.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC8
#26: タンパク質 39S ribosomal protein L33, mitochondrial / リボソーム / MRP-L33 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL33m


分子量: 7635.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75394
#27: タンパク質 39S ribosomal protein L34, mitochondrial / リボソーム / MRP-L34 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL34m


分子量: 10183.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQ48
#28: タンパク質 39S ribosomal protein L35, mitochondrial / リボソーム / MRP-L35 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL35m


分子量: 21558.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZE8
#29: タンパク質 39S ribosomal protein L36, mitochondrial / リボソーム / MRP-L36 / BRCA1-interacting protein 1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL36m


分子量: 11809.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0J6
#30: タンパク質 39S ribosomal protein L37, mitochondrial / リボソーム / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL37


分子量: 48183.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZE1
#31: タンパク質 39S ribosomal protein L38, mitochondrial / リボソーム / MRP-L38 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL38


分子量: 44659.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DV4
#32: タンパク質 39S ribosomal protein L39, mitochondrial / リボソーム / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL39


分子量: 38764.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYK5
#33: タンパク質 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / リボソーム / MRP-L40 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL40 / Nuclear localization signal- ...MRP-L40 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL40 / Nuclear localization signal-containing protein deleted in velocardiofacial syndrome / Up-regulated in metastasis


分子量: 24534.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NQ50
#34: タンパク質 39S ribosomal protein L41, mitochondrial / リボソーム / MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 ...MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 / Cell proliferation-inducing gene 3 protein / MRP-L27 homolog / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL41


分子量: 15404.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IXM3
#35: タンパク質 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / リボソーム / MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / MRP-L31 / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L42 / 39S ribosomal protein L31 / mitochondrial / MRP-L31 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL42


分子量: 16691.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6G3
#36: タンパク質 39S ribosomal protein L43, mitochondrial / リボソーム / MRP-L43 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL43 / Mitochondrial ribosomal protein bMRP36a


分子量: 23368.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N983
#37: タンパク質 39S ribosomal protein L44, mitochondrial / リボソーム / MRP-L44 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL44


分子量: 37583.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9J2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#38: タンパク質 39S ribosomal protein L45, mitochondrial / リボソーム / MRP-L45 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL45


分子量: 35402.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRJ2
#39: タンパク質 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / リボソーム / MRP-L46 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL46 / P2ECSL


分子量: 31748.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H2W6
#40: タンパク質 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / リボソーム / MRP-L48 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL48


分子量: 23970.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96GC5
#41: タンパク質 39S ribosomal protein L49, mitochondrial / リボソーム / MRP-L49 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL49 / Neighbor of FAU / NOF / Protein NOF1


分子量: 19225.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13405
#42: タンパク質 39S ribosomal protein L50, mitochondrial / リボソーム / MRP-L50 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL50


分子量: 18349.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5N7
#43: タンパク質 39S ribosomal protein L51, mitochondrial / リボソーム / MRP-L51 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL51 / bMRP-64 / bMRP64


分子量: 15125.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4U2R6
#44: タンパク質 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / リボソーム / MRP-L52 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL52


分子量: 13682.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86TS9
#45: タンパク質 39S ribosomal protein L53, mitochondrial / リボソーム / MRP-L53 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL53


分子量: 12036.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EL3
#46: タンパク質 39S ribosomal protein L54, mitochondrial / リボソーム / MRP-L54 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL54


分子量: 15844.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P161
#47: タンパク質 39S ribosomal protein L55, mitochondrial / リボソーム / MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ribosomal ...MRP-L55 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL31m / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL55


分子量: 15160.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7F7
#51: タンパク質 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial / リボソーム / S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal ...S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bS18a / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL66


分子量: 22224.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVS2
#52: タンパク質 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / リボソーム / S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit ...S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mS30 / Programmed cell death protein 9


分子量: 50429.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NP92
#53: タンパク質
39S ribosomal protein L12, mitochondrial / リボソーム / MRP-L12 / 5c5-2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL12m


分子量: 21378.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52815

-
タンパク質 , 7種, 7分子 opqA2A3A4u

#48: タンパク質 Ribosomal protein 63, mitochondrial / リボソーム / hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / ...hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6
#49: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial / 39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature ...39S ribosomal protein L58 / mitochondrial / MRP-L58 / Digestion substraction 1 / DS-1 / Immature colon carcinoma transcript 1 protein / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL62


分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase
#50: タンパク質 Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 / 39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6- ...39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6-interacting factor 1 / CRIF1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL64 / Papillomavirus L2-interacting nuclear protein 1 / PLINP-1 / p53-responsive gene 6 protein


分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8
#82: タンパク質 Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S37 / mitochondrial / MRP-S37 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein ...28S ribosomal protein S37 / mitochondrial / MRP-S37 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS37 / Nuclear protein C2360


分子量: 13409.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BP2
#83: タンパク質 Aurora kinase A-interacting protein / AURKA-interacting protein / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Mitochondrial ...AURKA-interacting protein / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS38


分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWT8
#84: タンパク質 Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial / 28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein ...28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS39 / Transformation-related gene 15 protein / TRG-15


