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万見
- PDB-6syn: Crystal structure of Y. pestis penicillin-binding protein 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6syn
タイトルCrystal structure of Y. pestis penicillin-binding protein 3
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / Class B PBP / Yersinia pestis (ペスト菌) / HMM transpeptidase / periplasmic protein (ペリプラズム)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / plasma membrane => GO:0005886 / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape ...peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / plasma membrane => GO:0005886 / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 / タンパク質分解 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Chem-CB9 / Penicillin-binding protein 3 / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Pankov, G. / Hunter, W.N. / Dawson, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of penicillin-binding protein 3 from Yersinia pestis
著者: Pankov, G.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1454
ポリマ－57,6471
非ポリマー4993
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area20000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.860, 104.950, 110.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3


分子量: 57646.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: ftsI, YPO0549 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0WJB8, UniProt: A0A3N4B5A3*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-CB9 / (2R,4S)-2-[(1R)-1-{[(2S)-2-carboxy-2-phenylacetyl]amino}-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / Bound form of Carbenicillin


分子量: 380.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N2O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: rectangular prisms
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 uL of protein (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5 150 mM NaCl and 2 mM carbenicillin) at 6.7 mg/ml and 0.2 uL of precipitant (0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 20% PEG 8000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→36 Å / Num. obs: 14613 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 8.1 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.63→2.74 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1663 / CC1/2: 0.652 / Rpim(I) all: 0.203 / Rrim(I) all: 0.312 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BJP

4bjp


解像度: 2.63→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU B: 13.841 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.382
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 752 5.2 %RANDOM
Rwork0.2083 ---
obs0.2118 13830 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 62 Å2 / Biso mean: 15.899 Å2 / Biso min: 5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.63→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3596 0 8 144 3748
Biso mean--26.63 11.01 -
残基数----471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0133679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.6454997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1131.5728144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9515468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.18320.862174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.66515599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0341529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2483
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02761
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.696 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 55 -
Rwork0.246 924 -
obs--90.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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