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- PDB-6v0z: Structure of ALDH7A1 mutant R441C complexed with NAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v0z
タイトルStructure of ALDH7A1 mutant R441C complexed with NAD
要素Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALDEHYDE DEHYDROGENASE (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / NAD / LYSINE CATABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / Choline catabolism / choline catabolic process / ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / Lysine catabolism / cellular aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity ...L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / Choline catabolism / choline catabolic process / ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ / betaine-aldehyde dehydrogenase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / Lysine catabolism / cellular aldehyde metabolic process / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / sensory perception of sound / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1-like / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Korasick, D.A. / Tanner, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM093123 米国
引用ジャーナル: Chem.Biol.Interact. / 年: 2024
タイトル: Biochemical, structural, and computational analyses of two new clinically identified missense mutations of ALDH7A1.
著者: Korasick, D.A. / Buckley, D.P. / Palpacelli, A. / Cursio, I. / Cesaroni, E. / Cheng, J. / Tanner, J.J.
履歴
登録2019年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
B: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
C: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
D: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
E: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
F: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
G: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
H: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)449,90017
ポリマ－444,5308
非ポリマー5,3699
水29,1841620
1
A: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
B: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
C: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
D: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,9819
ポリマ－222,2654
非ポリマー2,7165
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26620 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area59890 Å2
手法PISA
2
E: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
F: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
G: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
H: Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,9198
ポリマ－222,2654
非ポリマー2,6544
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26220 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area60330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.964, 161.647, 158.542
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 14 or (resid 15...
21(chain B and (resid 3 through 14 or (resid 15...
31(chain C and (resid 3 through 14 or (resid 15...
41(chain D and (resid 3 through 14 or (resid 15...
51(chain E and (resid 3 through 14 or (resid 15...
61(chain F and (resid 3 through 14 or (resid 15...
71(chain G and (resid 3 through 19 or (resid 20...
81(chain H and (resid 3 through 19 or (resid 20...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLEULEU(chain A and (resid 3 through 14 or (resid 15...AA3 - 145 - 16
