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- PDB-6u60: Crystal structure of prephenate dehydrogenase tyrA from Bacillus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6u60
タイトルCrystal structure of prephenate dehydrogenase tyrA from Bacillus anthracis in complex with NAD and L-tyrosine
要素Prephenate dehydrogenaseプレフェン酸デヒドロゲナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


プレフェン酸デヒドロゲナーゼ / prephenate dehydrogenase (NADP+) activity / prephenate dehydrogenase (NAD+) activity / tyrosine biosynthetic process / NAD+ binding
類似検索 - 分子機能
Prephenate dehydrogenase, dimerization domain / Prephenate dehydrogenase, dimerization domain / Prephenate dehydrogenase, nucleotide-binding domain / プレフェン酸デヒドロゲナーゼ / Prephenate dehydrogenase, nucleotide-binding domain / Prephenate/arogenate dehydrogenase domain profile. / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain ...Prephenate dehydrogenase, dimerization domain / Prephenate dehydrogenase, dimerization domain / Prephenate dehydrogenase, nucleotide-binding domain / プレフェン酸デヒドロゲナーゼ / Prephenate dehydrogenase, nucleotide-binding domain / Prephenate/arogenate dehydrogenase domain profile. / ACT domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / リン酸塩 / チロシン / プレフェン酸デヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Hou, J. / Kutner, J. / Grimshaw, S. / Christendat, D. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural and biochemical analysis of Bacillus anthracis prephenate dehydrogenase reveals an unusual mode of inhibition by tyrosine via the ACT domain.
著者: Shabalin, I.G. / Gritsunov, A. / Hou, J. / Slawek, J. / Miks, C.D. / Cooper, D.R. / Minor, W. / Christendat, D.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年9月11日ID: 5USC
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prephenate dehydrogenase
B: Prephenate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6317
ポリマ－85,4162
非ポリマー1,2165
水6,648369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14370 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area28540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.850, 81.003, 83.597
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 14 - 378 / Label seq-ID: 17 - 381

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Prephenate dehydrogenase / プレフェン酸デヒドロゲナーゼ


分子量: 42707.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: tyrA, GBAA_2954 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q81P63, プレフェン酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% Glycerol, 10 mM BME, 5 mM NAD and 20 mM Tyrosine were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 condition #81 (0.1 M ...詳細: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% Glycerol, 10 mM BME, 5 mM NAD and 20 mM Tyrosine were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 condition #81 (0.1 M Potassium/Sodium phosphate pH=6.2, 0.2M Sodium chloride, 20% w/v PEG 1000) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization the protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月18日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 42991 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.965 / Net I/av σ(I): 27.8 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.146.71.3021.621370.6120.5341.4110.95499.3
2.14-2.187.20.97620660.7420.3831.0510.8799.3
2.18-2.227.80.82621040.8030.3110.8840.89699.6
2.22-2.268.20.73721380.8490.2680.7850.86399.7
2.26-2.318.30.65321170.8990.2370.6950.89699.8
2.31-2.378.40.53121100.9240.1920.5660.84499.9
2.37-2.428.40.43421390.9460.1570.4620.87699.9
2.42-2.498.50.36221320.9640.1310.3850.86499.9
2.49-2.568.60.3121030.9710.1120.330.891100
2.56-2.658.60.23921560.9820.0860.2550.87100
2.65-2.748.70.19521240.9890.070.2080.906100
2.74-2.858.90.15221420.9920.0540.1610.949100
2.85-2.9890.12121630.9950.0430.1280.979100
2.98-3.149.10.09321380.9950.0330.0990.998100
3.14-3.339.10.06821550.9970.0240.0721.018100
3.33-3.5990.05421560.9980.0190.0581.072100
3.59-3.9590.04821840.9980.0170.0511.229100
3.95-4.528.90.04521890.9970.0160.0481.367100
4.52-5.78.80.03622160.9990.0130.0380.993100
5.7-508.10.03423220.9980.0130.0370.86799.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
HKL-3000位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GGG

