PDB-6t9m: Crystal structure of the Chitinase Domain of the Spore Coat Prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t9m

タイトル

Crystal structure of the Chitinase Domain of the Spore Coat Protein CotE from Clostridium difficile

要素

Peptide in active siteペプチド
Peroxiredoxinペルオキシレドキシン

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Spore Coat /

Chitinase (キチナーゼ) / Colonisation Factor

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin /

chitin binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Peptoclostridium difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Whittingham, J.L. / Dodson, E.J. / Wilkinson, A.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of the GH18 domain of the bifunctional peroxiredoxin-chitinase CotE from Clostridium difficile.
著者: Whittingham, J.L. / Hanai, S. / Brannigan, J.A. / Ferreira, W.T. / Dodson, E.J. / Turkenburg, J.P. / Cartwright, J. / Cutting, S.M. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2019年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t9m.cif.gz	255.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t9m.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t9m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/6t9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/6t9m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tsbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y3x-4 6bru-4 5y3x-6 5n3i-d 2g09-1 6npn-4 6cmm-4 6vzh-4 3e87-2 3c3x-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Peroxiredoxin

BBB: Peptide in active site

ヘテロ分子

44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Peptide in active site

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
504 Da, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.894, 54.899, 80.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.038, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peroxiredoxin / ペルオキシレドキシン / Thioredoxin peroxidase 分子量: 42924.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: This is the C-terminal chitinase domain of a bifunctional protein found in the spores of Clostridium difficile. It has an HRV 3C cleavable H6 tag fused to its N-terminus 由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain 630) (クロストリディオイデス・ディフィシル) 株: 630 / 遺伝子: cotE, CD630_14330 / プラスミド: pETYSBLLIC3C 詳細 (発現宿主): T7 promoter regulated by lac repressor/operator 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18BV5, ペルオキシレドキシン
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide in active site / ペプチド分子量: 503.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide defined by electron density in active site / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Well solution: 200 mM ammonium phosphate, 22.5% PEG 3350 Protein solution: 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl Drop: 3 microlitre (1 microlitre protein plus 2 microlitre reservoir solution)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→47.21 Å / Num. obs: 94650 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique obs: 4564 / CC_1/2: 0.954 / R_rim(I) all: 0.31 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: xxx

解像度: 1.3→45.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / WR_factor R_free: 0.137 / WR_factor R_work: 0.107 / Average fsc free: 0.9794 / Average fsc work: 0.9835 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1333	4557	4.83 %
R_work	0.1055	89793	-
all	0.107	-	-
obs	-	94350	97.89 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	-0.013 Å²
2-	-	0.011 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→45.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2777	0	53	490	3320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.013	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	2719
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.471	1.643	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.467	1.573	6323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.518	5	375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.349	22.919	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.205	15	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.349	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	3420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.024	0.02	638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	2579
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	331
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.509	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.485	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.339	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.422	1.156	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.381	1.153	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.74	1.738	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.755	1.74	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.962	1.523	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.966	1.525	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.164	2.16	2214
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.163	2.161	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.294	16.782	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.294	16.79	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	10.423	3	5718

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.334	0.158	328	0.119	6466	X-RAY DIFFRACTION	96.1098
1.334-1.37	0.135	321	0.101	6414	X-RAY DIFFRACTION	96.6561
1.37-1.41	0.125	303	0.09	6210	X-RAY DIFFRACTION	96.9629
1.41-1.453	0.112	282	0.081	6038	X-RAY DIFFRACTION	97.2607
1.453-1.501	0.106	258	0.074	5900	X-RAY DIFFRACTION	97.5911
1.501-1.554	0.107	325	0.073	5681	X-RAY DIFFRACTION	97.6268
1.554-1.612	0.101	291	0.065	5502	X-RAY DIFFRACTION	97.8547
1.612-1.678	0.114	277	0.073	5317	X-RAY DIFFRACTION	98.382
1.678-1.753	0.114	281	0.076	5141	X-RAY DIFFRACTION	98.6536
1.753-1.838	0.121	229	0.084	4928	X-RAY DIFFRACTION	98.2099
1.838-1.938	0.118	237	0.09	4636	X-RAY DIFFRACTION	98.9643
1.938-2.055	0.136	260	0.101	4403	X-RAY DIFFRACTION	98.8552
2.055-2.197	0.115	202	0.098	4179	X-RAY DIFFRACTION	98.538
2.197-2.373	0.117	186	0.1	3911	X-RAY DIFFRACTION	99.3694
2.373-2.599	0.14	198	0.109	3567	X-RAY DIFFRACTION	99.1833
2.599-2.905	0.135	154	0.12	3269	X-RAY DIFFRACTION	98.8735
2.905-3.354	0.151	131	0.125	2865	X-RAY DIFFRACTION	98.1009
3.354-4.106	0.136	128	0.126	2436	X-RAY DIFFRACTION	99.1109
4.106-5.799	0.164	96	0.138	1890	X-RAY DIFFRACTION	98.3168
5.799-45.09	0.205	70	0.184	1040	X-RAY DIFFRACTION	96.0208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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