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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w4h | ||||||
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タイトル | 1.80 Angstrom Resolution Crystal Structure of NSP16 - NSP10 Complex from SARS-CoV-2 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / nsp16 / nsp10 / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / : / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Godzik, A. / Jaroszewski, L. / Stogios, P.J. / Skarina, T. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2020 タイトル: High-resolution structures of the SARS-CoV-2 2'- O -methyltransferase reveal strategies for structure-based inhibitor design. 著者: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Inniss, N.L. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J. / Satchell, K.J.F. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: The crystal structure of nsp10-nsp16 heterodimer from SARS-CoV-2 in complex with S-adenosylmethionine. 著者: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Inniss, N.L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Jaroszewski, L. / Godzik, A. / ...著者: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Inniss, N.L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Kim, Y. / Jedrzejczak, R. / Maltseva, N.I. / Endres, M. / Jaroszewski, L. / Godzik, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w4h.cif.gz | 205.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w4h.ent.gz | 161.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/6w4h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6w75C 6wjtC 6wkqC 6wq3C 6wrzC 6wvnC 3r24S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.18430/m36w4h / データの種類: diffraction image data |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33627.504 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6799-7096 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): magic 参照: UniProt: P0DTD1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15075.190 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4254-4392 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: P0DTD1 |
-糖 , 1種, 2分子
#6: 糖 |
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-非ポリマー , 5種, 448分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO3 / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-SAM / | ||||
#5: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.6 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5.3 mg/mL 1:1 nsp16/nsp10 in 0.15 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 7.5, 2 mM SAM, 1 mM TCEP, 5% glycerol against ComPAS screen A7 (0.2 M calcium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 18% w/v PEG ...詳細: 5.3 mg/mL 1:1 nsp16/nsp10 in 0.15 M sodium chloride, 0.01 M Tris, pH 7.5, 2 mM SAM, 1 mM TCEP, 5% glycerol against ComPAS screen A7 (0.2 M calcium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 18% w/v PEG 8000), cryoprotectant: 1:1 screen + 50% sucrose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月7日 / 詳細: C(111) |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 77886 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.06 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 29.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3873 / CC1/2: 0.762 / CC star: 0.93 / Rpim(I) all: 0.313 / Rrim(I) all: 0.828 / Rsym value: 0.765 / Χ2: 0.992 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3R24 解像度: 1.8→29.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.962 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.07 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.28 Å2 / Biso mean: 31.531 Å2 / Biso min: 15.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→29.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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