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- PDB-6wh3: Capsid structure of Penaeus monodon metallodensovirus at pH 8.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wh3
タイトルCapsid structure of Penaeus monodon metallodensovirus at pH 8.2
要素Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / parvovirus (パルボウイルス) / densovirus / Penaeus monodon (ウシエビ) / crustacean (甲殻類) / pathogen (病原体) / Parvovirinae / metallodensovirus / shrimp (エビ) / prawn / capsid (カプシド)
生物種Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Penzes, J.J. / Pham, H.T. / Chipman, P. / Bhattacharya, N. / McKenna, R. / Agbandje-McKenna, M. / Tijssen, P.
資金援助 カナダ, 米国, 5件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 OD018142-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10 RR025080-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM109524 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM082946 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Molecular biology and structure of a novel penaeid shrimp densovirus elucidate convergent parvoviral host capsid evolution.
著者: Judit J Pénzes / Hanh T Pham / Paul Chipman / Nilakshee Bhattacharya / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna / Peter Tijssen /
要旨: The giant tiger prawn () is a decapod crustacean widely reared for human consumption. Currently, viruses of two distinct lineages of parvoviruses (PVs, family ; subfamily ) infect penaeid shrimp. ...The giant tiger prawn () is a decapod crustacean widely reared for human consumption. Currently, viruses of two distinct lineages of parvoviruses (PVs, family ; subfamily ) infect penaeid shrimp. Here, a PV was isolated and cloned from Vietnamese specimens, designated metallodensovirus (PmMDV). This is the first member of a third divergent lineage shown to infect penaeid decapods. PmMDV has a transcription strategy unique among invertebrate PVs, using extensive alternative splicing and incorporating transcription elements characteristic of vertebrate-infecting PVs. The PmMDV proteins have no significant sequence similarity with other PVs, except for an SF3 helicase domain in its nonstructural protein. Its capsid structure, determined by cryoelectron microscopy to 3-Å resolution, has a similar surface morphology to densovirus, despite the lack of significant capsid viral protein (VP) sequence similarity. Unlike other PVs, PmMDV folds its VP without incorporating a βA strand and displayed unique multimer interactions, including the incorporation of a Ca cation, attaching the N termini under the icosahedral fivefold symmetry axis, and forming a basket-like pentamer helix bundle. While the PmMDV VP sequence lacks a canonical phospholipase A2 domain, the structure of an EDTA-treated capsid, determined to 2.8-Å resolution, suggests an alternative membrane-penetrating cation-dependent mechanism in its N-terminal region. PmMDV is an observed example of convergent evolution among invertebrate PVs with respect to host-driven capsid structure and unique as a PV showing a cation-sensitive/dependent basket structure for an alternative endosomal egress.
履歴
登録2020年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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ムービー
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  • マップデータ: EMDB-21667
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MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
B: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
C: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
D: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
E: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
F: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
G: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
H: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
I: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
J: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
K: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
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M: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
N: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
O: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
P: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
Q: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
R: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
S: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
T: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
U: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
V: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
W: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
X: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
Y: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
Z: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
8: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
7: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
6: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
5: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
4: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
3: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
a: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
b: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
c: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
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s: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
t: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
u: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
v: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
w: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
x: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
y: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
z: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
1: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
2: Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,470,260120
ポリマ－2,467,85560
非ポリマー2,40560
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area526110 Å2
ΔGint-2916 kcal/mol
Surface area505120 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
Penaeus monodon metallodensovirus major capsid protein


分子量: 41130.918 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス)
遺伝子: ORF4 / プラスミド: pFastBac1-HM / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Penaeus monodon metallodensovirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Penaeus monodon metallodensovirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞: Sf9 / プラスミド: pFastBac1-HM
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Penaeus monodon
ウイルス殻三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 8.2
詳細: 20 mM HEPES, 20 mM MES, 20 mM sodium acetate, 0.15 M NaCl, 3.7 mM CaCl2
緩衝液成分名称: Universal buffer
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 75 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Auto3DEM4.05.2モデルフィッティング
12Auto3DEM4.05.2３次元再構成
13Auto3DEM4.05.2モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / 粒子像の数: 12873 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.011162420
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.063221040
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.483163080
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06624120
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00628620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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