+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y6u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Pseudomonas aeruginosa Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) in complex with Compound 6 | ||||||
要素 | Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / PBP3 / Penicillin Binding Proteins (ペニシリン結合タンパク質) / Peptidoglycan production / transpeptidation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / タンパク質分解 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Newman, H. / Bellini, D. / Dowson, C.G. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020 タイトル: Demonstration of the utility of DOS-derived fragment libraries for rapid hit derivatisation in a multidirectional fashion 著者: Kidd, S.L. / Fowler, E. / Reinhardt, T. / Compton, T. / Mateu, N. / Newman, H. / Bellini, D. / Talon, R. / McLoughlin, J. / Krojer, T. / Aimon, A. / Bradley, A. / Fairhead, M. / Brear, P. / ...著者: Kidd, S.L. / Fowler, E. / Reinhardt, T. / Compton, T. / Mateu, N. / Newman, H. / Bellini, D. / Talon, R. / McLoughlin, J. / Krojer, T. / Aimon, A. / Bradley, A. / Fairhead, M. / Brear, P. / Diaz-Saez, L. / McAuley, K. / Sore, H.F. / Madin, A. / O'Donovan, D.H. / Huber, K.V.M. / Hyvonen, M. / Dowson, C.G. / Spring, D.R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y6u.cif.gz | 228.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6y6u.ent.gz | 180.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y6/6y6u | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56431.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 遺伝子: ftsI, pbpB, PA4418 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3XD46, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-ODZ / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 % / Mosaicity: 0.08 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 25% (w/v) polyethylene glycol 3 350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.8 and 1% (w/v) protamine sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→61.09 Å / Num. obs: 56715 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 17.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.69 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.179 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2836 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 0.448 / % possible all: 64.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6HZR 解像度: 1.55→61.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 10.417 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.1403 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.111 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 450.53 Å2 / Biso mean: 38.566 Å2 / Biso min: 19.03 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→61.09 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.552→1.592 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|