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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y50 | ||||||
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タイトル | 5'domain of human 17S U2 snRNP | ||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / 17S U2 snRNP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U11/U12 snRNP / chromatin-protein adaptor activity / B-WICH complex / splicing factor binding / protein localization to site of double-strand break / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / : / U2-type spliceosomal complex ...U11/U12 snRNP / chromatin-protein adaptor activity / B-WICH complex / splicing factor binding / protein localization to site of double-strand break / U12-type spliceosomal complex / RNA splicing, via transesterification reactions / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / : / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / SAGA complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / regulation of DNA repair / カハール体 / U2 snRNA binding / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / viral genome replication / RNA splicing / regulation of DNA-templated transcription elongation / 細胞分化 / spliceosomal complex / double-strand break repair via homologous recombination / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / negative regulation of protein catabolic process / mRNA splicing, via spliceosome / 転写後修飾 / 核小体 / nuclear matrix / site of double-strand break / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / nuclear speck / クロマチンリモデリング / mRNA binding / protein-containing complex binding / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Will, C.L. / Bertram, K. / Luehrmann, R. / Stark, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Molecular architecture of the human 17S U2 snRNP. 著者: Zhenwei Zhang / Cindy L Will / Karl Bertram / Olexandr Dybkov / Klaus Hartmuth / Dmitry E Agafonov / Romina Hofele / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Reinhard Lührmann / Holger Stark / 要旨: The U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) has an essential role in the selection of the precursor mRNA branch-site adenosine, the nucleophile for the first step of splicing. Stable addition of ...The U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) has an essential role in the selection of the precursor mRNA branch-site adenosine, the nucleophile for the first step of splicing. Stable addition of U2 during early spliceosome formation requires the DEAD-box ATPase PRP5. Yeast U2 small nuclear RNA (snRNA) nucleotides that form base pairs with the branch site are initially sequestered in a branchpoint-interacting stem-loop (BSL), but whether the human U2 snRNA folds in a similar manner is unknown. The U2 SF3B1 protein, a common mutational target in haematopoietic cancers, contains a HEAT domain (SF3B1) with an open conformation in isolated SF3b, but a closed conformation in spliceosomes, which is required for stable interaction between U2 and the branch site. Here we report a 3D cryo-electron microscopy structure of the human 17S U2 snRNP at a core resolution of 4.1 Å and combine it with protein crosslinking data to determine the molecular architecture of this snRNP. Our structure reveals that SF3B1 interacts with PRP5 and TAT-SF1, and maintains its open conformation in U2 snRNP, and that U2 snRNA forms a BSL that is sandwiched between PRP5, TAT-SF1 and SF3B1. Thus, substantial remodelling of the BSL and displacement of BSL-interacting proteins must occur to allow formation of the U2-branch-site helix. Our studies provide a structural explanation of why TAT-SF1 must be displaced before the stable addition of U2 to the spliceosome, and identify RNP rearrangements facilitated by PRP5 that are required for stable interaction between U2 and the branch site. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y50.cif.gz | 472.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6y50.ent.gz | 312.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y50.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y50 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 9yqp
#1: タンパク質 | 分子量: 58934.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SF3A3, SAP61 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12874 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PHF5A / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0 |
#8: タンパク質 | 分子量: 85965.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HTATSF1 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43719 |
#9: タンパク質 | 分子量: 117576.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DDX46, KIAA0801 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L014, ヘリカーゼ |
-Splicing factor 3B subunit ... , 4種, 4分子 x8vu
#3: タンパク質 | 分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SF3B5, SF3B10 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SF3B2, SAP145 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13435 |
#5: タンパク質 | 分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SF3B3, KIAA0017, SAP130 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393 |
#6: タンパク質 | 分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SF3B1, SAP155 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533 |
-RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 4分子 2
#10: 化合物 | #7: RNA鎖 | | 分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36516 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human 17S U2 snRNP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 72 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120070 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |