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- PDB-6vys: Escherichia coli transcription-translation complex A1 (TTC-A1) co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vys
タイトルEscherichia coli transcription-translation complex A1 (TTC-A1) containing a 21 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 21
  • (50S ribosomal protein ...) x 32
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...ポリメラーゼ) x 2
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • DNA-directed RNA polymerase subunitポリメラーゼ
  • E-site and P-site tRNA (fMet)
  • NT DNA
  • T DNA
  • Transcription termination/antitermination protein NusG
  • mRNA with 21 nt long spacer
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / TRANSCRIPTION/TRANSLATION / Bacterial transcription-translation complex / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-TRANSLATION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / DNA-directed RNA polymerase complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / DNA-directed RNA polymerase complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribonucleoside binding / ribosomal large subunit assembly / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / protein dimerization activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / : / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / NusG-like / Transcription termination factor nusG ...Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / : / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / NusG-like / Transcription termination factor nusG / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / RNA-binding domain, S1 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Ribosomal protein L25, short-form / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / S1 domain / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...: / : / : / : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein bS21 / 30S ribosomal protein S7 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein bS16 / 30S ribosomal protein S1 / 50S ribosomal protein L17 / 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L35 / 30S ribosomal protein S10 / 50S ribosomal protein L4 / 30S ribosomal protein S19 / 50S ribosomal protein L22 / 50S ribosomal protein L29 / 30S ribosomal protein S17 / 50S ribosomal protein L14 / 50S ribosomal protein L24 / 50S ribosomal protein L5 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / 50S ribosomal protein L18 / 30S ribosomal protein S5 / 50S ribosomal protein L30 / 30S ribosomal protein S4 / 50S ribosomal protein L33 / 50S ribosomal protein L11 / 50S ribosomal protein L10 / 30S ribosomal protein S12 / 30S ribosomal protein S20 / 30S ribosomal protein S15 / 50S ribosomal protein L21 / 30S ribosomal protein S9 / 50S ribosomal protein L13 / 50S ribosomal protein L31 / 50S ribosomal protein L32 / 50S ribosomal protein L9 / 30S ribosomal protein S2 / 50S ribosomal protein L19 / 30S ribosomal protein S13 / 50S ribosomal protein L20 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL27 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L28 / Transcription termination/antitermination protein NusG / Large ribosomal subunit protein bL12
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Molodtsov, V. / Wang, C. / Su, M. / Ebright, R.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural basis of transcription-translation coupling.
著者: Chengyuan Wang / Vadim Molodtsov / Emre Firlar / Jason T Kaelber / Gregor Blaha / Min Su / Richard H Ebright /
要旨: In bacteria, transcription and translation are coupled processes in which the movement of RNA polymerase (RNAP)-synthesizing messenger RNA (mRNA) is coordinated with the movement of the first ...In bacteria, transcription and translation are coupled processes in which the movement of RNA polymerase (RNAP)-synthesizing messenger RNA (mRNA) is coordinated with the movement of the first ribosome-translating mRNA. Coupling is modulated by the transcription factors NusG (which is thought to bridge RNAP and the ribosome) and NusA. Here, we report cryo-electron microscopy structures of transcription-translation complexes (TTCs) containing different-length mRNA spacers between RNAP and the ribosome active-center P site. Structures of TTCs containing short spacers show a state incompatible with NusG bridging and NusA binding (TTC-A, previously termed "expressome"). Structures of TTCs containing longer spacers reveal a new state compatible with NusG bridging and NusA binding (TTC-B) and reveal how NusG bridges and NusA binds. We propose that TTC-B mediates NusG- and NusA-dependent transcription-translation coupling.
履歴
登録2020年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21470
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L21
1: 50S ribosomal protein L22
2: 50S ribosomal protein L23
3: 50S ribosomal protein L24
4: 50S ribosomal protein L25
5: NT DNA
6: T DNA
7: mRNA with 21 nt long spacer
9: 50S ribosomal protein L10
A: E-site and P-site tRNA (fMet)
AA: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
AB: Transcription termination/antitermination protein NusG
AC: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
AD: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
AE: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: E-site and P-site tRNA (fMet)
C: 30S ribosomal protein S18
D: 16S rRNA
E: 30S ribosomal protein S20
F: 30S ribosomal protein S21
G: 30S ribosomal protein S2
H: 30S ribosomal protein S1
I: 30S ribosomal protein S3
J: 30S ribosomal protein S4
K: 30S ribosomal protein S5
L: 30S ribosomal protein S6
M: 30S ribosomal protein S7
N: 30S ribosomal protein S8
O: 30S ribosomal protein S9
P: 30S ribosomal protein S10
Q: 30S ribosomal protein S11
R: 30S ribosomal protein S12
S: 30S ribosomal protein S14
T: 30S ribosomal protein S15
U: 30S ribosomal protein S16
V: 30S ribosomal protein S17
W: 30S ribosomal protein S19
X: 30S ribosomal protein S13
Y: 50S ribosomal protein L11
Z: 50S ribosomal protein L7/L12
a: 23S rRNA
b: 50S ribosomal protein L27
c: 50S ribosomal protein L28
d: 5S rRNA
e: 50S ribosomal protein L29
f: 50S ribosomal protein L30
g: 50S ribosomal protein L31
h: 50S ribosomal protein L2
i: 50S ribosomal protein L32
j: 50S ribosomal protein L3
k: 50S ribosomal protein L33
l: 50S ribosomal protein L4
m: 50S ribosomal protein L34
n: 50S ribosomal protein L5
o: 50S ribosomal protein L35
p: 50S ribosomal protein L6
q: 50S ribosomal protein L36
r: 50S ribosomal protein L9
s: 50S ribosomal protein L13
t: 50S ribosomal protein L14
u: 50S ribosomal protein L15
v: 50S ribosomal protein L16
w: 50S ribosomal protein L17
x: 50S ribosomal protein L18
y: 50S ribosomal protein L19
z: 50S ribosomal protein L20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,724,02969
ポリマ－2,723,87466
非ポリマー1553
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 012349YZbcefghijklmnopqrstuvwxyz