分子量: 78648.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY7
#85: タンパク質 Mitochondrial inner membrane protein OXA1L / ミトコンドリア内膜 / Hsa / OXA1Hs / Oxidase assembly 1-like protein / OXA1-like protein


分子量: 48602.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15070

+
28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZA0A1

#55: タンパク質 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / リボソーム / S2mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS2m


分子量: 33298.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y399
#56: タンパク質 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / リボソーム / S24mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS3m / bMRP-47 / bMRP47


分子量: 19046.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EL2
#57: タンパク質 28S ribosomal protein S5, mitochondrial / リボソーム / S5mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS5m


分子量: 48094.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82675
#58: タンパク質 28S ribosomal protein S6, mitochondrial / リボソーム / S6mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS6m


分子量: 14250.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82932
#59: タンパク質 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / リボソーム / S7mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS7m / bMRP-27a / bMRP27a


分子量: 28186.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2R9
#60: タンパク質 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / リボソーム / S9mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS9m


分子量: 45909.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82933
#61: タンパク質 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / リボソーム / S10mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS10m


分子量: 23033.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82664
#62: タンパク質 28S ribosomal protein S11, mitochondrial / リボソーム / S11mt / Cervical cancer proto-oncogene 2 protein / HCC-2 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS11m


分子量: 20649.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82912
#63: タンパク質 28S ribosomal protein S12, mitochondrial / リボソーム / S12mt / MT-RPS12 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS12m


分子量: 15200.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15235
#64: タンパク質 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / リボソーム / S14mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS14m


分子量: 15168.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60783
#65: タンパク質 28S ribosomal protein S15, mitochondrial / リボソーム / S15mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS15m


分子量: 29903.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82914
#66: タンパク質 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / リボソーム / S16mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS16m


分子量: 15371.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D3
#67: タンパク質 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / リボソーム / S17mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS17m


分子量: 14526.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2R5
#68: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / リボソーム / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / Mitochondrial small ribosomal ...S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18b / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS40


分子量: 29440.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y676
#69: タンパク質 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial / リボソーム / S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / Mitochondrial small ribosomal ...S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18c / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18m


分子量: 15876.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D5
#70: タンパク質 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / リボソーム / S21mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS21m


分子量: 10675.494 Da / 分子数: 1 / Mutation: Natural variant C50R / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82921
#71: タンパク質 28S ribosomal protein S22, mitochondrial / リボソーム / S22mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS22


分子量: 41337.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82650
#72: タンパク質 28S ribosomal protein S23, mitochondrial / リボソーム / S23mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS23


分子量: 21805.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D9
#73: タンパク質 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / リボソーム / S25mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS25


分子量: 20146.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82663
#74: タンパク質 28S ribosomal protein S26, mitochondrial / リボソーム / S26mt / 28S ribosomal protein S13 / mitochondrial / S13mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS26


分子量: 24259.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYN8
#75: タンパク質 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / リボソーム / S27mt / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS27


分子量: 47669.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92552
#76: タンパク質 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / リボソーム / S28mt / 28S ribosomal protein S35 / mitochondrial / S35mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS1m


分子量: 20878.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2Q9
#77: タンパク質 28S ribosomal protein S29, mitochondrial / リボソーム / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring protein / ...S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring protein / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS29


分子量: 45634.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51398
#78: タンパク質 28S ribosomal protein S31, mitochondrial / リボソーム / S31mt / Imogen 38 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS31


分子量: 45391.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92665
#79: タンパク質 28S ribosomal protein S33, mitochondrial / リボソーム / S33mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS33


分子量: 12657.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y291
#80: タンパク質 28S ribosomal protein S34, mitochondrial / リボソーム / S34mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS34


分子量: 25695.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82930
#81: タンパク質 28S ribosomal protein S35, mitochondrial / リボソーム / S35mt / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / S28mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS35


分子量: 36898.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82673

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 v

#86: タンパク質・ペプチド Nascent polypeptide


分子量: 2292.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 8種, 712分子

#90: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#91: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#92: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#93: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#94: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#95: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#96: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#97: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Translating ribosome with insertaseRIBOSOMEMitochondrial ribosome in complex with OXA1L, mRNA, A/A tRNA, P/P tRNA and nascent polypeptide#1-#890NATURAL
2Large subunit of ribosomeCOMPLEX#1-#531NATURAL
3Small subunit of ribosomeCOMPLEX#54-#841NATURAL
4OXA1L insertaseCOMPLEX#851NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
113 MDaNO
212 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
44Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
140 mMPotassium chlorideKCl1
225 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid-potassium hydroxide bufferHEPES-KOH1
35.0 mMMagnesium acetateMg(CH3COO)21
40.05 %n-Dodecyl-beta-D-maltopyranosideC24H46O111
52 mM1,4-Dithio-D-threitolC4H10O2S21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 165000 X / Calibrated defocus min: 200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 19655
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.9-pre ELモデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.17.1-3660モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1308158
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30744 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 44 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13J9M

3j9m

13J9M1PDBexperimental model
25OOL

5ool

15OOL2PDBexperimental model
36RW4

6rw4

16RW43PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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