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- PDB-6yt3: Structure of the MoStoNano fusion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yt3
タイトルStructure of the MoStoNano fusion protein
要素
  • Molybdenum storage protein subunit alpha
  • Thioredoxin,Molybdenum storage protein subunit beta
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Fusion protein (融合タンパク質) / crystal engineering / rigid helix / molecular biomimetics
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol ether metabolic process / nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / protein-disulfide reductase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / チオレドキシン / チオレドキシン / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / チオレドキシン / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Bovismorbificans (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Benoit, R.M. / Bierig, T. / Collu, C. / Engilberge, S. / Olieric, V.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Novartis FreeNovation スイス
Promedica Siftung スイス
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Chimeric single α-helical domains as rigid fusion protein connections for protein nanotechnology and structural biology.
著者: Gabriella Collu / Tobias Bierig / Anna-Sophia Krebs / Sylvain Engilberge / Niveditha Varma / Ramon Guixà-González / Timothy Sharpe / Xavier Deupi / Vincent Olieric / Emiliya Poghosyan / Roger M Benoit /
要旨: Chimeric fusion proteins are essential tools for protein nanotechnology. Non-optimized protein-protein connections are usually flexible and therefore unsuitable as structural building blocks. Here we ...Chimeric fusion proteins are essential tools for protein nanotechnology. Non-optimized protein-protein connections are usually flexible and therefore unsuitable as structural building blocks. Here we show that the ER/K motif, a single α-helical domain (SAH), can be seamlessly fused to terminal helices of proteins, forming an extended, partially free-standing rigid helix. This enables the connection of two domains at a defined distance and orientation. We designed three constructs termed YFPnano, T4Lnano, and MoStoNano. Analysis of experimentally determined structures and molecular dynamics simulations reveals a certain degree of plasticity in the connections that allows the adaptation to crystal contact opportunities. Our data show that SAHs can be stably integrated into designed structural elements, enabling new possibilities for protein nanotechnology, for example, to improve the exposure of epitopes on nanoparticles (structural vaccinology), to engineer crystal contacts with minimal impact on construct flexibility (for the study of protein dynamics), and to design novel biomaterials.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Chimeric single alpha-helical domains as rigid fusion protein connections for protein nanotechnology and structural biology
著者: Collu, G. / Bierig, T. / Krebs, A.-S. / Engilberge, S. / Varma, N. / Guixa-Gonzalez, R. / Deupi, X. / Olieric, V. / Poghosyan, E. / Benoit, R.M.
履歴
登録2020年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / entity / pdbx_database_proc / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details
改定 1.22022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Thioredoxin,Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9045
ポリマ－71,8662
非ポリマー1,0393
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area25970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.697, 165.697, 352.162
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

21A-476-

HOH

31A-482-

HOH

41A-485-

HOH

51A-494-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha


分子量: 31428.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定)
株: DJ / ATCC BAA-1303 / 遺伝子: mosA, Avin_43200 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84308
#2: タンパク質 Thioredoxin,Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 40436.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chain B has three components that are fused together: Thioredoxin at the N-terminus, then a short EEEKRKREEE rigid helix, then the beta-subunit of MoSto.
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Bovismorbificans (サルモネラ菌), (組換発現) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定)
遺伝子: trxA_2, trxA, A3789_21210, AL561_14185, B7N00_20260, B7N01_17730, B7N34_19660, B7N35_19470, B7N60_21445, B7N72_16575, B7N73_22720, B7N78_20580, B7N79_19980, B7N80_16005, B7N84_20570, B7N95_ ...遺伝子: trxA_2, trxA, A3789_21210, AL561_14185, B7N00_20260, B7N01_17730, B7N34_19660, B7N35_19470, B7N60_21445, B7N72_16575, B7N73_22720, B7N78_20580, B7N79_19980, B7N80_16005, B7N84_20570, B7N95_20865, CAD68_20095, CBK57_22150, DK062_18215, DOI63_23750, DP779_24195, DPA33_18890, DPK57_04940, DPS13_18845, DPZ52_04610, DRU31_19690, E0916_20730, EJV93_21005, ERS008198_02131, ERS008202_02904, ERS008207_01732, EWC73_19305, EXP31_20825, NCTC5754_04586, mosB, Avin_43210
株: DJ / ATCC BAA-1303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U0X1R7, UniProt: P84253
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M tri-Sodium citrate pH 5.6, 10% PEG 4000, 10% Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→47.89 Å / Num. obs: 33352 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.6 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.85→2.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1670 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.351

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F6T

4f6t


解像度: 2.85→47.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.871 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU R Cruickshank DPI: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.44 / SU Rfree Blow DPI: 0.312 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.315
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1695 5.08 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.234 33352 76.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 160.57 Å2 / Biso mean: 65.14 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8279 Å20 Å20 Å2
2--1.8279 Å20 Å2
3----3.6558 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→47.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4628 0 63 211 4902
Biso mean--81.81 39.92 -
残基数----619
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1647SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes843HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4810HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion635SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5610SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4810HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6562HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.28
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3457 29 4.34 %
Rwork0.2377 639 -
all0.243 668 -
obs--28.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.47850.27380.00521.9294-0.60082.55840.00650.23790.3217-0.2351-0.00080.1065-0.4712-0.1815-0.0057-0.01380.032-0.063-0.16990.0596-0.120875.7404-25.100241.3063
20.01480.3388-0.18491.2739-0.90750.77520.07050.42340.029-0.3379-0.11750.1756-0.272-0.11810.04710.09760.0559-0.12410.15110.1742-0.278570.6845-22.642114.9528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A34 - 276
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 377

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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