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- PDB-6yeg: Hybrid structure of the SPP1 tail tube by solid-state NMR and cry... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yeg
タイトルHybrid structure of the SPP1 tail tube by solid-state NMR and cryo EM - Final EM Refinement
要素Tail tube protein gp17.1*
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / complex / tail tube / scaffolding (足場) / DNA transport
機能・相同性
機能・相同性情報


viral head-tail joining / virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism
類似検索 - 分子機能
Phage major tail protein TP901-1 / Phage tail tube protein / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail tube protein gp17.1*
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage SPP1 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 個体NMR / らせん対称体再構成法 / na / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Zinke, M. / Sachowsky, K.A.A. / Zinn-Justin, S. / Ravelli, R. / Schroder, G.F. / Habeck, M. / Lange, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)337490European Union
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Architecture of the flexible tail tube of bacteriophage SPP1.
著者: Maximilian Zinke / Katrin A A Sachowsky / Carl Öster / Sophie Zinn-Justin / Raimond Ravelli / Gunnar F Schröder / Michael Habeck / Adam Lange /
要旨: Bacteriophage SPP1 is a double-stranded DNA virus of the Siphoviridae family that infects the bacterium Bacillus subtilis. This family of phages features a long, flexible, non-contractile tail that ...Bacteriophage SPP1 is a double-stranded DNA virus of the Siphoviridae family that infects the bacterium Bacillus subtilis. This family of phages features a long, flexible, non-contractile tail that has been difficult to characterize structurally. Here, we present the atomic structure of the tail tube of phage SPP1. Our hybrid structure is based on the integration of structural restraints from solid-state nuclear magnetic resonance (NMR) and a density map from cryo-EM. We show that the tail tube protein gp17.1 organizes into hexameric rings that are stacked by flexible linker domains and, thus, form a hollow flexible tube with a negatively charged lumen suitable for the transport of DNA. Additionally, we assess the dynamics of the system by combining relaxation measurements with variances in density maps.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Spinal Column Architecture of the Flexible SPP1 Bacteriophage Tail Tube
著者: Zinke, M. / Sachowsky, K.A.A. / Oster, C. / Zinn-Justin, S. / Ravelli, R. / Schroder, G.F. / Habeck, M. / Lange, A.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_status
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32023年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10792
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10792
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tail tube protein gp17.1*
B: Tail tube protein gp17.1*
C: Tail tube protein gp17.1*
D: Tail tube protein gp17.1*
E: Tail tube protein gp17.1*
F: Tail tube protein gp17.1*
G: Tail tube protein gp17.1*
H: Tail tube protein gp17.1*
I: Tail tube protein gp17.1*
J: Tail tube protein gp17.1*
K: Tail tube protein gp17.1*
L: Tail tube protein gp17.1*


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,09312
ポリマ－236,09312
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area51990 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area90990 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質
Tail tube protein gp17.1* / TTP / Gene product 17.1 / gp17.1 / Major tail protein / MTP


分子量: 19674.451 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage SPP1 (ファージ) / 遺伝子: 17.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O48449

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実験情報

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実験

実験
手法
電子顕微鏡法
個体NMR
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic14D HNhhNH
122anisotropic13D HChH
136anisotropic13D HChH
142anisotropic12D hCH
154anisotropic12D hCH
166anisotropic12D hCH
178anisotropic12D hCH
1810anisotropic12D hCH
1911anisotropic12D hCH
1102anisotropic13D HNhH
1113anisotropic13D HNhH
1154anisotropic13D HNhH
1145anisotropic13D HNhH
1136anisotropic13D HNhH
1127anisotropic13D HNhH
1168anisotropic13D HNhH
1179anisotropic13D HNhH
11810anisotropic13D HNhH

