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- PDB-6sde: Crystal structure of wild-type cMET bound by savolitinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sde
タイトルCrystal structure of wild-type cMET bound by savolitinib
要素Hepatocyte growth factor receptorC-Met
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin receptor activity / positive regulation of endothelial cell chemotaxis ...hepatocyte growth factor receptor activity / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / endothelial cell morphogenesis / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / semaphorin receptor activity / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / MET receptor recycling / 膵臓 / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / 食作用 / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / liver development / molecular function activator activity / Negative regulation of MET activity / 受容体型チロシンキナーゼ / neuron differentiation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / 遊走 / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / リン酸化 / 細胞膜 / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Immunoglobulin E-set / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
volitinib / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Collie, G.W. / Phillips, C.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2019
タイトル: Structural and Molecular Insight into Resistance Mechanisms of First Generation cMET Inhibitors.
著者: Collie, G.W. / Koh, C.M. / O'Neill, D.J. / Stubbs, C.J. / Khurana, P. / Eddershaw, A. / Snijder, A. / Mauritzson, F. / Barlind, L. / Dale, I.L. / Shaw, J. / Phillips, C. / Hennessy, E.J. / ...著者: Collie, G.W. / Koh, C.M. / O'Neill, D.J. / Stubbs, C.J. / Khurana, P. / Eddershaw, A. / Snijder, A. / Mauritzson, F. / Barlind, L. / Dale, I.L. / Shaw, J. / Phillips, C. / Hennessy, E.J. / Cheung, T. / Narvaez, A.J.
履歴
登録2019年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1882
ポリマ－34,8421
非ポリマー3451
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.130, 43.360, 156.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / C-Met / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 34842.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08581, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-V0L / volitinib / ボリチニブ / Savolitinib


分子量: 345.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15N9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15 % 2-propanol, 15 % PEG4K, 0.2 M PCPT pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→43.36 Å / Num. obs: 10493 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.49→2.56 Å / Num. unique obs: 718 / CC1/2: 0.427

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WGJ

2wgj


解像度: 2.49→41.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.598 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.721 / SU Rfree Blow DPI: 0.317 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.314
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 523 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.206 10450 98.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 161 Å2 / Biso mean: 69.55 Å2 / Biso min: 34.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.9805 Å20 Å20 Å2
2---10.4144 Å20 Å2
3---4.4339 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→41.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2133 0 26 56 2215
Biso mean--61.84 60.59 -
残基数----268
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d745SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes319HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2217HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion278SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2536SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2217HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3005HARMONIC21.07
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.83
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.78 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 142 5.01 %
Rwork0.204 2694 -
all0.207 2836 -
obs--96.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8682-0.1399-2.04481.9779-0.70893.5460.01360.01830.0186-0.09680.0250.0453-0.12490.0183-0.03860.21550.1520.0424-0.10150.0968-0.148416.087236.853847.8598
21.3414-0.18710.11161.7016-0.52492.16740.16950.33620.1144-0.4549-0.0110.0812-0.5163-0.323-0.1585-0.00980.1320.0175-0.03180.0825-0.109517.627727.067257.4252
31.2567-0.67772.38961.727-0.90542.53270.01560.29720.1673-0.369-0.1434-0.1094-0.21710.44740.1278-0.02120.08310.10630.05750.0839-0.135528.139924.173256.4139
44.3456-0.64190.89392.1682-0.30632.43670.05570.2960.0434-0.2763-0.1421-0.0531-0.01710.28910.0864-0.0590.01220.04350.01620.0658-0.027934.101216.135763.9666
53.7359-1.4498-0.53531.2830.40361.77960.02360.1407-0.11490.0245-0.00710.07220.20620.0327-0.0165-0.08540.0088-0.0089-0.0320.0198-0.012427.413512.044574.2444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1053 - 1089}A1053 - 1089
2X-RAY DIFFRACTION2{A|1090 - 1213}A1090 - 1213
3X-RAY DIFFRACTION3{A|1214 - 1248}A1214 - 1248
4X-RAY DIFFRACTION4{A|1249 - 1295}A1249 - 1295
5X-RAY DIFFRACTION5{A|1296 - 1346}A1296 - 1346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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