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万見
- PDB-6xy9: Crystal structure of haloalkane dehalogenase DbeA-M1 loop variant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xy9
タイトルCrystal structure of haloalkane dehalogenase DbeA-M1 loop variant from Bradyrhizobium elkanii
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Haloalakane dehalogenase / microbial hydrolase / loop-helix engineering
機能・相同性Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / 酢酸塩 / Haloalkane dehalogenase
機能・相同性情報
生物種Bradyrhizobium elkanii USDA 94 (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Prudnikova, T. / Rezacova, P. / Kuta Smatanova, I. / Chaloupkova, R. / Damborsky, J.
資金援助 チェコ, 4件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LQ1605 チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LM2018121 チェコ
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)LM2015047 チェコ
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN792772
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2020
タイトル: Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family.
著者: Marek, M. / Chaloupkova, R. / Prudnikova, T. / Sato, Y. / Rezacova, P. / Nagata, Y. / Kuta Smatanova, I. / Damborsky, J.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
B: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7228
ポリマ－67,4622
非ポリマー2606
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area22410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.750, 75.130, 77.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-768-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase /


分子量: 33731.242 Da / 分子数: 2 / 変異: 143VAEEQDHAE / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: artifitially synthesized
由来: (組換発現) Bradyrhizobium elkanii USDA 94 (根粒菌)
遺伝子: dbeA, dhaA / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2RV62, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 4000, 130 mM calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.6 Å / Num. obs: 38810 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / CC1/2: 0.86 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 11.76
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Num. unique obs: 6037 / CC1/2: 0.628

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4k2a

4k2a


解像度: 2.2→19.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 5.459 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.196 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 1938 5 %RANDOM
Rwork0.1749 ---
obs0.1779 36818 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.2 Å2 / Biso mean: 31.675 Å2 / Biso min: 12.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å2-0 Å2-1.04 Å2
2--1.93 Å20 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→19.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4647 0 12 352 5011
Biso mean--32.01 33.99 -
残基数----604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194816
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8781.9446550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4235611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.91722.591220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.74115726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.411541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213739
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 140 -
Rwork0.239 2664 -
all-2804 -
obs--97.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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