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試料調製

構成要素名称: SPP1 tail tube / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPP1 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTRISトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
20.5 Msodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
31 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸C10H16N2O81
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE
詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
fiber1100 % u-2H13C15N; 100% back-exchange gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, soliduniformsolid
fiber2100 % isoleucine-(1HD1, 13CD1)-u-15N; 100% back-exchange gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, solidisoleucine-methylsolid
fiber3100 % 50% isoleucine-(1HD1, 13CD1)-u-14N & 50% u-15N; 100% back-exchange gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, solidisoleucine-methyl mixsolid
fiber4100 % alanine-(1HB, 13CB)-u-15N; 100% back-exchange gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, solidalanine-methylsolid
fiber5100 % 50% alanine-(1HB, 13CB)-u-14N & 50% u-15N; 100% back-exchanged gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, solidalanine-methyl mixsolid
fiber6100 % leucine-(1HD, 13CD)proR-valine-(1HG, 13CG)proR-u-15N; 100% back-exchanged gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, solidLV-methylsolid
fiber7100 % 50% leucine-(1HD, 13CD)proR- valine-(1HG, 13CG)proR-u-14N & 50% u-15N; 100% back-exchanged gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, solidLV-methyl mixsolid
fiber8100 % threonine-(1HG2, 13CG2)-u-15N; 100% back-exchanged gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, solidthreonine-methylsolid
fiber9100 % 50% threonine-(1HG2, 13CG2)-u-14N & 50% u-15N; 100% back-exchanged gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, solidthreonine-methyl mixsolid
fiber10100 % methionine-(1HE, 13CE)-u-15N; 100% back-exchanged gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, solidmethionine methylsolid
fiber11100 % alanine-(1HB, 13CB)- isoleucine-(1HD1, 13CD1)-( 1HG2, 13CG2)-leucine-(1HD, 13CD)proR/proS-valine-(1HG, 13CG)proR/proS- u-15N; 100% back-exchanged gp17.1, 20 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, solidassignmentsolid
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 %gp17.1u-2H13C15N; 100% back-exchange1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
500 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMEDTAnatural abundance1
100 %gp17.1isoleucine-(1HD1, 13CD1)-u-15N; 100% back-exchange2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
500 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMEDTAnatural abundance2
100 %gp17.150% isoleucine-(1HD1, 13CD1)-u-14N & 50% u-15N; 100% back-exchange3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
500 mMsodium chloridenatural abundance3
1 mMEDTAnatural abundance3
100 %gp17.1alanine-(1HB, 13CB)-u-15N; 100% back-exchange4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
500 mMsodium chloridenatural abundance4
1 mMEDTAnatural abundance4
100 %gp17.150% alanine-(1HB, 13CB)-u-14N & 50% u-15N; 100% back-exchanged5
20 mMsodium phosphatenatural abundance5
500 mMsodium chloridenatural abundance5
1 mMEDTAnatural abundance5
100 %gp17.1leucine-(1HD, 13CD)proR-valine-(1HG, 13CG)proR-u-15N; 100% back-exchanged6
20 mMsodium phosphatenatural abundance6
500 mMsodium chloridenatural abundance6
1 mMEDTAnatural abundance6
100 %gp17.150% leucine-(1HD, 13CD)proR- valine-(1HG, 13CG)proR-u-14N & 50% u-15N; 100% back-exchanged7
20 mMsodium phosphatenatural abundance7
500 mMsodium chloridenatural abundance7
1 mMEDTAnatural abundance7
100 %gp17.1threonine-(1HG2, 13CG2)-u-15N; 100% back-exchanged8
20 mMsodium phosphatenatural abundance8
500 mMsodium chloridenatural abundance8
1 mMEDTAnatural abundance8
100 %gp17.150% threonine-(1HG2, 13CG2)-u-14N & 50% u-15N; 100% back-exchanged9
20 mMsodium phosphatenatural abundance9
500 mMsodium chloridenatural abundance9
1 mMEDTAnatural abundance9
100 %gp17.1methionine-(1HE, 13CE)-u-15N; 100% back-exchanged10
20 mMsodium phosphatenatural abundance10
500 mMsodium chloridenatural abundance10
1 mMEDTAnatural abundance10
100 %gp17.1alanine-(1HB, 13CB)- isoleucine-(1HD1, 13CD1)-( 1HG2, 13CG2)-leucine-(1HD, 13CD)proR/proS-valine-(1HG, 13CG)proR/proS- u-15N; 100% back-exchanged11
20 mMsodium phosphatenatural abundance11
500 mMsodium chloridenatural abundance11
1 mMEDTAnatural abundance11
試料状態イオン強度: 0.5 M / Label: conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 291 K

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データ収集

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
詳細: Images were collected in movie-mode at 20 fractions, each fraction had 6 frames. Dose rate was 23 e/A^2/s, i.e. dose per frame was 3.5 electrons/A^2 .
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.3画像取得
4Gctf1.06CTF補正
12RELION2.1３次元再構成
13PHENIX1.11.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 21.89 ° / 軸方向距離/サブユニット: 38.46 Å / らせん対称軸の対称性: C6
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5966 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00616200
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.03121732
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.6269528
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0542268
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062964
NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
Inferential Structure Determination (ISD)Rieping, Nilges, Habeckstructure calculation
精密化手法: na / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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