3ggg


解像度: 2.1→36.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.2086 / WRfactor Rwork: 0.1511 / FOM work R set: 0.8284 / SU B: 11.542 / SU ML: 0.151 / SU R Cruickshank DPI: 0.2356 / SU Rfree: 0.1931 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2203 1975 4.9 %RANDOM
Rwork0.1605 ---
obs0.1634 38244 93.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 176.42 Å2 / Biso mean: 36.389 Å2 / Biso min: 6.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→36.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5703 0 80 370 6153
Biso mean--25.7 36.04 -
残基数----730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135897
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.6317985
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3521.58212779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2815728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.32223.287286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.419151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1631525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021162
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10460 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 95 -
Rwork0.234 1839 -
all-1934 -
obs--61.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1624-2.25341.143.7095-1.54595.356-0.03250.57570.9529-0.31490.0160.1902-0.4431-0.3220.01650.22820.0566-0.14720.20080.11370.274750.45824.6079.696
24.7727-0.83050.30571.3887-0.89326.68730.0189-0.27970.5002-0.02120.06350.3758-0.6175-0.7517-0.08230.14560.0823-0.0420.2881-0.02180.238646.55220.73424.61
36.6050.7877-1.17322.1026-0.76634.6689-0.0437-0.09440.0339-0.05360.06670.23160.0715-0.1946-0.02310.13250.0264-0.05340.127-0.00640.044556.86512.5218.498
413.53410.08390.93229.44540.4591.51570.1877-0.0147-0.09610.2359-0.0077-0.1691-0.1177-0.0975-0.17990.07540.04110.0020.14650.00580.030775.50121.65632.76
53.07870.31210.08150.8595-0.0961.51040.0398-0.17630.09440.1096-0.00170.0159-0.2296-0.0788-0.03810.08680.0033-0.00820.1038-0.01260.011880.59423.12834.231
616.16955.367510.69335.14174.975813.06530.3911-0.4908-0.68680.1651-0.1984-0.24910.5951-0.5321-0.19270.1756-0.0015-0.01920.06510.00940.098687.2146.33628.612
73.36131.11870.43184.4333-0.17662.95450.0208-0.1001-0.3992-0.05260.0196-0.20710.3454-0.1369-0.04050.2045-0.0194-0.02680.0295-0.01130.077682.950.0987.173
83.46620.7022-0.19582.74991.35933.21210.03660.3183-0.2548-0.19720.1131-0.12740.08510.2899-0.14980.1585-0.00030.0090.1177-0.04170.1604116.33516.26315.099
99.2598-1.27452.59415.6746-6.28659.93720.2092-0.2773-0.24470.64860.1581-0.363-0.05850.8167-0.36740.13730.00990.01830.269-0.11770.1881126.35721.04525.072
103.74010.47690.57640.87290.23092.2254-0.00290.01610.188-0.07920.0746-0.0587-0.21580.2554-0.07170.1392-0.04120.0130.04930.00940.0797110.17327.68622.505
115.29552.64030.32163.00280.23081.2817-0.00610.1339-0.0656-0.0570.04820.14580.0636-0.1242-0.04220.08460.0035-0.00620.11980.01260.036287.24215.41329.855
122.8265-0.08990.08640.9546-0.24322.10720.086-0.27520.3970.0942-0.02770.1291-0.3023-0.1606-0.05830.1287-0.00650.02180.0925-0.03270.103381.82728.7636.302
132.1061.81531.66733.56162.3323.2305-0.0094-0.05480.0054-0.2315-0.03710.0003-0.0549-0.08820.04650.1661-0.02080.01170.08630.02730.013281.36418.3498.225
143.81981.5166-0.28422.3415-0.28692.2826-0.0289-0.11470.2074-0.20020.00380.021-0.18020.04380.02510.1822-0.0123-0.00160.0289-0.00330.014781.56520.4056.338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2A65 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3A123 - 186
4X-RAY DIFFRACTION4A187 - 217
5X-RAY DIFFRACTION5A218 - 278
6X-RAY DIFFRACTION6A279 - 299
7X-RAY DIFFRACTION7A300 - 378
8X-RAY DIFFRACTION8B14 - 90
9X-RAY DIFFRACTION9B91 - 102
10X-RAY DIFFRACTION10B103 - 188
11X-RAY DIFFRACTION11B189 - 249
12X-RAY DIFFRACTION12B250 - 298
13X-RAY DIFFRACTION13B299 - 325
14X-RAY DIFFRACTION14B326 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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