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- PDB-6z7y: Human insulin in complex with the analytical antibody OXI-005 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z7y
タイトルHuman insulin in complex with the analytical antibody OXI-005 Fab
要素
  • (Insulinインスリン) x 2
  • OXI-005 Fab Heavy chain
  • OXI-005 Fab Light chain
キーワードHORMONE (ホルモン) / complex / insulin (インスリン) / analytical antibody / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of fatty acid metabolic process / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of dendritic spine maintenance / alpha-beta T cell activation / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / fatty acid homeostasis / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / regulation of protein localization to plasma membrane / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / 小胞 / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of brown fat cell differentiation / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glycolytic process / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / Regulation of insulin secretion / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of protein secretion / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / regulation of synaptic plasticity / wound healing / insulin receptor binding / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / 認識 / Golgi lumen / vasodilation / positive regulation of protein localization to nucleus / glucose metabolic process / regulation of protein localization / glucose homeostasis / cell-cell signaling / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / 小胞体 / ゴルジ体 / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Johansson, E.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Insulin binding to the analytical antibody sandwich pair OXI-005 and HUI-018: Epitope mapping and binding properties.
著者: Johansson, E. / Wu, X. / Yu, B. / Yang, Z. / Cao, Z. / Wiberg, C. / Jeppesen, C.B. / Poulsen, F.
履歴
登録2020年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: OXI-005 Fab Light chain
B: OXI-005 Fab Heavy chain
C: OXI-005 Fab Light chain
D: OXI-005 Fab Heavy chain
E: Insulin
F: Insulin
G: Insulin
H: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2298
ポリマ－106,2298
非ポリマー00
水5,981332
1
A: OXI-005 Fab Light chain
B: OXI-005 Fab Heavy chain
G: Insulin
H: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1144
ポリマ－53,1144
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: OXI-005 Fab Light chain
D: OXI-005 Fab Heavy chain
E: Insulin
F: Insulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1144
ポリマ－53,1144
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.390, 173.230, 83.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 135.829, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASPASPASNASN(chain 'A' and resid 1 through 211)AA1 - 2111 - 211
221ASPASPASNASNchain 'C'CC1 - 2111 - 211
132GLUGLUPROPRO(chain 'B' and (resid 1 through 130 or resid 138 through 143 or resid 145 through 216))BB1 - 1301 - 130
142SERSERLEULEU(chain 'B' and (resid 1 through 130 or resid 138 through 143 or resid 145 through 216))BB138 - 142138 - 142
152LEULEUPROPRO(chain 'B' and (resid 1 through 130 or resid 138 through 143 or resid 145 through 216))BB145 - 216145 - 216
262GLUGLUPROPRO(chain 'D' and (resid 1 through 143 or resid 145 through 216))DD1 - 1301 - 130
272SERSERLEULEU(chain 'D' and (resid 1 through 143 or resid 145 through 216))DD138 - 142138 - 142
282LEULEUPROPRO(chain 'D' and (resid 1 through 143 or resid 145 through 216))DD145 - 216145 - 216
193GLYGLYASNASNchain 'E'EE1 - 211 - 21
2103GLYGLYASNASNchain 'G'GG1 - 211 - 21
1114ASNASNTHRTHR(chain 'F' and resid 3 through 30)FF3 - 303 - 30
2124ASNASNTHRTHRchain 'H'HH3 - 303 - 30

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: 抗体 OXI-005 Fab Light chain


分子量: 23539.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 OXI-005 Fab Heavy chain


分子量: 23757.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Insulin / インスリン


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308
#4: タンパク質・ペプチド Insulin / インスリン


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INS / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P01308
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris, pH 8, 20 % (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.42 Å / Num. obs: 54923 / % possible obs: 99.02 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 46.01 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09194 / Rpim(I) all: 0.05942 / Rrim(I) all: 0.1098 / Net I/σ(I): 8.88
反射 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8584 / Mean I/σ(I) obs: 1.37 / Num. unique obs: 19188 / CC1/2: 0.549 / CC star: 0.842 / Rpim(I) all: 0.5396 / Rrim(I) all: 1.016 / % possible all: 99.59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3714精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Z7X

6z7x


解像度: 2.2→48.42 Å / SU ML: 0.3889 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.91 / 位相誤差: 32.7635
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 3818 3.69 %
Rwork0.2168 --
obs0.2182 54914 94.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7286 0 0 332 7618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00957476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.273410175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06331140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00751295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.03822680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.44391540.37613782X-RAY DIFFRACTION95.98
2.23-2.260.41321470.36713767X-RAY DIFFRACTION96.19
2.26-2.290.33171330.35573692X-RAY DIFFRACTION95.39
2.29-2.320.39871310.35053763X-RAY DIFFRACTION95.46
2.32-2.360.39571510.3513667X-RAY DIFFRACTION95.07
2.36-2.390.35291490.32473813X-RAY DIFFRACTION94.45
2.39-2.430.38531240.33063691X-RAY DIFFRACTION94.52
2.43-2.470.38381530.32593626X-RAY DIFFRACTION93.75
2.47-2.520.35671550.32233654X-RAY DIFFRACTION94.28
2.52-2.570.33211530.32113772X-RAY DIFFRACTION94.72
2.57-2.620.40881160.28863761X-RAY DIFFRACTION95.82
2.62-2.680.32441620.28523760X-RAY DIFFRACTION96.58
2.68-2.740.33121490.27243749X-RAY DIFFRACTION96.53
2.74-2.810.30081150.24953807X-RAY DIFFRACTION96.25
2.81-2.880.27391330.24063831X-RAY DIFFRACTION97.06
2.88-2.970.27821670.22563756X-RAY DIFFRACTION95.96
2.97-3.060.29321300.2333752X-RAY DIFFRACTION95.83
3.06-3.170.27061430.2323740X-RAY DIFFRACTION94.66
3.17-3.30.33861560.22873552X-RAY DIFFRACTION92.45
3.3-3.450.2471260.21983721X-RAY DIFFRACTION93.42
3.45-3.630.21121360.20473620X-RAY DIFFRACTION92.54
3.63-3.860.25621380.19663617X-RAY DIFFRACTION93.08
3.86-4.160.18771430.17313546X-RAY DIFFRACTION90.75
4.16-4.570.16281350.15073524X-RAY DIFFRACTION89.48
4.58-5.240.17051360.14383540X-RAY DIFFRACTION90.34
5.24-6.590.19541350.17913603X-RAY DIFFRACTION91.96
6.6-48.420.21341480.1723656X-RAY DIFFRACTION93.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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