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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zde | ||||||
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タイトル | 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 14 variant S205 in complex with pentafluorophenol | ||||||
要素 | 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Inhibitor Complex (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Estrogen biosynthesis / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid catabolic process / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Badran, M.J. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 14 variant S205 in complex with pentafluorophenol 著者: Badran, M.J. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zde.cif.gz | 80.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zde.ent.gz | 47.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zde.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zd/6zde | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5icmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28329.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: natural variant S205 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD17B14, DHRS10, SDR3, SDR47C1, UNQ502/PRO474 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9BPX1, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる |
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#2: 化合物 | ChemComp-QFZ / |
#3: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: PEG6000 20% w/v HEPES 0.1 M DMSO 2.5% gamma-cyclodextrin 5 mM PH範囲: 6.5 - 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→50 Å / Num. obs: 23603 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 22.54 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.98 Å / Num. unique obs: 3749 / CC1/2: 0.95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5ICM 解像度: 1.87→29.65 Å / SU ML: 0.1423 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.5574 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→29.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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