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- PDB-6xjh: PmtCD ABC exporter without the basket domain at C2 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xjh
タイトルPmtCD ABC exporter without the basket domain at C2 symmetry
要素
  • ABC transporter ATP-binding protein
  • Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ABC transporter / ABC exporter / Peptide transort
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC-2 family transporter protein / ABC-2 family transporter protein / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD / ABC transporter permease / ABC transporter ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zeytuni, N. / Strynadka, N.J.C. / Hu, J. / Worrall, L.J. / Chou, H. / Yu, Z.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)Operating grant カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the ATP-driven exporter of virulent peptide toxins.
著者: N Zeytuni / S W Dickey / J Hu / H T Chou / L J Worrall / J A N Alexander / M L Carlson / M Nosella / F Duong / Z Yu / M Otto / N C J Strynadka /
要旨: is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs ... is a major human pathogen that has acquired alarming broad-spectrum antibiotic resistance. One group of secreted toxins with key roles during infection is the phenol-soluble modulins (PSMs). PSMs are amphipathic, membrane-destructive cytolytic peptides that are exported to the host-cell environment by a designated adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporter, the PSM transporter (PmtABCD). Here, we demonstrate that the minimal Pmt unit necessary for PSM export is PmtCD and provide its first atomic characterization by single-particle cryo-EM and x-ray crystallography. We have captured the transporter in the ATP-bound state at near atomic resolution, revealing a type II ABC exporter fold, with an additional cytosolic domain. Comparison to a lower-resolution nucleotide-free map displaying an "open" conformation and putative hydrophobic inner chamber of a size able to accommodate the binding of two PSM peptides provides mechanistic insight and sets the foundation for therapeutic design.
履歴
登録2020年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22210
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD
B: Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD
C: ABC transporter ATP-binding protein
D: ABC transporter ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,0748
ポリマ－126,9794
非ポリマー1,0954
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Phenol-soluble modulin export ABC transporter permease subunit PmtD


分子量: 30488.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: D7S40_12560 / プラスミド: pTX17
発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A641A693, UniProt: Q2FWX0*PLUS
#2: タンパク質 ABC transporter ATP-binding protein / ABC transporter / ATP-binding protein / Antibiotic ABC transporter ATP-binding protein / Antibiotic ...ABC transporter / ATP-binding protein / Antibiotic ABC transporter ATP-binding protein / Antibiotic transport system ATP-binding protein / Phenol-soluble modulin export ABC transporter ATP-binding protein PmtC


分子量: 33001.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pTX17
発現宿主: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: X5EJW5
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PmtCD / タイプ: COMPLEX / 詳細: PmtCD ABC exporter / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.12 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
由来(組換発現)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.4
詳細: Solution made fresh from concentrated stocks and filtered
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 1.16 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1132044
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103615 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027754
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47710482
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.3151018
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391230
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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