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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t4n | ||||||
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タイトル | Human Carbonic anhydrase II bound by 2,4,6-trimethylbenzenesulfonamide | ||||||
要素 | carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / drug design (医薬品設計) / carbonic anhydrase (炭酸脱水酵素) / benzenesulfonamide / metal-binding / lyase-lyase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Smirnov, A. / Manakova, E. / Grazulis, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2020 タイトル: Isoform-Selective Enzyme Inhibitors by Exploring Pocket Size According to the Lock-and-Key Principle. 著者: Dudutiene, V. / Zubriene, A. / Kairys, V. / Smirnov, A. / Smirnoviene, J. / Leitans, J. / Kazaks, A. / Tars, K. / Manakova, L. / Grazulis, S. / Matulis, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t4n.cif.gz | 78.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t4n.ent.gz | 56.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t4n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/6t4n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 断片: Human Carbonic anhydrase II / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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-非ポリマー , 6種, 308分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#3: 化合物 | ChemComp-F1A / |
#4: 化合物 | ChemComp-BCN / |
#5: 化合物 | ChemComp-MJB / |
#6: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.27 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Crystallization buffer was 0.1M sodium BICINE, pH 9, and 2M sodium malonate pH 7 made from 1M sodium BICINE and 3.4M sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9768 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月4日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9768 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.4→69.683 Å / Num. all: 46739 / Num. obs: 46739 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.04 / Rsym value: 0.032 / Net I/av σ(I): 12 / Net I/σ(I): 26.1 / Num. measured all: 301331 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4HT0 解像度: 1.4→40.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.069 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.17 Å2 / Biso mean: 17.946 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→40.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 /
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