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- PDB-6ybw: Structure of a human 48S translational initiation complex - 40S body -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ybw
タイトルStructure of a human 48S translational initiation complex - 40S body
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 19
  • (Eukaryotic translation initiation factor ...) x 4
  • 18S rRNA18S ribosomal RNA
  • 60S ribosomal protein L41
  • mRNA伝令RNA
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / eIF3 (EIF3) / ribosome (リボソーム) / initiation complex (イニシエーション)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mRNA binding / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / translation factor activity, RNA binding / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of RNA splicing / neural crest cell differentiation ...positive regulation of mRNA binding / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / translation factor activity, RNA binding / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of RNA splicing / neural crest cell differentiation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / regulation of translational initiation / laminin receptor activity / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / ubiquitin ligase inhibitor activity / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / fibroblast growth factor binding / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / ヒドロキシル化 / MTOR / mTORC1-mediated signalling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal small subunit binding / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / translation regulator activity / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Protein methylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / 小胞体 / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of cell cycle / stress granule assembly / translation initiation factor binding / laminin binding / maturation of SSU-rRNA / Mitotic Prometaphase / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / translational initiation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / ribosome assembly / translation initiation factor activity / small-subunit processome / cytosolic ribosome / 赤血球形成 / positive regulation of translation / innate immune response in mucosa / mRNA 3'-UTR binding / neural tube closure / RHO GTPases Activate Formins / maintenance of translational fidelity / response to virus / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / small ribosomal subunit rRNA binding / RMTs methylate histone arginines / rRNA processing / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ribosomal small subunit assembly / Separation of Sister Chromatids / cytosolic small ribosomal subunit / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / ribosome binding / glucose homeostasis / virus receptor activity / cell body / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / antibacterial humoral response / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / tRNA binding / postsynaptic density / 細胞分化 / protein stabilization / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / defense response to Gram-positive bacterium / cadherin binding / 翻訳 (生物学)
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3-like domain superfamily / Translation initiation factor eIF3 subunit / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3-like domain superfamily / Translation initiation factor eIF3 subunit / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / SUI1 domain / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Ubiquitin-like protein FUBI / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / 40S ribosomal protein SA / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal family S4e / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Eukaryotic translation initiation factor 1 / Small ribosomal subunit protein eS27 ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Eukaryotic translation initiation factor 1 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS32 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Brito Querido, J. / Sokabe, M. / Kraatz, S. / Gordiyenko, Y. / Skehel, M. / Fraser, C. / Ramakrishnan, V.
資金援助 英国, 米国, 3件
組織認可番号国
Wellcome TrustWTY096570 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184332 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM092927 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structure of a human 48 translational initiation complex.
著者: Jailson Brito Querido / Masaaki Sokabe / Sebastian Kraatz / Yuliya Gordiyenko / J Mark Skehel / Christopher S Fraser / V Ramakrishnan /
要旨: A key step in translational initiation is the recruitment of the 43 preinitiation complex by the cap-binding complex [eukaryotic initiation factor 4F (eIF4F)] at the 5' end of messenger RNA (mRNA) to ...A key step in translational initiation is the recruitment of the 43 preinitiation complex by the cap-binding complex [eukaryotic initiation factor 4F (eIF4F)] at the 5' end of messenger RNA (mRNA) to form the 48 initiation complex (i.e., the 48). The 48 then scans along the mRNA to locate a start codon. To understand the mechanisms involved, we used cryo-electron microscopy to determine the structure of a reconstituted human 48 The structure reveals insights into early events of translation initiation complex assembly, as well as how eIF4F interacts with subunits of eIF3 near the mRNA exit channel in the 43 The location of eIF4F is consistent with a slotting model of mRNA recruitment and suggests that downstream mRNA is unwound at least in part by being "pulled" through the 40 subunit during scanning.
履歴
登録2020年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10775
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10775
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 40S ribosomal protein S4, X isoform
B: 40S ribosomal protein S11
E: 40S ribosomal protein S23
D: 40S ribosomal protein S9
G: 40S ribosomal protein S7
F: 40S ribosomal protein S30
H: 40S ribosomal protein S27
K: 40S ribosomal protein S21
J: 40S ribosomal protein S15a
M: 40S ribosomal protein S17
L: 40S ribosomal protein S2
O: 40S ribosomal protein S3a
N: 40S ribosomal protein SA
Q: 40S ribosomal protein S26
P: 40S ribosomal protein S14
S: 40S ribosomal protein S6
R: 40S ribosomal protein S8
T: 40S ribosomal protein S24
q: Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal
p: Eukaryotic translation initiation factor 1
I: 40S ribosomal protein S13
z: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J
y: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
9: 60S ribosomal protein L41
A: 18S rRNA
7: mRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,154,85387
ポリマ－1,153,33026
非ポリマー1,52461
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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40S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 CBEDGFHKJMLONQPSRTI

#1: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / リボソーム / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein / Small ribosomal subunit protein eS4 / eS4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#2: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / / Small ribosomal subunit protein uS17 / uS17


分子量: 18321.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / / Small ribosomal subunit protein uS12 / uS12


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / / Small ribosomal subunit protein uS4 / uS4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein eS7 / eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S30 / / Small ribosomal subunit protein eS30 / eS30


分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62861
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27 / eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / / Small ribosomal subunit protein eS21 / eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / / Small ribosomal subunit protein uS8 / uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / / Small ribosomal subunit protein eS17 / eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5 / uS5


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#13: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 / Small ribosomal subunit protein uS2 / uS2


分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / / Small ribosomal subunit protein eS26 / eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / / Small ribosomal subunit protein uS11 / uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6 / eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / / Small ribosomal subunit protein eS8 / eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / / Small ribosomal subunit protein eS24 / eS24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / Small ribosomal subunit protein uS15 / uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277

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Eukaryotic translation initiation factor ... , 4種, 4分子 qpzy

#19: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal / eIF-1A X isoform / Eukaryotic translation initiation factor 4C / eIF-4C


分子量: 16488.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF1AX, EIF1A, EIF4C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47813
#20: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 1 / eIF1 / A121 / Protein translation factor SUI1 homolog / Sui1iso1


分子量: 12752.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF1, SUI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41567
#22: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / EIF3 / eIF3j / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 1 / eIF-3-alpha / eIF3 p35


分子量: 29108.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF3J, EIF3S1, PRO0391 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75822
#23: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / EIF3 / eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 / eIF3 p110


分子量: 105503.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99613

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 9

#24: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41 / eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 A7

#25: RNA鎖 18S rRNA / 18S ribosomal RNA


分子量: 603130.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#26: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 9172.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 61分子

#27: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human 48S initiation complexRIBOSOME#1-#260MULTIPLE SOURCES
2Human 48S initiation complexRIBOSOME#1-#18, #21, #23-#251NATURAL
3Human 48S initiation complexRIBOSOME#19-#20, #221RECOMBINANT
4Human 48S initiation complexRIBOSOME#261RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 107 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144882 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 88.69 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004856299
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.915181899
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.048210189
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00625817
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.118118837

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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