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- PDB-6w6p: MultiBody Refinement of 70S Ribosome from Enterococcus faecalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w6p
タイトルMultiBody Refinement of 70S Ribosome from Enterococcus faecalis
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 18
  • (50S ribosomal protein ...) x 26
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 70S / pathogen (病原体) / antibiotic development / antibiotic resistant (抗微生物薬耐性)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein S14/S29 ...Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / Ribosomal protein S18 / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein S18
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL3 ...: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL34 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jogl, G. / Khayat, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094157 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)G12MD007603 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 70S ribosome from Enterococcus faecalis.
著者: Eileen L Murphy / Kavindra V Singh / Bryant Avila / Torsten Kleffmann / Steven T Gregory / Barbara E Murray / Kurt L Krause / Reza Khayat / Gerwald Jogl /
要旨: Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ...Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ineffective. Here, we report the cryo-EM structure of the E. faecalis 70S ribosome to a global resolution of 2.8 Å. Structural differences are clustered in peripheral and solvent exposed regions when compared with Escherichia coli, whereas functional centres, including antibiotic binding sites, are similar to other bacterial ribosomes. Comparison of intersubunit conformations among five classes obtained after three-dimensional classification identifies several rotated states. Large ribosomal subunit protein bL31, which forms intersubunit bridges to the small ribosomal subunit, assumes different conformations in the five classes, revealing how contacts to the small subunit are maintained throughout intersubunit rotation. A tRNA observed in one of the five classes is positioned in a chimeric pe/E position in a rotated ribosomal state. The 70S ribosome structure of E. faecalis now extends our knowledge of bacterial ribosome structures and may serve as a basis for the development of novel antibiotic compounds effective against this pathogen.
履歴
登録2020年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21562
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: 16S rRNA
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14 type Z
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
X: 50S ribosomal protein L27
Y: 50S ribosomal protein L28
Z: 50S ribosomal protein L29
0: 50S ribosomal protein L30
2: 50S ribosomal protein L32
3: 50S ribosomal protein L33
4: 50S ribosomal protein L34
5: 50S ribosomal protein L35
6: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,046,92851
ポリマ－2,046,66647
非ポリマー2624
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area216010 Å2
ΔGint-1860 kcal/mol
Surface area782060 Å2

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要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 aAB

#1: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 501090.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: GenBank: 327533853
#20: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 942675.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: GenBank: 327533853
#21: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 37433.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: GenBank: 327533853

-
30S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 cdefghijklmnopqrst

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 22884.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR8
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23029.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRV7
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17156.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKW0
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 11331.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKB6
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 17547.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKQ3
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14805.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS6
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14069.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSA2
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11400.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR5
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 12322.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV1
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 15178.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKQ7
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 12619.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT7
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z / リボソーム


分子量: 7041.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT0
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10537.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRW3
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 10095.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XP69
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9744.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 7646.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKB3
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 8999.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A449DXS1
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 8841.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XQJ7

+
50S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 CDEFGKLMNOPQRSTUVXYZ023456

#22: タンパク質 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 30159.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR6
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22498.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR3
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22384.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKU7
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 19863.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS2
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 19164.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKU3
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16099.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSB2
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13165.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS1
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15602.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT1
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15960.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKU1
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14156.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKX1
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12806.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKS7
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13113.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XPL8
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13542.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XM76
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11166.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMC1
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12126.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT6
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10297.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKR7
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 10892.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV5
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 8146.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMB1
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 6072.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XRZ8
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7211.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKV0
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6234.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKW1
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6217.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XMM2
#44: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6052.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XR98
#45: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5373.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XSI4
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7466.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XM73
#47: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4440.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) / 参照: UniProt: A0A1B4XKT9

-
非ポリマー , 1種, 4分子

#48: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 70S ribosomeリボソーム / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#47 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was monodisperse.
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Vol = 4 uL, BT = 4 sec, BF = 0, DT = 0, WT = 8 sec

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.53粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
9PHENIX1.14_3235モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC0.63最終オイラー角割当
12FREALIGN9.03分類
13cryoSPARC0.63３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335675 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 177 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15LI0

5li0

15LI01PDBexperimental model
24YBB

4ybb

14YBB2PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 17.14 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0099145353
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0669217934
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.057127945
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007311316
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.7968240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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