+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ybd | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a human 48S translational initiation complex - eIF3 | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / eIF3 (EIF3) / ribosome (リボソーム) / initiation complex (イニシエーション) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex ...positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / cytoplasmic translational initiation / mRNA cap binding / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / metal-dependent deubiquitinase activity / negative regulation of RNA splicing / laminin receptor activity / neural crest cell differentiation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / regulation of translational initiation / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / ubiquitin ligase inhibitor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / fibroblast growth factor binding / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / protein deubiquitination / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / translation regulator activity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / laminin binding / Protein methylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / 小胞体 / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / translation initiation factor binding / maturation of SSU-rRNA / Mitotic Prometaphase / negative regulation of translational initiation / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / translational initiation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / translation initiation factor activity / small-subunit processome / cytosolic ribosome / 赤血球形成 / : / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / neural tube closure / RHO GTPases Activate Formins / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / PML body / small ribosomal subunit rRNA binding / 核小体 / ribosomal small subunit assembly / RMTs methylate histone arginines / rRNA processing / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Separation of Sister Chromatids / metallopeptidase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / virus receptor activity / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / postsynaptic density / 細胞分化 / protein stabilization / リボソーム / structural constituent of ribosome / cadherin binding / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / focal adhesion / mRNA binding / 中心体 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Brito Querido, J. / Sokabe, M. / Kraatz, S. / Gordiyenko, Y. / Skehel, M. / Fraser, C. / Ramakrishnan, V. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structure of a human 48 translational initiation complex. 著者: Jailson Brito Querido / Masaaki Sokabe / Sebastian Kraatz / Yuliya Gordiyenko / J Mark Skehel / Christopher S Fraser / V Ramakrishnan / 要旨: A key step in translational initiation is the recruitment of the 43 preinitiation complex by the cap-binding complex [eukaryotic initiation factor 4F (eIF4F)] at the 5' end of messenger RNA (mRNA) to ...A key step in translational initiation is the recruitment of the 43 preinitiation complex by the cap-binding complex [eukaryotic initiation factor 4F (eIF4F)] at the 5' end of messenger RNA (mRNA) to form the 48 initiation complex (i.e., the 48). The 48 then scans along the mRNA to locate a start codon. To understand the mechanisms involved, we used cryo-electron microscopy to determine the structure of a reconstituted human 48 The structure reveals insights into early events of translation initiation complex assembly, as well as how eIF4F interacts with subunits of eIF3 near the mRNA exit channel in the 43 The location of eIF4F is consistent with a slotting model of mRNA recruitment and suggests that downstream mRNA is unwound at least in part by being "pulled" through the 40 subunit during scanning. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ybd.cif.gz | 779.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ybd.ent.gz | 588.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ybd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6ybd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/6ybd | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ... , 9種, 9分子 64uvy8x35
#1: タンパク質 | 分子量: 42555.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L2H7 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 37593.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00303, ubiquitinyl hydrolase 1 |
#3: タンパク質 | 分子量: 166903.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14152 |
#4: タンパク質 | 分子量: 52281.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60228 |
#5: タンパク質 | 分子量: 105503.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99613 |
#6: タンパク質 | 分子量: 39979.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15372 |
#17: タンパク質 | 分子量: 64060.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15371 |
#18: タンパク質 | 分子量: 25083.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBQ5 |
#19: タンパク質 | 分子量: 66803.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y262 |
-40S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 GHKMLONQPI
#7: タンパク質 | 分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081 |
---|---|
#8: タンパク質 | 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677 |
#9: タンパク質 | 分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220 |
#10: タンパク質 | 分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708 |
#11: タンパク質 | 分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880 |
#12: タンパク質 | 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247 |
#13: タンパク質 | 分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865 |
#14: タンパク質 | 分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854 |
#15: タンパク質 | 分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263 |
#16: タンパク質 | 分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 48S initiation complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 107 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11882 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 142.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|