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- PDB-6yle: Rix1-Rea1 pre-60S particle - Rix1-subcomplex, body 3 (rigid body ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yle
タイトルRix1-Rea1 pre-60S particle - Rix1-subcomplex, body 3 (rigid body refinement)
要素
  • Pre-rRNA-processing protein IPI1
  • Pre-rRNA-processing protein IPI3
  • Pre-rRNA-processing protein RIX1
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / pre-60S / Biogenesis (自然発生説) / LSU / Large subunit (サブユニット) / ribosome assembly (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear pre-replicative complex / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-templated DNA replication / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / chromatin binding ...: / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nuclear pre-replicative complex / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-templated DNA replication / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / chromatin binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Testis-expressed protein 10/pre-rRNA-processing protein Ipi1 / Pre-rRNA-processing protein Ipi1, N-terminal / Rix1 complex component involved in 60S ribosome maturation / Pre-rRNA-processing protein RIX1, N-terminal / WD repeat-containing protein WDR18/Ipi3/RID3 / rRNA processing/ribosome biogenesis / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40リピート / WD40リピート ...Testis-expressed protein 10/pre-rRNA-processing protein Ipi1 / Pre-rRNA-processing protein Ipi1, N-terminal / Rix1 complex component involved in 60S ribosome maturation / Pre-rRNA-processing protein RIX1, N-terminal / WD repeat-containing protein WDR18/Ipi3/RID3 / rRNA processing/ribosome biogenesis / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-rRNA-processing protein IPI1 / Pre-rRNA-processing protein IPI1 / Pre-rRNA-processing protein RIX1 / Pre-rRNA-processing protein IPI3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kater, L. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Construction of the Central Protuberance and L1 Stalk during 60S Subunit Biogenesis.
著者: Lukas Kater / Valentin Mitterer / Matthias Thoms / Jingdong Cheng / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Ribosome assembly is driven by numerous assembly factors, including the Rix1 complex and the AAA ATPase Rea1. These two assembly factors catalyze 60S maturation at two distinct states, triggering ...Ribosome assembly is driven by numerous assembly factors, including the Rix1 complex and the AAA ATPase Rea1. These two assembly factors catalyze 60S maturation at two distinct states, triggering poorly understood large-scale structural transitions that we analyzed by cryo-electron microscopy. Two nuclear pre-60S intermediates were discovered that represent previously unknown states after Rea1-mediated removal of the Ytm1-Erb1 complex and reveal how the L1 stalk develops from a pre-mature nucleolar to a mature-like nucleoplasmic state. A later pre-60S intermediate shows how the central protuberance arises, assisted by the nearby Rix1-Rea1 machinery, which was solved in its pre-ribosomal context to molecular resolution. This revealed a Rix1-Ipi3 tetramer anchored to the pre-60S via Ipi1, strategically positioned to monitor this decisive remodeling. These results are consistent with a general underlying principle that temporarily stabilized immature RNA domains are successively remodeled by assembly factors, thereby ensuring failsafe assembly progression.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10836
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10836
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-rRNA-processing protein IPI3
B: Pre-rRNA-processing protein IPI3
C: Pre-rRNA-processing protein RIX1
D: Pre-rRNA-processing protein RIX1
K: Pre-rRNA-processing protein IPI1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,2825
ポリマ－335,2825
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area26700 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area74500 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein IPI3 / Involved in processing IST2 protein 3


分子量: 61836.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53877
#2: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein RIX1 / Involved in processing IST2 protein 2 / Ribosomal export protein 1


分子量: 86839.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38883
#3: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein IPI1 / Involved in processing IST2 protein 1


分子量: 37928.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZSZ4, UniProt: P38803*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Rix1-Rea1 pre-60S assembly particle - Rix1-subcomplex
タイプ: RIBOSOME / 詳細: Rix1-TAP Flag-Rea1 derived pre-60S assembly complex / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 1-48

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.0.8粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3.0.8初期オイラー角割当
11RELION3.0.8最終オイラー角割当
12RELION3.0.8分類
13RELION3.0.8３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 273799
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114398 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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