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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z6b | ||||||
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タイトル | Structure of full-length La Crosse virus L protein (polymerase) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / RNA-dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bunyavirus La Crosse (ウイルス) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.961 Å | ||||||
データ登録者 | Cusack, S. / Gerlach, P. / Reguera, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Pre-initiation and elongation structures of full-length La Crosse virus polymerase reveal functionally important conformational changes. 著者: Benoît Arragain / Grégory Effantin / Piotr Gerlach / Juan Reguera / Guy Schoehn / Stephen Cusack / Hélène Malet / 要旨: Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and ...Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and transcription of the RNA genome constitute essential processes performed by the virally encoded multi-domain RNA-dependent RNA polymerase. Here, we describe the complete high-resolution cryo-EM structure of La Crosse virus polymerase. It reveals the presence of key protruding C-terminal domains, notably the cap-binding domain, which undergoes large movements related to its role in transcription initiation, and a zinc-binding domain that displays a fold not previously observed. We capture the polymerase structure at pre-initiation and elongation states, uncovering the coordinated movement of the priming loop, mid-thumb ring linker and lid domain required for the establishment of a ten-base-pair template-product RNA duplex before strand separation into respective exit tunnels. These structural details and the observed dynamics of key functional elements will be instrumental for structure-based development of polymerase inhibitors. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z6b.cif.gz | 918.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z6b.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6z6b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z6b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3217.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vRNA 5' end (1-10) / 由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) #2: RNA鎖 | 分子量: 5044.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vRNA 3' end (1-16) / 由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) #3: RNA鎖 | 分子量: 2510.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: vRNA 5' end (9-16) / 由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) #4: タンパク質 | 分子量: 266047.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag / 由来: (組換発現) Bunyavirus La Crosse (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: A5HC98, RNA依存性RNAポリメラーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.33 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: LACV-L in complex with pre-annealed 3 prime (1-16) and 5 prime (9-16) vRNA was concentrated to 5 mg/ml. The 5 prime (1-10) vRNA end was later soaked into crystals in 1 to 2 molar ratio. ...詳細: LACV-L in complex with pre-annealed 3 prime (1-16) and 5 prime (9-16) vRNA was concentrated to 5 mg/ml. The 5 prime (1-10) vRNA end was later soaked into crystals in 1 to 2 molar ratio. Mother liquor was 100 mM Tris pH 8.0, 100 mM NaCl, and 8% PEG 4000. Crystals were soaked in a stepwise manner with increasing concentration of the glycerol cryo-protectant, reaching 30% |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.96→209.891 Å / Num. obs: 59211 / % possible obs: 60.8 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.96→4.35 Å / Num. unique obs: 2961 / CC1/2: 0.47 / Rrim(I) all: 1.285 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5AMR 解像度: 3.961→209.891 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.855 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 62.711 / SU ML: 0.824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.092 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 189.756 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.961→209.891 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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