[日本語] English
万見
- PDB-6yg8: Cryo-EM structure of a BcsB pentamer in the context of an assembl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yg8
タイトルCryo-EM structure of a BcsB pentamer in the context of an assembled Bcs macrocomplex
要素Bacterial cellulose secretion regulator BcsB
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bacterial biofilms / Bacterial cellulose / Bacterial secretion system / regulator protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose biosynthetic process / UDP-glucose metabolic process / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cellulose synthase, subunit B / Cellulose synthase BcsB, bacterial / Bacterial cellulose synthase subunit / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic di-GMP-binding protein / Cyclic di-GMP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zouhir, S. / Krasteva, P.V.
資金援助5件
組織認可番号国
ATIP-Avenir
European Research Council (ERC)BioMatrix, ERC StG #757507
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC)
European Institute of Chemistry and Biology (IECB)
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Architecture and regulation of an enterobacterial cellulose secretion system.
著者: Wiem Abidi / Samira Zouhir / Meryem Caleechurn / Stéphane Roche / Petya Violinova Krasteva /
要旨: Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c- ...Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c-di-GMP. The molecular understanding of system assembly and cellulose secretion has been largely limited to the crystallographic studies of a distantly homologous BcsAB synthase tandem and a low-resolution reconstruction of an assembled macrocomplex that encompasses most of the inner membrane and cytosolic subunits and features an atypical layered architecture. Here, we present cryo-EM structures of the assembled Bcs macrocomplex, as well as multiple crystallographic snapshots of regulatory Bcs subcomplexes. The structural and functional data uncover the mechanism of asymmetric secretion system assembly and periplasmic crown polymerization and reveal unexpected subunit stoichiometry, multisite c-di-GMP recognition, and ATP-dependent regulation.
履歴
登録2020年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10799
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacterial cellulose secretion regulator BcsB
B: Bacterial cellulose secretion regulator BcsB
C: Bacterial cellulose secretion regulator BcsB
D: Bacterial cellulose secretion regulator BcsB
E: Bacterial cellulose secretion regulator BcsB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)430,9225
ポリマ－430,9225
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, The apoBcsB full length protein was purified and used for cryo-EM grid preparation. The 2D projection analysis shows the self polymerisation of BcsB
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area26610 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area115430 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質
Bacterial cellulose secretion regulator BcsB / Bacterial cellulose secretion regulator BcsB


分子量: 86184.383 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Bacterial cellulose synthesis subunit B / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
遺伝子: bcsB, A8C65_00280, AC789_1c39010, ACU57_05345, AM464_10380, BHS81_21120, BK292_24560, BON72_13325, BON75_10020, BON76_21165, BON94_21155, BZL31_14275, C5P01_24165, C9162_26260, CI641_ ...遺伝子: bcsB, A8C65_00280, AC789_1c39010, ACU57_05345, AM464_10380, BHS81_21120, BK292_24560, BON72_13325, BON75_10020, BON76_21165, BON94_21155, BZL31_14275, C5P01_24165, C9162_26260, CI641_010915, CWS33_18410, D3O91_11715, D9I18_15765, DQF57_09480, E0J34_09745, E0K84_22715, E2127_16410, E2128_18000, E2129_18135, E2134_17800, E5P22_13645, ELV08_08610, F1E03_18495, F1E19_10130, FRV13_18850
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A061KLG7, UniProt: P37652*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Co-expression of Bcs subunits R, Q, A, B, E, F and G lead to the purification of a membrane complex assemblyCOMPLEXall0RECOMBINANT
2Homopentameric assembly of the BcsB proteinCOMPLEXall1RECOMBINANT
分子量値: 0.734 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株細胞内の位置
11Escherichia coli (大腸菌)5621094periplasm
22Escherichia coli (大腸菌)5621094periplasm
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
11Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008pCDF-duet
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008pCDF-duet
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
10.02 MHEPES1
20.120 MNaCl塩化ナトリウム1
30.005 MMgCl21
40.000002 MAppCp1
50.000002 Mc-di-GMPCyclic di-GMP1
60.008 %LM.NPG1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 1.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARCv2粒子像選択template picker
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
9cryoSPARCV2初期オイラー角割当
10cryoSPARCV2最終オイラー角割当
11cryoSPARCV2分類
12cryoSPARCv2３次元再構成
13PHENIX1.16-3549-000モデル精密化
画像処理詳細: A total of 9,129 movies recorded on the CM01 Titan Krios transmission electron microscope (Thermo Fisher Scientific) at the ESRF Grenoble operated at 300 kV and equipped with a Gatan K2 ...詳細: A total of 9,129 movies recorded on the CM01 Titan Krios transmission electron microscope (Thermo Fisher Scientific) at the ESRF Grenoble operated at 300 kV and equipped with a Gatan K2 Summit direct electron detector and a GIF Quantum LS imaging filter
CTF補正詳細: Gctf through the cryoSPARC v2 interface. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 576455 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00424888
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55333879
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.1515133
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0473794
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044501

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る