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 14 or (resid 15...AA1517
13THRTHRNADNAD(chain A and (resid 3 through 14 or (resid 15...AA - I3 - 6015
14THRTHRNADNAD(chain A and (resid 3 through 14 or (resid 15...AA - I3 - 6015
15THRTHRNADNAD(chain A and (resid 3 through 14 or (resid 15...AA - I3 - 6015
16THRTHRNADNAD(chain A and (resid 3 through 14 or (resid 15...AA - I3 - 6015
21THRTHRLEULEU(chain B and (resid 3 through 14 or (resid 15...BB3 - 145 - 16
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 3 through 14 or (resid 15...BB1517
23THRTHRNADNAD(chain B and (resid 3 through 14 or (resid 15...BB - J3 - 6015
24THRTHRNADNAD(chain B and (resid 3 through 14 or (resid 15...BB - J3 - 6015
25THRTHRNADNAD(chain B and (resid 3 through 14 or (resid 15...BB - J3 - 6015
26THRTHRNADNAD(chain B and (resid 3 through 14 or (resid 15...BB - J3 - 6015
31THRTHRLEULEU(chain C and (resid 3 through 14 or (resid 15...CC3 - 145 - 16
32LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 3 through 14 or (resid 15...CC1517
33THRTHRNADNAD(chain C and (resid 3 through 14 or (resid 15...CC - K3 - 6015
34THRTHRNADNAD(chain C and (resid 3 through 14 or (resid 15...CC - K3 - 6015
35THRTHRNADNAD(chain C and (resid 3 through 14 or (resid 15...CC - K3 - 6015
41THRTHRLEULEU(chain D and (resid 3 through 14 or (resid 15...DD3 - 145 - 16
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 3 through 14 or (resid 15...DD1517
43THRTHRNADNAD(chain D and (resid 3 through 14 or (resid 15...DD - M3 - 6015
44THRTHRNADNAD(chain D and (resid 3 through 14 or (resid 15...DD - M3 - 6015
45THRTHRNADNAD(chain D and (resid 3 through 14 or (resid 15...DD - M3 - 6015
46THRTHRNADNAD(chain D and (resid 3 through 14 or (resid 15...DD - M3 - 6015
51THRTHRLEULEU(chain E and (resid 3 through 14 or (resid 15...EE3 - 145 - 16
52LYSLYSLYSLYS(chain E and (resid 3 through 14 or (resid 15...EE1517
53THRTHRNADNAD(chain E and (resid 3 through 14 or (resid 15...EE - N3 - 6015
54THRTHRNADNAD(chain E and (resid 3 through 14 or (resid 15...EE - N3 - 6015
55THRTHRNADNAD(chain E and (resid 3 through 14 or (resid 15...EE - N3 - 6015
61THRTHRLEULEU(chain F and (resid 3 through 14 or (resid 15...FF3 - 145 - 16
62LYSLYSLYSLYS(chain F and (resid 3 through 14 or (resid 15...FF1517
63THRTHRNADNAD(chain F and (resid 3 through 14 or (resid 15...FF - O3 - 6015
71THRTHRLEULEU(chain G and (resid 3 through 19 or (resid 20...GG3 - 195 - 21
72ARGARGGLUGLU(chain G and (resid 3 through 19 or (resid 20...GG20 - 2122 - 23
73THRTHRNADNAD(chain G and (resid 3 through 19 or (resid 20...GG - P3 - 6015
74THRTHRNADNAD(chain G and (resid 3 through 19 or (resid 20...GG - P3 - 6015
75THRTHRNADNAD(chain G and (resid 3 through 19 or (resid 20...GG - P3 - 6015
76THRTHRNADNAD(chain G and (resid 3 through 19 or (resid 20...GG - P3 - 6015
81THRTHRLEULEU(chain H and (resid 3 through 19 or (resid 20...HH3 - 195 - 21
82ARGARGGLUGLU(chain H and (resid 3 through 19 or (resid 20...HH20 - 2122 - 23
83THRTHRNADNAD(chain H and (resid 3 through 19 or (resid 20...HH - Q3 - 6015
84THRTHRNADNAD(chain H and (resid 3 through 19 or (resid 20...HH - Q3 - 6015
85THRTHRNADNAD(chain H and (resid 3 through 19 or (resid 20...HH - Q3 - 6015
86THRTHRNADNAD(chain H and (resid 3 through 19 or (resid 20...HH - Q3 - 6015

