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- PDB-6srd: Structure of Rex8A from Paenibacillus barcinonensis complexed wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6srd
タイトルStructure of Rex8A from Paenibacillus barcinonensis complexed with xylose.
要素Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Xylan (キシラン) / Exo-oligoxylanase / Xylanases / Xylooligosaccharides / Xylooligomers / Xylose (キシロース) / Hydrolysis (加水分解) / Polysaccharides (多糖) / Glycan (糖鎖) / Glycan degradation / Xylan degradation / Glycosidase / Carbohydrate metabolism. (炭水化物代謝)
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide reducing-end xylanase / oligosaccharide reducing-end xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-xylopyranose / Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus barcinonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Jimenez-Ortega, E. / Ramirez-Escudero, M. / Sanz-Aparicio, J.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A from Paenibacillus barcinonensis BP-23 deciphers its molecular specificity.
著者: Jimenez-Ortega, E. / Valenzuela, S. / Ramirez-Escudero, M. / Pastor, F.J. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年12月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
B: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7158
ポリマ－89,0462
非ポリマー6696
水10,917606
1
A: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8584
ポリマ－44,5231
非ポリマー3343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8584
ポリマ－44,5231
非ポリマー3343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.566, 59.153, 79.534
Angle α, β, γ (deg.)87.830, 77.980, 74.330
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 6 - 382 / Label seq-ID: 6 - 382

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase Rex8A / Rex


分子量: 44523.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus barcinonensis (バクテリア)
遺伝子: rex8A, DFQ00_11062 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0S2UQQ5, oligosaccharide reducing-end xylanase
#2: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス / キシロース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.61 % / 解説: Bar
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 23% PEG 6K, 0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M NaCl, 0.01 M Hexammine cobalt (III) chrloride. Soaking experiment in the precipitant solution supplemented with 50 mM xylose. Cryoprotectan solution ...詳細: 23% PEG 6K, 0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M NaCl, 0.01 M Hexammine cobalt (III) chrloride. Soaking experiment in the precipitant solution supplemented with 50 mM xylose. Cryoprotectan solution consisting of mother liquor plus 25% (v/v) glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.04191 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月23日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→48.63 Å / Num. obs: 64154 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4213 / CC1/2: 0.663 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 0.879 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimless7.0.042データスケーリング
MOLREP7.0.042位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WU4

1wu4


解像度: 1.93→48.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.819 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.153
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2286 3260 5.1 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.1909 60880 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 55.4 Å2 / Biso mean: 16.208 Å2 / Biso min: 5.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å21.09 Å20.4 Å2
2--0.31 Å2-0.74 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→48.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6226 0 44 613 6883
Biso mean--23.48 28.37 -
残基数----754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0136480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4181.668798
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3621.58112646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7875752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.95121.706422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64115952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6321550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021594
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 13932 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 236 -
Rwork0.246 4412 -
all-4648 -
obs--93.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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