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- PDB-6u69: Crystal structure of Yck2 from Candida albicans, apoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u69
タイトルCrystal structure of Yck2 from Candida albicans, apoenzyme
要素Serine/threonine protein kinaseSerine/threonine-specific protein kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / casein kinase 1 (カゼインキナーゼ1) / Yck2 / kinase (キナーゼ) / structural genomics (構造ゲノミクス) / center for structural genomics of infectious diseases / niaid / national institute of allergy and infectious diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of single-species biofilm formation / regulation of cell wall organization or biogenesis / hyphal growth / regulation of filamentous growth / biological process involved in interaction with host / エンドサイトーシス / extracellular vesicle / peptidyl-serine phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / シグナル伝達 ...regulation of single-species biofilm formation / regulation of cell wall organization or biogenesis / hyphal growth / regulation of filamentous growth / biological process involved in interaction with host / エンドサイトーシス / extracellular vesicle / peptidyl-serine phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / シグナル伝達 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Overcoming Fungal Echinocandin Resistance through Inhibition of the Non-essential Stress Kinase Yck2.
著者: Caplan, T. / Lorente-Macias, A. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Hyde, S. / Wellington, M.A. / Liston, S. / Iyer, K.R. / Puumala, E. / Shekhar-Guturja, T. / Robbins, N. / Savchenko, A. / ...著者: Caplan, T. / Lorente-Macias, A. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Hyde, S. / Wellington, M.A. / Liston, S. / Iyer, K.R. / Puumala, E. / Shekhar-Guturja, T. / Robbins, N. / Savchenko, A. / Krysan, D.J. / Whitesell, L. / Zuercher, W.J. / Cowen, L.E.
履歴
登録2019年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6214
ポリマ－35,3971
非ポリマー2243
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.771, 91.771, 119.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine protein kinase / Serine/threonine-specific protein kinase


分子量: 35397.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: YCK2, orf19.7001, CAALFM_C305650WA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: A0A1D8PKB4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8, 25 mM magnesium chloride, 22% (w/v) PEG3350
PH範囲: 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→30 Å / Num. obs: 11498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 49.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 20.58
反射 シェル解像度: 2.61→2.65 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 584 / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.241 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X18

5x18


解像度: 2.61→29.14 Å / SU ML: 0.3037 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 28.394
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2461 579 5.06 %RANDOM
Rwork0.1907 ---
obs0.1935 11449 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 66.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→29.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2469 0 12 113 2594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00392537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59913426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0414358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.5891956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.870.28851380.2382735X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.290.27821510.232712X-RAY DIFFRACTION99.97
3.29-4.140.25091480.18962719X-RAY DIFFRACTION100
4.14-29.140.22181420.16522704X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.772866386112.92746701836-0.1725116374485.51786292185-0.2232765747730.867091921468-0.1097329617610.02268433888780.5644265612-0.4756324958060.07906409759390.340210470574-0.129045912186-0.2442146207530.002496989290650.3068289719380.0724427403991-0.02801946577690.375289142951-0.001107531460250.60140397633222.5619890657-17.5245489281-10.0479028316
24.59290005477-1.024499502540.2115790165462.889776164120.240835772842.127240283770.1603594054280.136381192840.0210198584445-0.137350597083-0.03412946151590.09967317659970.126691026672-0.281009081684-0.1343101175360.273723004975-0.08657774219710.01971762340350.3485699640930.03644219603780.33755255032612.9182580676-34.7601064574-9.16807854593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 193 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 194 through 342 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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