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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6raz | |||||||||
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タイトル | D. melanogaster CMG-DNA, State 2B | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Helicase (ヘリカーゼ) / ATPase (ATPアーゼ) / AAA+ / DNA unwinding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Unwinding of DNA / Switching of origins to a post-replicative state / DNA endoreduplication / Assembly of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication ...Unwinding of DNA / Switching of origins to a post-replicative state / DNA endoreduplication / Assembly of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / resolution of meiotic recombination intermediates / premeiotic DNA replication / mitotic DNA replication / CMG complex / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / chromosome condensation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA duplex unwinding / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / DNA helicase activity / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / regulation of DNA-templated transcription elongation / helicase activity / single-stranded DNA binding / mitotic cell cycle / ヘリカーゼ / DNA複製 / 細胞分裂 / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Eickhoff, P. / Martino, F. / Costa, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019 タイトル: Molecular Basis for ATP-Hydrolysis-Driven DNA Translocation by the CMG Helicase of the Eukaryotic Replisome. 著者: Patrik Eickhoff / Hazal B Kose / Fabrizio Martino / Tatjana Petojevic / Ferdos Abid Ali / Julia Locke / Nele Tamberg / Andrea Nans / James M Berger / Michael R Botchan / Hasan Yardimci / Alessandro Costa / 要旨: In the eukaryotic replisome, DNA unwinding by the Cdc45-MCM-Go-Ichi-Ni-San (GINS) (CMG) helicase requires a hexameric ring-shaped ATPase named minichromosome maintenance (MCM), which spools single- ...In the eukaryotic replisome, DNA unwinding by the Cdc45-MCM-Go-Ichi-Ni-San (GINS) (CMG) helicase requires a hexameric ring-shaped ATPase named minichromosome maintenance (MCM), which spools single-stranded DNA through its central channel. Not all six ATPase sites are required for unwinding; however, the helicase mechanism is unknown. We imaged ATP-hydrolysis-driven translocation of the CMG using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and found that the six MCM subunits engage DNA using four neighboring protomers at a time, with ATP binding promoting DNA engagement. Morphing between different helicase states leads us to suggest a non-symmetric hand-over-hand rotary mechanism, explaining the asymmetric requirements of ATPase function around the MCM ring of the CMG. By imaging of a higher-order replisome assembly, we find that the Mrc1-Csm3-Tof1 fork-stabilization complex strengthens the interaction between parental duplex DNA and the CMG at the fork, which might support the coupling between DNA translocation and fork unwinding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6raz.cif.gz | 880.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6raz.ent.gz | 713.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6raz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/6raz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/6raz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#1: DNA鎖 | 分子量: 6389.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 573.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
-タンパク質 , 5種, 5分子 AHLMN
#3: タンパク質 | 分子量: 65968.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CDC45L, anon-1Ec, CDC45, Cdc45, cdc45, D, dCDC45, dCDC45L, DmCdc45, Dmel\CG3658, EG:BACR7A4.11, CG3658, Dmel_CG3658 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O96989 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 23333.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Psf1, CG9187-PA, Dmel\CG9187, psf1, CG9187, Dmel_CG9187 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9W0I7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 23141.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Psf2, CG18013 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VQY9 |
#6: タンパク質 | 分子量: 24829.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Psf3, Dmel\CG2222, CG2222, Dmel_CG2222 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9W2V7 |
#7: タンパク質 | 分子量: 26148.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Sld5, anon-WO0172774.61, Dmel\CG14549, CG14549, Dmel_CG14549 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VBI1 |
-DNA replication licensing factor ... , 6種, 6分子 256347
#8: タンパク質 | 分子量: 100537.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Mcm2, CG7538 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P49735, ヘリカーゼ |
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#9: タンパク質 | 分子量: 82375.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Mcm5, CG4082 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VGW6, ヘリカーゼ |
#10: タンパク質 | 分子量: 92467.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Mcm6, CG4039 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9V461, ヘリカーゼ |
#11: タンパク質 | 分子量: 91045.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Mcm3, Mcm3-RA, CG4206 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9XYU1, ヘリカーゼ |
#12: タンパク質 | 分子量: 96735.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: dpa, CG1616 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q26454, ヘリカーゼ |
#13: タンパク質 | 分子量: 81399.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Mcm7, CG4978 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9XYU0, ヘリカーゼ |
-非ポリマー , 2種, 6分子
#14: 化合物 | #15: 化合物 | ChemComp-ATP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61082 / 対称性のタイプ: POINT |