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万見
- PDB-6wl8: Cryo-EM of Form 2 peptide filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wl8
タイトルCryo-EM of Form 2 peptide filament
要素Form 2 peptide
キーワードPROTEIN FIBRIL / filament / self-assembly peptide filament / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法)
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Wang, F. / Gnewou, O.M. / Xu, C. / Su, Z. / Egelman, E.H. / Conticello, V.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-DMR-1533958 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of cross α-helical nanotubes provides insight into the designability of filamentous peptide nanomaterials.
著者: Fengbin Wang / Ordy Gnewou / Charles Modlin / Leticia C Beltran / Chunfu Xu / Zhangli Su / Puneet Juneja / Gevorg Grigoryan / Edward H Egelman / Vincent P Conticello /
要旨: The exquisite structure-function correlations observed in filamentous protein assemblies provide a paradigm for the design of synthetic peptide-based nanomaterials. However, the plasticity of ...The exquisite structure-function correlations observed in filamentous protein assemblies provide a paradigm for the design of synthetic peptide-based nanomaterials. However, the plasticity of quaternary structure in sequence-space and the lability of helical symmetry present significant challenges to the de novo design and structural analysis of such filaments. Here, we describe a rational approach to design self-assembling peptide nanotubes based on controlling lateral interactions between protofilaments having an unusual cross-α supramolecular architecture. Near-atomic resolution cryo-EM structural analysis of seven designed nanotubes provides insight into the designability of interfaces within these synthetic peptide assemblies and identifies a non-native structural interaction based on a pair of arginine residues. This arginine clasp motif can robustly mediate cohesive interactions between protofilaments within the cross-α nanotubes. The structure of the resultant assemblies can be controlled through the sequence and length of the peptide subunits, which generates synthetic peptide filaments of similar dimensions to flagella and pili.
履歴
登録2020年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21817
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21817
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Form 2 peptide
0: Form 2 peptide
B: Form 2 peptide
2: Form 2 peptide
C: Form 2 peptide
3: Form 2 peptide
D: Form 2 peptide
4: Form 2 peptide
E: Form 2 peptide
5: Form 2 peptide
F: Form 2 peptide
6: Form 2 peptide
G: Form 2 peptide
7: Form 2 peptide
H: Form 2 peptide
8: Form 2 peptide
I: Form 2 peptide
9: Form 2 peptide
J: Form 2 peptide
AA: Form 2 peptide
K: Form 2 peptide
BA: Form 2 peptide
L: Form 2 peptide
CA: Form 2 peptide
M: Form 2 peptide
DA: Form 2 peptide
N: Form 2 peptide
EA: Form 2 peptide
O: Form 2 peptide
FA: Form 2 peptide
P: Form 2 peptide
GA: Form 2 peptide
Q: Form 2 peptide
HA: Form 2 peptide
R: Form 2 peptide
IA: Form 2 peptide
S: Form 2 peptide
JA: Form 2 peptide
T: Form 2 peptide
KA: Form 2 peptide
U: Form 2 peptide
LA: Form 2 peptide
V: Form 2 peptide
MA: Form 2 peptide
W: Form 2 peptide
NA: Form 2 peptide
X: Form 2 peptide
OA: Form 2 peptide
Y: Form 2 peptide
PA: Form 2 peptide
Z: Form 2 peptide
QA: Form 2 peptide
a: Form 2 peptide
RA: Form 2 peptide
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TA: Form 2 peptide
d: Form 2 peptide
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x: Form 2 peptide
oA: Form 2 peptide
y: Form 2 peptide
pA: Form 2 peptide
z: Form 2 peptide
qA: Form 2 peptide
1: Form 2 peptide
rA: Form 2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,961106
ポリマ－338,961106
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, helical filament was observed by negative staining and Cryo-EM
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area185340 Å2
ΔGint-1851 kcal/mol
Surface area134320 Å2
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 106 / Rise per n subunits: 1.93 Å / Rotation per n subunits: 124.36 °)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
Form 2 peptide


分子量: 3197.741 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: self-assembly Form 2 peptide filament / タイプ: COMPLEX / 詳細: synthetic peptide / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 124.36 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.93 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 408751 / 詳細: Model:Map FSC 0.38 cut off and d99 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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