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- PDB-6uov: Cryo-EM reconstruction of the PrgHK periplasmic ring from Salmone... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uov
タイトルCryo-EM reconstruction of the PrgHK periplasmic ring from Salmonella's needle complex assembled in the absence of the export apparatus
要素
  • Lipoprotein PrgK
  • Protein PrgH
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / BACTERIAL NANOMACHINE / TYPE III SECRETION SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / cell outer membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #170 / Alpha-Beta Plaits - #1780 / Alpha-Beta Plaits - #1770 / Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #170 / Alpha-Beta Plaits - #1780 / Alpha-Beta Plaits - #1770 / Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein PrgH / Lipoprotein PrgK
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Butan, C. / Galan, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: High-resolution view of the type III secretion export apparatus in situ reveals membrane remodeling and a secretion pathway.
著者: Carmen Butan / Maria Lara-Tejero / Wenwei Li / Jun Liu / Jorge E Galán /
要旨: Type III protein secretion systems are essential virulence factors for many important pathogenic bacteria. The entire protein secretion machine is composed of several substructures that organize into ...Type III protein secretion systems are essential virulence factors for many important pathogenic bacteria. The entire protein secretion machine is composed of several substructures that organize into a holostructure or injectisome. The core component of the injectisome is the needle complex, which houses the export apparatus that serves as a gate for the passage of the secreted proteins through the bacterial inner membrane. Here, we describe a high-resolution structure of the export apparatus of the type III secretion system in association with the needle complex and the underlying bacterial membrane, both in isolation and in situ. We show the precise location of the core export apparatus components within the injectisome and bacterial envelope and demonstrate that their deployment results in major membrane remodeling and thinning, which may be central for the protein translocation process. We also show that InvA, a critical export apparatus component, forms a multiring cytoplasmic conduit that provides a pathway for the type III secretion substrates to reach the entrance of the export gate. Combined with structure-guided mutagenesis, our studies provide major insight into potential mechanisms of protein translocation and injectisome assembly.
履歴
登録2019年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-20833
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20833
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein PrgK
B: Protein PrgH
C: Lipoprotein PrgK
D: Protein PrgH
E: Lipoprotein PrgK
F: Protein PrgH
G: Lipoprotein PrgK
H: Protein PrgH
I: Lipoprotein PrgK
J: Protein PrgH
K: Lipoprotein PrgK
L: Protein PrgH
M: Lipoprotein PrgK
N: Protein PrgH
O: Lipoprotein PrgK
P: Protein PrgH
Q: Lipoprotein PrgK
R: Protein PrgH
S: Lipoprotein PrgK
T: Protein PrgH
U: Lipoprotein PrgK
V: Protein PrgH
W: Lipoprotein PrgK
X: Protein PrgH
Y: Lipoprotein PrgK
Z: Protein PrgH
a: Lipoprotein PrgK
b: Protein PrgH
c: Lipoprotein PrgK
d: Protein PrgH
e: Lipoprotein PrgK
f: Protein PrgH
g: Lipoprotein PrgK
h: Protein PrgH
i: Lipoprotein PrgK
j: Protein PrgH
k: Lipoprotein PrgK
l: Protein PrgH
m: Lipoprotein PrgK
n: Protein PrgH
o: Lipoprotein PrgK
p: Protein PrgH
q: Lipoprotein PrgK
r: Protein PrgH
s: Lipoprotein PrgK
t: Protein PrgH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,673,35746
ポリマ－1,673,35746
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Lipoprotein PrgK


分子量: 28245.287 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41786
#2: タンパク質 ...
Protein PrgH


分子量: 44509.367 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41783

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of the periplasmic domains of PrgH and PrgK from Salmonella's needle complex assembled in the absence of the export apparatus
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.14rc1_3161:phenix.real_space_refine)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
9PHENIXモデル精密化
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C23 (23回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10674 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: THROUGHOUT
原子変位パラメータBiso max: 120.47 Å2 / Biso mean: 66.4954 Å2 / Biso min: 31.37 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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