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZEN7
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G0
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7X2Z9
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G6
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L25 /


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XH79
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L10 /


分子量: 17736.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZA73
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L11 /


分子量: 14894.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZA71
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L7/L12 / リボソーム


分子量: 12309.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0AEG5
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpmA, b3185, JW3152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpmB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S0YB49
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpmC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G3
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpmD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9H3
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L31 /


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpmE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZFP6
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplB, b3317, JW3279 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpmF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZGG2
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplC, b3320, JW3282 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L33 /


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpmG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9P0
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9F6
#51: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpmH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MGC4
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G7
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpmI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z814
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9H0
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpmJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2L017
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L9 /


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZI15
#57: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZET0
#58: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G5
#59: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037Y8L6
#60: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplP, b3313, JW3275 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#61: タンパク質 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplQ, ECCG_03701 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6I1Y5
#62: タンパク質 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9H1
#63: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZKU3
#64: タンパク質 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rplT, A13W_00675 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L3CCT0

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 56

#6: DNA鎖 NT DNA


分子量: 11042.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 T DNA


分子量: 10956.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
RNA鎖 , 5種, 6分子 7ABDad

#8: RNA鎖 mRNA with 21 nt long spacer


分子量: 11687.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#10: RNA鎖 E-site and P-site tRNA (fMet)


分子量: 24496.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1384458579
#16: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1732209707
#39: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 941635.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 937521852
#42: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1273279017

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 2種, 3分子 AAACAD

#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpoB, Z5560, ECs4910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V4, ポリメラーゼ
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / ポリメラーゼ / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A073G207, ポリメラーゼ

-
タンパク質 , 2種, 2分子 ABAE

#12: タンパク質 Transcription termination/antitermination protein NusG


分子量: 20560.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: nusG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U9XYQ6
#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit / ポリメラーゼ


分子量: 150436.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpoC, ELV15_17980 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A659GYB8, ポリメラーゼ

+
30S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 CEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX

#15: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2KXL3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZAS2
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S21 /


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsU / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2L2J1
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZK99
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S1 /


分子量: 61238.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6HUW2
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS9
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9H7
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9H2
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsF, b4200, JW4158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsG, GHR40_06850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5Q2GFB5
#26: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G9
#27: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZES9
#28: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9F4
#29: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR3
#30: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZAN0
#31: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G8
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7ZEL4
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIU7
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9G4
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Z9F9
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: rpsM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H4UQ02

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非ポリマー , 2種, 3分子

#65: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#66: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Escherichia coli transcription-translation complex A1 (TTC-A1) containing a 21 nt long mRNA spacer, NusG, and fMet-tRNAs at E-site and P-site
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#64 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29704 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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