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- PDB-6tbm: Structure of SAGA bound to TBP, including Spt8 and DUB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tbm
タイトルStructure of SAGA bound to TBP, including Spt8 and DUB
要素
  • (Subunit of the SAGA ...) x 2
  • (Transcription ...転写 (生物学)) x 2
  • (Transcriptional ...転写 (生物学)) x 2
  • Polyubiquitin-B
  • SAGA-associated factor 11
  • Spt20
  • Spt8
  • Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation
  • Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes
  • Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes
  • Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes
  • Subunit of SAGA histone acetyltransferase complex
  • TATA-box Binding Protein (TBP)
  • Transcription-associated protein
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcriptional co-activator / Histone-acetylation
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear mRNA surveillance => GO:0071028 / : / regulation of cellular biosynthetic process / regulation of primary metabolic process / SAGA-type complex / DUBm complex / : / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / : / : ...nuclear mRNA surveillance => GO:0071028 / : / regulation of cellular biosynthetic process / regulation of primary metabolic process / SAGA-type complex / DUBm complex / : / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / : / : / TFIIA-class transcription factor complex binding / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription export complex 2 / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / SLIK (SAGA-like) complex / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / SAGA complex / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mitochondrion transport along microtubule / DNA binding, bending / fat pad development / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription factor TFIID complex / female gonad development / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / enzyme activator activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of proteasomal protein catabolic process / 核膜孔 / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / グリコーゲン合成 / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Translesion synthesis by REV1 / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of PTEN localization / Translesion synthesis by POLK / Regulation of BACH1 activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs
類似検索 - 分子機能
Histone acetyltransferases subunit 3 / Histone acetyltransferases subunit 3 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Transcriptional activator Spt7 / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / SAGA complex, Sgf11 subunit / Sgf11 (transcriptional regulation protein) ...Histone acetyltransferases subunit 3 / Histone acetyltransferases subunit 3 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Transcriptional activator Spt7 / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / SAGA complex, Sgf11 subunit / Sgf11 (transcriptional regulation protein) / Transcription factor, enhancer of yellow 2 / Transcription factor EnY2 superfamily / Transcription factor e(y)2 / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / SCA7, zinc-binding domain / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / SCA7 domain profile. / LisH / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / Lissencephaly type-1-like homology motif / Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / TATA-box binding protein, eukaryotic / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / TATA結合タンパク質 / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / FATC / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / TBP domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Histone-fold / Ubiquitin family / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / Ubiquitin-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Transcription-associated protein / Spt20 domain-containing protein / Subunit of SAGA histone acetyltransferase complex / Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription and mRNA export factor SUS1 ...Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Transcription-associated protein / Spt20 domain-containing protein / Subunit of SAGA histone acetyltransferase complex / Transcriptional coactivator HFI1/ADA1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription and mRNA export factor SUS1 / Transcriptional regulator involved in glucose repression of Gal4p-regulated genes / SAGA-associated factor 11 / Subunit of the SAGA and SAGA-like transcriptional regulatory complexes, interacts with Spt15p to act / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Subunit of the SAGA transcriptional regulatory complex, involved in proper assembly of the complex / Ubiquitin B / Polyubiquitin-B / TATA-box-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
Homo sapiens (ヒト)
Komagataella phaffii GS115 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20 Å
データ登録者Papai, G. / Frechard, A. / Kolesnikova, O. / Crucifix, C. / Schultz, P. / Ben-Shem, A.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0022-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
French National Research AgencyANR-10-IDEX-0002-02 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of SAGA and mechanism of TBP deposition on gene promoters.
著者: Gabor Papai / Alexandre Frechard / Olga Kolesnikova / Corinne Crucifix / Patrick Schultz / Adam Ben-Shem /
要旨: SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) is a 19-subunit complex that stimulates transcription via two chromatin-modifying enzymatic modules and by delivering the TATA box binding protein (TBP) to ...SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) is a 19-subunit complex that stimulates transcription via two chromatin-modifying enzymatic modules and by delivering the TATA box binding protein (TBP) to nucleate the pre-initiation complex on DNA, a pivotal event in the expression of protein-encoding genes. Here we present the structure of yeast SAGA with bound TBP. The core of the complex is resolved at 3.5 Å resolution (0.143 Fourier shell correlation). The structure reveals the intricate network of interactions that coordinate the different functional domains of SAGA and resolves an octamer of histone-fold domains at the core of SAGA. This deformed octamer deviates considerably from the symmetrical analogue in the nucleosome and is precisely tuned to establish a peripheral site for TBP, where steric hindrance represses binding of spurious DNA. Complementary biochemical analysis points to a mechanism for TBP delivery and release from SAGA that requires transcription factor IIA and whose efficiency correlates with the affinity of DNA to TBP. We provide the foundations for understanding the specific delivery of TBP to gene promoters and the multiple roles of SAGA in regulating gene expression.
履歴
登録2019年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource ...em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _em_entity_assembly.name / _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id ..._em_entity_assembly.name / _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_naturalsource.organism / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.strain / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10446
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: TATA-box Binding Protein (TBP)
A: Transcriptional coactivator HFI1/ADA1
C: Subunit of SAGA histone acetyltransferase complex
F: Spt20
D: Subunit of the SAGA and SAGA-like transcriptional regulatory complexes, interacts with Spt15p to act
E: Subunit of the SAGA transcriptional regulatory complex, involved in proper assembly of the complex
J: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
K: Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes
G: Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes
H: Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes
I: Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation
L: Transcription-associated protein
B: Transcriptional regulator involved in glucose repression of Gal4p-regulated genes
N: Spt8
R: Polyubiquitin-B
Q: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase
O: SAGA-associated factor 11
P: Transcription and mRNA export factor SUS1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,280,34018
ポリマ－1,280,34018
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 12種, 12分子 MCFKGHILNRQO

