[日本語] English
万見
- PDB-6y1y: CheA dimerization domain of Treponema denticola -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1y
タイトルCheA dimerization domain of Treponema denticola
要素CheA
キーワードSIGNALING PROTEIN / Histidine kinase / dimerization domain / coiled-coil (コイルドコイル)
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / 走化性 / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Chemotaxis protein CheA, P2 response regulator-binding / P2 response regulator binding domain / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily ...Chemotaxis protein CheA, P2 response regulator-binding / P2 response regulator binding domain / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheA
類似検索 - 構成要素
生物種Treponema denticola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Muok, A.R. / Briegel, A. / Crane, B.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122535 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Atypical chemoreceptor arrays accommodate high membrane curvature.
著者: Alise R Muok / Davi R Ortega / Kurni Kurniyati / Wen Yang / Zachary A Maschmann / Adam Sidi Mabrouk / Chunhao Li / Brian R Crane / Ariane Briegel /
要旨: The prokaryotic chemotaxis system is arguably the best-understood signaling pathway in biology. In all previously described species, chemoreceptors organize into a hexagonal (P6 symmetry) extended ...The prokaryotic chemotaxis system is arguably the best-understood signaling pathway in biology. In all previously described species, chemoreceptors organize into a hexagonal (P6 symmetry) extended array. Here, we report an alternative symmetry (P2) of the chemotaxis apparatus that emerges from a strict linear organization of the histidine kinase CheA in Treponema denticola cells, which possesses arrays with the highest native curvature investigated thus far. Using cryo-ET, we reveal that Td chemoreceptor arrays assume an unusual arrangement of the supra-molecular protein assembly that has likely evolved to accommodate the high membrane curvature. The arrays have several atypical features, such as an extended dimerization domain of CheA and a variant CheW-CheR-like fusion protein that is critical for maintaining an ordered chemosensory apparatus. Furthermore, the previously characterized Td oxygen sensor ODP influences CheA ordering. These results suggest a greater diversity of the chemotaxis signaling system than previously thought.
履歴
登録2020年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CheA
B: CheA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5962
ポリマ－29,5962
非ポリマー00
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.636, 28.770, 82.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 CheA /


分子量: 14797.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema denticola (バクテリア)
遺伝子: cheA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O85747
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Imidazole pH 7.0, 25% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→75.36 Å / Num. obs: 35178 / % possible obs: 96.72 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique obs: 3490 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.193 / Rrim(I) all: 0.35 / % possible all: 99.31

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
AMPLE位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5→75 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 1314 3.74 %
Rwork0.1873 --
obs0.1882 35174 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 0 316 2344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062052
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9312757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2261275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07318
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.56010.23881430.21873705X-RAY DIFFRACTION99
1.5601-1.63110.26941460.20133759X-RAY DIFFRACTION100
1.6311-1.71710.23191460.19933740X-RAY DIFFRACTION99
1.7171-1.82470.2391440.20423738X-RAY DIFFRACTION99
1.8247-1.96560.23861460.19413750X-RAY DIFFRACTION100
1.9656-2.16340.21851450.17383734X-RAY DIFFRACTION99
2.1634-2.47640.17961460.17623758X-RAY DIFFRACTION99
2.4764-3.12010.21561480.18643805X-RAY DIFFRACTION99
3.1201-750.19231500.18473871X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る