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase / Alpha-AASA dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1 / Antiquitin-1 / Betaine ...Alpha-AASA dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1 / Antiquitin-1 / Betaine aldehyde dehydrogenase / Delta1-piperideine-6-carboxylate dehydrogenase / P6c dehydrogenase


分子量: 55566.312 Da / 分子数: 8 / 変異: R441C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH7A1, ATQ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49419, L-アミノアジピン酸セミアルデヒドデヒドロゲナーゼ, アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+), ベタインアルデヒドデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 21% PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, Bis-Tris pH 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→48.073 Å / Num. obs: 252123 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.108 / Rrim(I) all: 0.207 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.646 / Num. measured all: 41141 / Num. unique obs: 12517 / CC1/2: 0.345 / Rpim(I) all: 1.077 / Rrim(I) all: 1.973 / Net I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.14-3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4zuk

4zuk


解像度: 2.02→48.073 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 12316 4.91 %
Rwork0.1937 --
obs0.1964 250997 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.31 Å2 / Biso mean: 29.8094 Å2 / Biso min: 9.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→48.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30792 0 356 1620 32768
Biso mean--31.71 29.81 -
残基数----4072
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A18753X-RAY DIFFRACTION8.01TORSIONAL
12B18753X-RAY DIFFRACTION8.01TORSIONAL
13C18753X-RAY DIFFRACTION8.01TORSIONAL
14D18753X-RAY DIFFRACTION8.01TORSIONAL
15E18753X-RAY DIFFRACTION8.01TORSIONAL
16F18753X-RAY DIFFRACTION8.01TORSIONAL
17G18753X-RAY DIFFRACTION8.01TORSIONAL
18H18753X-RAY DIFFRACTION8.01TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.02-2.0430.37554000.3165769696
2.043-2.0670.3764080.3339767396
2.067-2.09220.34744000.298785898
2.0922-2.11870.34914270.2846803099
2.1187-2.14660.34854330.2771793099
2.1466-2.1760.33594060.26747992100
2.176-2.20710.31844040.25317978100
2.2071-2.240.35734110.2985787298
2.24-2.2750.33224260.2762783298
2.275-2.31230.31854510.2399794799
2.3123-2.35220.30414390.2342790299
2.3522-2.39490.30314330.2278056100
2.3949-2.4410.29234440.22258030100
2.441-2.49080.27224470.21148003100
2.4908-2.5450.28463870.20248056100
2.545-2.60420.25544150.19488030100
2.6042-2.66930.26444290.2048795799
2.6693-2.74150.27314310.20657988100
2.7415-2.82210.25243870.1938057100
2.8221-2.91320.2654100.19588028100
2.9132-3.01730.26064030.19068040100
3.0173-3.13810.25053880.18888048100
3.1381-3.28090.22933780.1735806599
3.2809-3.45380.22923730.1741790698
3.4538-3.67010.21884410.1663784998
3.6701-3.95340.214170.1597781497
3.9534-4.3510.20263110.1489800698
4.351-4.980.1614300.1309790598
4.98-6.27210.19363630.1505809299
6.2721-48.0730.16984240.1579804198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38190.22980.06980.42940.11010.41360.016-0.0093-0.06180.0030.013-0.08930.01670.1001-0.02420.15440.0126-0.00410.1872-0.0460.268756.88358.682533.8721
20.3589-0.10030.03150.6570.12450.43480.0055-0.04820.03910.0506-0.04150.1463-0.0267-0.09780.03430.1521-0.02120.01920.1938-0.04740.247122.464258.286443.2188
30.4351-0.1498-0.08670.37050.05310.3132-0.01360.0938-0.1706-0.0527-0.03170.03450.0316-0.03610.0390.1592-0.00120.00540.1932-0.04230.306345.504418.747123.6224
40.29330.04170.05390.3345-0.12910.58410.0187-0.1115-0.06950.0998-0.0117-0.04690.01820.0336-0.00980.2084-0.0205-0.01890.2210.00410.245136.077320.393357.9193
50.78680.404-0.13930.3767-0.14090.2354-0.02890.0338-0.0082-0.03260.02550.06030.0271-0.0690.0010.1685-0.00010.00250.2012-0.07940.244823.879898.251733.1999
60.3649-0.1226-0.07640.3467-0.02510.35250.0174-0.0304-0.04980.0324-0.017-0.07340.00960.05310.0060.1775-0.0241-0.00960.2318-0.05770.287158.194498.912143.2838
70.407-0.0522-0.03820.4596-0.1140.3580.0011-0.03060.1257-0.0486-0.0140.0856-0.035-0.07270.00490.17980.0108-0.02510.2181-0.06010.327435.4162137.735321.9811
80.5923-0.0038-0.2550.30950.12190.34860.0298-0.19840.10210.11270.0124-0.0028-0.03840.0167-0.04480.2237-0.02170.02240.2627-0.08130.265444.093137.224556.5494
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 3 through 511)A3 - 511
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 3 through 511)B3 - 511
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 3 through 511)C3 - 511
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 3 through 511)D3 - 511
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 3 through 511)E3 - 511
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 3 through 511)F3 - 511
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 3 through 511)G3 - 511
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 3 through 511)H3 - 511

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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