#1: タンパク質 TATA-box Binding Protein (TBP)


分子量: 27042.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
遺伝子: SPT15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13393*PLUS
#3: タンパク質 Subunit of SAGA histone acetyltransferase complex


分子量: 79995.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 遺伝子: PAS_chr1-4_0651 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4QZ39
#4: タンパク質 Spt20 /


分子量: 59530.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZ05
#8: タンパク質 Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes


分子量: 66690.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R150
#9: タンパク質 Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes


分子量: 80933.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R4L4
#10: タンパク質 Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes


分子量: 54888.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QW33
#11: タンパク質 Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA polymerase II transcription initiation


分子量: 17303.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZS5
#12: タンパク質 Transcription-associated protein


分子量: 438055.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QYV4
#14: タンパク質 Spt8


分子量: 34059.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 株: GS115 / ATCC 20864
#15: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8560.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39, UniProt: P0CG47*PLUS
#16: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase


分子量: 56745.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QY61, ubiquitinyl hydrolase 1
#17: タンパク質 SAGA-associated factor 11


分子量: 13977.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2D9

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Transcriptional ... , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 Transcriptional coactivator HFI1/ADA1


分子量: 49888.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QZA3
#13: タンパク質 Transcriptional regulator involved in glucose repression of Gal4p-regulated genes


分子量: 81864.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R2A4

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Subunit of the SAGA ... , 2種, 2分子 DE

#5: タンパク質 Subunit of the SAGA and SAGA-like transcriptional regulatory complexes, interacts with Spt15p to act


分子量: 39030.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R3E4
#6: タンパク質 Subunit of the SAGA transcriptional regulatory complex, involved in proper assembly of the complex


分子量: 136768.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R5C7

-
Transcription ... , 2種, 2分子 JP

#7: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 10


分子量: 23879.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4QXP2
#18: タンパク質 Transcription and mRNA export factor SUS1


分子量: 11126.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類)
株: GS115 / ATCC 20864 / 参照: UniProt: C4R1P1

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非ポリマー , 1種, 91分子

#19: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1SAGA bound to TBPCOMPLEX#1-#180MULTIPLE SOURCES
2TATA-box binding protein (TBP)COMPLEX#11RECOMBINANT
3SAGA componentCOMPLEX#31RECOMBINANT
4Polyubiquitin-BCOMPLEX#151RECOMBINANT
5SAGA complexCOMPLEX#2, #4-#14, #16-#181NATURAL
分子量値: 1.6 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Komagataella phaffii GS115 (菌類)644223
23Komagataella phaffii GS115 (菌類)644223
34Homo sapiens (ヒト)9606
45Komagataella phaffii GS115 (菌類)644223
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
14Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4500 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 52.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.8 beta画像取得
4WarpCTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1068534
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 20 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 354104 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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