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- PDB-6z1t: MAP3K14 (NIK) in complex with 4S/3694 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z1t
タイトルMAP3K14 (NIK) in complex with 4S/3694
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Free energy perturbation / Lead Optimization (リードジェネレーション (創薬)) / Multiple Myeloma (多発性骨髄腫) / NIK / JNJ64290694
機能・相同性
機能・相同性情報


TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / 核小体 ...TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / 核小体 / cellular response to mechanical stimulus / defense response to virus / protein kinase activity / 免疫応答 / リン酸化 / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / 核質 / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4S/3694 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Jacoby, E. / van Vlijmen, H. / Querolle, O. / Stansfield, I. / Meerpoel, L. / Versele, M. / Hynd, G. / Attar, R.
引用ジャーナル: Future Drug Discov / 年: 2020
タイトル: FEP+ calculations predict a stereochemical SAR switch for first-in-class indoline NIK inhibitors for multiple myeloma
著者: Jacoby, E. / Vlijmen, H.V. / Querolle, O. / Stansfield, I. / Meerpoel, L. / Versele, M. / Hynd, G. / Attar, R.
履歴
登録2020年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
BBB: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,3174
ポリマ－77,5412
非ポリマー7772
水2,792155
1
AAA: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1592
ポリマ－38,7701
非ポリマー3881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1592
ポリマ－38,7701
非ポリマー3881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.5, 84.5, 118.72
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / HsNIK / Serine/threonine-protein kinase NIK


分子量: 38770.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K14, NIK / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99558, MAPキナーゼキナーゼキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-Q55 / 4S/3694 / (3~{S})-3-(hydroxymethyl)-5-[2-[(2-methoxypyridin-3-yl)amino]pyrimidin-4-yl]-3-methyl-1,2-dihydroindole-7-carbonitrile


分子量: 388.423 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 / 詳細: 12-20% Ethanol, 0.1M Hepes pH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→84.643 Å / Num. obs: 36568 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2685 / Rrim(I) all: 0.689

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4IDT

4idt


解像度: 2.31→84.64 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25614 --
Rwork0.19722 --
obs0.20017 34703 99.94 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→84.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5091 0 58 155 5304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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